| ABSTRACT | 第6-7页 |
| LIST OF ABBREVIATIONS | 第8-10页 |
| CHAPTER 1 LITERATURE REVIEW | 第10-20页 |
| 1.1 Taro | 第10页 |
| 1.2 Viruses infecting taro | 第10-11页 |
| 1.3 The genus Badnavirus | 第11-15页 |
| 1.3.1 Introduction | 第11页 |
| 1.3.2 Morphology | 第11页 |
| 1.3.3 Genome organization | 第11-14页 |
| 1.3.4 Replication Strategy in Badnavirus | 第14-15页 |
| 1.4 Rolling Circle Amplification | 第15-16页 |
| 1.5 Deep-sequencing of sRNA | 第16页 |
| 1.6 RNA Silencing | 第16-18页 |
| 1.6.1 Gene silencing | 第16-17页 |
| 1.6.2 Virus induced RNA silencing in plants | 第17-18页 |
| 1.6.3 Viral counter-defense against silencing | 第18页 |
| 1.7 Background and Objectives of Research | 第18-20页 |
| CHAPTER 2 DETECTION AND SEQUENCE VARIABILITY OF NOVELBADNAVIRUS | 第20-35页 |
| 2.1 INTRODUCTION | 第20-21页 |
| 2.2 MATERIALS AND METHODS | 第21-29页 |
| 2.2.1 Survey and Sample Collection | 第21页 |
| 2.2.2 Primers used for badnavirus detection | 第21-22页 |
| 2.2.3 DNA extraction | 第22-23页 |
| 2.2.4 Polymerase Chain Reaction | 第23页 |
| 2.2.5 RNA extraction | 第23-24页 |
| 2.2.6 cDNA synthesis | 第24页 |
| 2.2.7 PCR | 第24-25页 |
| 2.2.8 Rolling Circle Amplification | 第25页 |
| 2.2.9 Agarose gel electrophoresis | 第25-26页 |
| 2.2.10 DNA Gel Extraction | 第26-27页 |
| 2.2.11 DNA ligation | 第27页 |
| 2.2.12 Cloning and transformation | 第27-28页 |
| 2.2.13 Colony PCR | 第28-29页 |
| 2.2.14 Sequencing and sequence analysis | 第29页 |
| 2.2.15 Phylogenetic analysis | 第29页 |
| 2.3 RESULTS | 第29-33页 |
| 2.4 DISCUSSION | 第33-35页 |
| CHAPTER 3 GENOME AND sRNA CHARACTERIZATION OF TWOISOLATES OF NOVEL BADNAVIRUS | 第35-53页 |
| 3.1 INTRODUCTION | 第35-36页 |
| 3.2 MATERIALS AND METHODS | 第36-42页 |
| 3.2.1 Plant Materials and Sample Preparation | 第36页 |
| 3.2.2 Total RNA Extraction | 第36-37页 |
| 3.2.3 sRNA library construction | 第37-38页 |
| 3.2.4 Small RNAs sequence assembly | 第38页 |
| 3.2.5 Primer design | 第38-39页 |
| 3.2.6 Total DNA Extraction | 第39页 |
| 3.2.7 PCR | 第39-40页 |
| 3.2.8 PCR product purification, ligation, cloning and transformation | 第40页 |
| 3.2.9 Colony PCR | 第40页 |
| 3.2.10 Genome assembly and sequence analysis of two isolates | 第40-41页 |
| 3.2.11 Phylogenetic analysis | 第41-42页 |
| 3.2.12 vsRNA profile | 第42页 |
| 3.3 RESULTS | 第42-51页 |
| 3.3.1 Small RNA characterization and the amplification of the full genome of a novel badnavirus | 第42-43页 |
| 3.3.2 Genome characterization and sequence analysis of the two isolates of TaBCHV | 第43-48页 |
| 3.3.3 Phylogenetic analysis | 第48-49页 |
| 3.3.4 vsRNA profiling | 第49-51页 |
| 3.4 DISCUSSION | 第51-53页 |
| CHAPTER 4 CONCLUSION AND FUTURE RECOMMENDATIONS | 第53-55页 |
| REFERENCES | 第55-64页 |
| APPENDIX 1 | 第64-66页 |
| APPENDIX 2 | 第66-67页 |
| APPENDIX 3 | 第67-73页 |
| APPENDIX 4 | 第73-79页 |
| APPENDIX 5 | 第79-83页 |
| APPENDIX 6 | 第83-87页 |
| APPENDIX 7 | 第87-89页 |
| PUBLICATIONS | 第89-90页 |
| ACKNOWLEDGEMENTS | 第90-91页 |
