| 提要 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 第1章 绪论 | 第16-30页 |
| 1.1 背景介绍 | 第16-17页 |
| 1.2 RNA二级结构预测方法 | 第17-19页 |
| 1.2.1 多序列比对算法 | 第17页 |
| 1.2.2 动态规划方法 | 第17-18页 |
| 1.2.3 遗传算法 | 第18-19页 |
| 1.2.4 随机上下文无关文法 | 第19页 |
| 1.2.5 随机堆积方法 | 第19页 |
| 1.3 基本概念 | 第19-21页 |
| 1.3.1 茎区之间的关系 | 第20页 |
| 1.3.2 RNA二级结构 | 第20-21页 |
| 1.4 最小自由能 | 第21-30页 |
| 1.4.1 发卡环 | 第22-23页 |
| 1.4.2 凸环 | 第23页 |
| 1.4.3 茎区 | 第23-24页 |
| 1.4.4 内环 | 第24-26页 |
| 1.4.5 多分枝环 | 第26-27页 |
| 1.4.6 小结 | 第27-30页 |
| 第2章 基于茎区的动态规划算法的RNA二级结构预测 | 第30-42页 |
| 2.1 编码规则 | 第30-34页 |
| 2.1.1 编码方式 | 第30-31页 |
| 2.1.2 编码关联表 | 第31页 |
| 2.1.3 匹配表 | 第31-34页 |
| 2.2 基于茎区的动态规划算法 | 第34-38页 |
| 2.2.1 相关定义 | 第34页 |
| 2.2.2 算法描述 | 第34-37页 |
| 2.2.3 RNAstem算法的流程 | 第37-38页 |
| 2.3 实验结果 | 第38-40页 |
| 2.3.1 与组合优化算法的比较 | 第39-40页 |
| 2.3.2 与传统动态规划算法的比较 | 第40页 |
| 2.4 本章小结 | 第40-42页 |
| 第3章 基于蚁群算法的RNA二级结构预测 | 第42-52页 |
| 3.1 蚁群算法的起源 | 第42-43页 |
| 3.2 基于蚁群算法的RNA二级结构预测 | 第43-46页 |
| 3.2.1 启发式信息 | 第43页 |
| 3.2.2 初始信息素 | 第43-44页 |
| 3.2.3 选择初始茎区 | 第44页 |
| 3.2.4 选择下一茎区 | 第44-45页 |
| 3.2.5 信息素的更新机制 | 第45-46页 |
| 3.2.6 算法流程图 | 第46页 |
| 3.3 实验结果 | 第46-51页 |
| 3.3.1 参数λ的选择 | 第47-49页 |
| 3.3.2 参数Q的选择 | 第49-50页 |
| 3.3.3 与RNAstructure和GA的比较 | 第50-51页 |
| 3.4 本章小结 | 第51-52页 |
| 第4章 基于茎区的模糊蚁群算法的RNA二级结构预测 | 第52-72页 |
| 4.1 模糊自适应的蚁群算法 | 第52-63页 |
| 4.1.1 选择初始结点 | 第52-53页 |
| 4.1.2 启发式信息 | 第53-54页 |
| 4.1.3 选择下一结点 | 第54页 |
| 4.1.4 模糊自适应机制 | 第54-57页 |
| 4.1.5 精英结点策略 | 第57页 |
| 4.1.6 系统更新策略 | 第57页 |
| 4.1.7 关于信息素挥发系数的思考 | 第57-61页 |
| 4.1.8 模糊蚁群算法的流程图 | 第61-63页 |
| 4.2 模糊蚁群算法的性能研究 | 第63-69页 |
| 4.2.1 参数α和β的确定 | 第63-64页 |
| 4.2.2 算法寻优能力的比较 | 第64-67页 |
| 4.2.3 算法收敛速度的比较 | 第67-68页 |
| 4.2.4 bays29的最优路径 | 第68页 |
| 4.2.5 eil51的最优路径 | 第68-69页 |
| 4.3 基于模糊蚁群算法的RNA二级结构预测 | 第69-71页 |
| 4.3.1 选择初始茎区 | 第69-70页 |
| 4.3.2 延伸茎区的策略 | 第70页 |
| 4.3.3 和传统蚁群算法的比较 | 第70-71页 |
| 4.4 本章小结 | 第71-72页 |
| 第5章 基于框架的RNA二级结构预测 | 第72-92页 |
| 5.1 RNA茎区和结构问题研究 | 第72-86页 |
| 5.1.1 总茎区个数和RNA序列长度的关系 | 第72-74页 |
| 5.1.2 茎区的分布情况 | 第74-75页 |
| 5.1.3 RNA二级结构总个数和序列长度的关系 | 第75-76页 |
| 5.1.4 二级结构的能量分布图 | 第76-77页 |
| 5.1.5 不同能量下的茎区分布图 | 第77-86页 |
| 5.2 RNAframe算法 | 第86-88页 |
| 5.2.1 RNAframe算法的流程 | 第86-87页 |
| 5.2.2 与茎区随机堆积算法的比较 | 第87-88页 |
| 5.3 实验结果 | 第88-91页 |
| 5.4 本章小结 | 第91-92页 |
| 第6章 结论与展望 | 第92-94页 |
| 参考文献 | 第94-100页 |
| 作者简介及在学期间所取得的科研成果 | 第100-102页 |
| 致谢 | 第102-103页 |
