| 中文摘要 | 第3-5页 |
| 英文摘要 | 第5-6页 |
| 1 前言 | 第10-46页 |
| 1.1 杂草稻的发生，分布及危害 | 第10-17页 |
| 1.1.1 人类对杂草稻的认识 | 第10页 |
| 1.1.2 杂草稻的危害 | 第10-14页 |
| 1.1.3 杂草稻入侵及其分布情况 | 第14-17页 |
| 1.2 杂草稻的表型变异及其控制策略 | 第17-23页 |
| 1.2.1 杂草稻的群体及其表型差异 | 第17-20页 |
| 1.2.2 目前对杂草稻的控制办法及面临问题 | 第20-23页 |
| 1.3 杂草稻的起源进化假说及研究现状 | 第23-26页 |
| 1.4 分子标记技术在研究植物起源和进化中的作用 | 第26-35页 |
| 1.4.1 分子标记技术简介 | 第26-28页 |
| 1.4.2 分子标记技术对植物进化起源的应用 | 第28-29页 |
| 1.4.3 植物叶绿体基因组在研究起源进化中的优势及研究现状 | 第29-32页 |
| 1.4.4 RFLP, SSR标记叶绿体基因组多样性水平揭示植物系统发育及其地理系统分化 | 第32-35页 |
| 1.5 杂草稻落粒性状 | 第35-37页 |
| 1.6 数量性状基因的定位及水稻落粒性基因定位的研究现状 | 第37-40页 |
| 1.6.1 数量性状基因定位（QTLs）及定位群体的建立 | 第37-39页 |
| 1.6.2 遗传图谱构建 | 第39-40页 |
| 1.6.3 F2群体的基因初定位 | 第40页 |
| 1.7 水稻群体落粒性基因定位及克隆研究现状 | 第40-43页 |
| 1.7.1 以野生稻，栽培稻为群体定位的落粒基因及位点 | 第40-42页 |
| 1.7.2 杂草稻的落粒表型及落粒基因 | 第42-43页 |
| 1.8 本研究的目的，内容及意义 | 第43-46页 |
| 2 杂草稻的多起源假说验证 | 第46-64页 |
| 2.1 引言 | 第46-47页 |
| 2.2 材料与方法 | 第47-51页 |
| 2.2.1 材料 | 第47页 |
| 2.2.2 水稻叶绿体基因组序列比对分析及引物设计办法 | 第47-48页 |
| 2.2.3 水稻总DNA提取及叶绿体DNA片段扩增 | 第48-50页 |
| 2.2.4 序列比对及分析 | 第50-51页 |
| 2.3 实验结果 | 第51-58页 |
| 2.3.1 水稻叶绿体基因组序列比对结果及引物设计 | 第51-52页 |
| 2.3.2 多态位点的分布情况及其多态性 | 第52-53页 |
| 2.3.3 水稻叶绿体基因组的遗传多样性分析结果 | 第53-54页 |
| 2.3.4 遗传结构和单倍型分析 | 第54-55页 |
| 2.3.5 单倍型网络图关系分析 | 第55-56页 |
| 2.3.6 杂草稻的地理分布情况 | 第56-58页 |
| 2.3.7 栽培稻核基因与叶绿体的籼粳分化 | 第58页 |
| 2.4 讨论 | 第58-64页 |
| 2.4.1 三个群体的叶绿体基因组遗传多样性 | 第58-60页 |
| 2.4.2 单倍型划分及分布解释水稻的起源过程 | 第60-61页 |
| 2.4.3 杂草稻的多起源及快速进化事件 | 第61-62页 |
| 2.4.4 水稻亚种的核质分化事件及亚种群体的多样性 | 第62-63页 |
| 2.4.5 小结 | 第63-64页 |
| 3 杂草稻的落粒性状揭示杂草稻的起源进化方式 | 第64-78页 |
| 3.1 前言 | 第64页 |
| 3.2 材料和方法 | 第64-67页 |
| 3.2.1 供试材料及片段检测 | 第64-65页 |
| 3.2.2 实验方法 | 第65-67页 |
| 3.3 结果 | 第67-74页 |
| 3.3.1 亲本的SH4 突变位点的基因型检测 | 第67页 |
| 3.3.2 亲本及F2的落粒性状表型分析及 | 第67-69页 |
| 3.3.3 多态引物筛选与群体标记基因型检测 | 第69页 |
| 3.3.4 差异引物的检验及遗传图谱构建 | 第69-72页 |
| 3.3.5 杂草稻落粒性状QTL分析 | 第72-74页 |
| 3.4 讨论 | 第74-78页 |
| 3.4.1 遗传分子图谱揭示亲本之间的遗传背景差异度 | 第74页 |
| 3.4.2 杂草稻落粒性状位点及其适应性进化 | 第74-76页 |
| 3.4.3 小结 | 第76-78页 |
| 4 总结与展望 | 第78-84页 |
| 4.1 叶绿体基因组多态性了解物种起源 | 第78页 |
| 4.2 落粒基因及其与杂草稻的起源的关系 | 第78-81页 |
| 4.3 展望 | 第81-84页 |
| 致谢 | 第84-86页 |
| 参考文献 | 第86-104页 |
| 附录 | 第104-105页 |
| 附件 | 第105-122页 |
