| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第1章 绪论 | 第9-13页 |
| 1.1 背景介绍 | 第9-10页 |
| 1.2 移位 | 第10-12页 |
| 1.3 主要研究成果 | 第12-13页 |
| 第2章 有符号移位排序算法 | 第13-34页 |
| 2.1 相关符号和定义 | 第13-16页 |
| 2.2 移位距离的计算 | 第16-20页 |
| 2.3 移位序列的计算 | 第20-26页 |
| 2.3.1 不存在可行移位 | 第20-21页 |
| 2.3.2 选择的可行移位不产生新的最小子排列,也不产生偶隔离带 | 第21页 |
| 2.3.3 选择的可行移位会产生新的最小子排列 | 第21-24页 |
| 2.3.4 可行移位没有产生新的最小子排列,但产生了偶隔离带 | 第24-26页 |
| 2.4 修正后的移位排序算法 | 第26-28页 |
| 2.5 对三个移位排序多项式算法的综合讨论 | 第28-34页 |
| 2.5.1 复杂度为0(n~3)的算法 | 第28页 |
| 2.5.2 复杂度为0(n~2logn)的算法 | 第28-30页 |
| 2.5.3 复杂度为0(n~2)的算法 | 第30-34页 |
| 第3章 有向基因组移位排序快速算法的实现评测 | 第34-48页 |
| 3.1 实现有向基因组移位排序算法的数据结构 | 第34-36页 |
| 3.1.1 断点图节点的实现 | 第34-35页 |
| 3.1.2 辅助数组的实现 | 第35页 |
| 3.1.3 可行灰边集合的实现 | 第35-36页 |
| 3.1.4 SP节点的实现 | 第36页 |
| 3.1.5 MinSP结构的实现 | 第36页 |
| 3.2 算法理论描述 | 第36-44页 |
| 3.2.1 基因组转换条件判断(canBeTransformedInto) | 第36-37页 |
| 3.2.2 位置计算(getIndex) | 第37页 |
| 3.2.3 建立灰边连接(buildGrey) | 第37页 |
| 3.2.4 保存可行灰边(storeProperGrey) | 第37-38页 |
| 3.2.5 存储所有最小子排列 | 第38-39页 |
| 3.2.6 三种移位操作 | 第39-41页 |
| 3.2.7 寻找可用灰边 | 第41-42页 |
| 3.2.8 确定XuYu,以及XvYv(determine) | 第42页 |
| 3.2.9 缩小最小子排列的范围(prune) | 第42-43页 |
| 3.2.10 寻找偶隔离带(findEvenIsolation) | 第43页 |
| 3.2.11 寻找有效可行灰边(findValid) | 第43-44页 |
| 3.2.12 基因组变换(transform) | 第44页 |
| 3.3 实验 | 第44-48页 |
| 3.3.1 程序 | 第44-45页 |
| 3.3.2 准备工作 | 第45页 |
| 3.3.3 数据 | 第45-47页 |
| 3.3.4 分析 | 第47-48页 |
| 第4章 结论与展望 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-51页 |
| 致谢 | 第51-52页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第52-53页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第53页 |
