| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 第一章 绪论 | 第8-18页 |
| 1.1 研究背景 | 第8-12页 |
| 1.1.1 元基因组简介 | 第8-9页 |
| 1.1.2 元基因组数据的产生与格式 | 第9-11页 |
| 1.1.3 元基因组归类 | 第11-12页 |
| 1.2 研究现状 | 第12-15页 |
| 1.2.1 基于序列相似度的方法 | 第12-14页 |
| 1.2.2 基于序列组成的方法 | 第14-15页 |
| 1.3 研究目的 | 第15-16页 |
| 1.4 研究内容 | 第16页 |
| 1.5 本文结构 | 第16-18页 |
| 第二章 方法 | 第18-29页 |
| 2.1 方法流程 | 第18-19页 |
| 2.2 数据预处理和特征集提取 | 第19页 |
| 2.3 特征降维方法 | 第19-22页 |
| 2.4 聚类方法描述 | 第22-26页 |
| 2.5 距离定义 | 第26-27页 |
| 2.6 聚类效果评价方法 | 第27-29页 |
| 第三章 实验结果 | 第29-43页 |
| 3.1 数据集 | 第29-32页 |
| 3.1.1 模拟数据集 | 第29页 |
| 3.1.2 真实数据集 | 第29-32页 |
| 3.2 参数优化及选择 | 第32-36页 |
| 3.2.1 k-mer特征提取中k的选择 | 第32页 |
| 3.2.2 聚类中距离量度的选择 | 第32-33页 |
| 3.2.3 使用非负矩阵分解进行特征降维的效果 | 第33-36页 |
| 3.3 模拟数据集上的实验结果 | 第36-40页 |
| 3.3.1 在均匀分布数据集上的实验结果 | 第38页 |
| 3.3.2 来自不同物种的数据具有不同比例时聚类结果的比较 | 第38-40页 |
| 3.3.3 元基因组中的序列数目对聚类结果的影响 | 第40页 |
| 3.4 在真实数据集上的实验结果 | 第40-41页 |
| 3.5 运行时间分析 | 第41-43页 |
| 第四章 总结与展望 | 第43-45页 |
| 参考文献 | 第45-49页 |
| 投稿论文 | 第49-50页 |
| 致谢 | 第50-51页 |