| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 缩略语 | 第7-11页 |
| 1 绪论 | 第11-23页 |
| 1.1 炭样小单孢菌研究概况 | 第11页 |
| 1.2 核苷类抗生素 | 第11-17页 |
| 1.2.1 概念 | 第11-12页 |
| 1.2.2 种类 | 第12-13页 |
| 1.2.3 生物合成基因簇 | 第13-17页 |
| 1.3 新一代高通量测序技术的应用 | 第17-18页 |
| 1.3.1 在DNA水平上的应用 | 第17页 |
| 1.3.2 在RNA水平上的应用 | 第17-18页 |
| 1.4 原核生物差异表达基因的筛选方法 | 第18-21页 |
| 1.4.1 代表性差异分析技术 | 第18-19页 |
| 1.4.2 限制性酶切片段差异显示 | 第19页 |
| 1.4.3 cDNA扩增片段长度多态性 | 第19页 |
| 1.4.4 cDNA微阵列 | 第19-20页 |
| 1.4.5 抑制性消减杂交技术 | 第20-21页 |
| 1.5 研究目的和意义 | 第21-23页 |
| 2 炭样小单孢菌JXNU-1 全基因组序列分析 | 第23-39页 |
| 2.1 实验材料 | 第23-25页 |
| 2.1.1 菌种 | 第23页 |
| 2.1.2 培养基 | 第23页 |
| 2.1.3 主要药品和试剂 | 第23-24页 |
| 2.1.4 试剂及其配制 | 第24-25页 |
| 2.2 实验方法 | 第25-27页 |
| 2.2.1 炭样小单孢菌JXNU-1 的培养 | 第25页 |
| 2.2.2 基因组DNA提取 | 第25-26页 |
| 2.2.3 凝胶电泳检测 | 第26页 |
| 2.2.4 基因组测序、组装 | 第26页 |
| 2.2.5 基因组组分分析 | 第26-27页 |
| 2.2.6 基因组功能分析 | 第27页 |
| 2.2.7 基因组比较分析 | 第27页 |
| 2.2.8 次级代谢产物合成基因簇预测 | 第27页 |
| 2.3 结果与分析 | 第27-38页 |
| 2.3.1 基因组DNA提取 | 第27-28页 |
| 2.3.2 基因组概况 | 第28-30页 |
| 2.3.3 基因预测 | 第30-31页 |
| 2.3.4 基因组功能注释 | 第31-34页 |
| 2.3.5 共线性分析 | 第34-36页 |
| 2.3.6 次级代谢产物合成基因簇 | 第36-37页 |
| 2.3.7 全基因组序列提交 | 第37-38页 |
| 2.4 本章小结 | 第38-39页 |
| 3 炭样小单孢菌JXNU-1 的比较转录组分析 | 第39-55页 |
| 3.1 实验材料 | 第39-40页 |
| 3.1.1 菌种 | 第39页 |
| 3.1.2 培养基 | 第39-40页 |
| 3.1.3 实验仪器和设备 | 第40页 |
| 3.2 实验方法 | 第40-42页 |
| 3.2.1 炭样小单孢菌JXNU-1 的培养 | 第40-41页 |
| 3.2.2 样品取样及活性检测 | 第41页 |
| 3.2.3 总RNA提取 | 第41-42页 |
| 3.2.4 RNA样品质量检测 | 第42页 |
| 3.2.5 转录组测序 | 第42页 |
| 3.3 结果与分析 | 第42-52页 |
| 3.3.1 样品活性检测 | 第42-43页 |
| 3.3.2 总RNA提取 | 第43-44页 |
| 3.3.3 转录组分析 | 第44-46页 |
| 3.3.4 差异表达基因统计 | 第46页 |
| 3.3.5 差异表达基因功能注释 | 第46-49页 |
| 3.3.6 抗生素合成相关基因筛选 | 第49-52页 |
| 3.3.7 转录组序列提交 | 第52页 |
| 3.4 本章小结 | 第52-55页 |
| 4 应用SSH技术筛选炭样小单孢菌JXNU-1 中抗生素合成相关基因 | 第55-85页 |
| 4.1 实验材料 | 第55-57页 |
| 4.1.1 菌种 | 第55页 |
| 4.1.2 主要分子生物学试剂 | 第55-56页 |
| 4.1.3 引物和接头序列 | 第56页 |
| 4.1.4 试剂及其配制 | 第56-57页 |
| 4.1.5 培养基 | 第57页 |
| 4.2 实验方法 | 第57-72页 |
| 4.2.1 炭样小单孢菌JXNU-1 的培养 | 第57页 |
| 4.2.2 样品取样及活性检测 | 第57页 |
| 4.2.3 总RNA提取 | 第57页 |
| 4.2.4 DNA去除 | 第57-58页 |
| 4.2.5 双链cDNA合成 | 第58-61页 |
| 4.2.6 抑制消减杂交 | 第61-68页 |
| 4.2.7 SSH cDNA文库构建及克隆筛选 | 第68-70页 |
| 4.2.8 阳性克隆测序及分析 | 第70页 |
| 4.2.9 实时荧光定量 | 第70-72页 |
| 4.3 结果与分析 | 第72-83页 |
| 4.3.1 双链c DNA检测 | 第72-73页 |
| 4.3.2 Rsa I酶切结果 | 第73-74页 |
| 4.3.3 接头连接效率分析 | 第74-75页 |
| 4.3.4 抑制消减杂交结果 | 第75-76页 |
| 4.3.5 抑制性消减效率的检测 | 第76页 |
| 4.3.6 差异表达基因的多样性鉴定 | 第76-77页 |
| 4.3.7 差异片段序列检索分析 | 第77-78页 |
| 4.3.8 抗生素生物合成相关基因筛选 | 第78-80页 |
| 4.3.9 抗生素合成相关基因簇筛选 | 第80-82页 |
| 4.3.10 基因簇序列提交 | 第82-83页 |
| 4.4 讨论 | 第83页 |
| 4.5 本章小结 | 第83-85页 |
| 5 结论与展望 | 第85-87页 |
| 5.1 结论 | 第85-86页 |
| 5.2 展望 | 第86-87页 |
| 参考文献 | 第87-97页 |
| 附录I | 第97-101页 |
| 致谢 | 第101-102页 |
| 在读期间公开发表论文（著）及科研情况 | 第102页 |
| 已发表的论文 | 第102页 |
| 参与的科研项目 | 第102页 |