基于RNA-Seq的核桃内果皮发育转录组信息分析
| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1章 绪论 | 第11-23页 |
| 1.1 核桃的概述 | 第11-16页 |
| 1.1.1 核桃种质资源的概述 | 第11-12页 |
| 1.1.2 核桃果皮的发育研究 | 第12-13页 |
| 1.1.3 核桃的国内外研究进展 | 第13-16页 |
| 1.2 转录组的基本概述 | 第16-20页 |
| 1.2.1 转录组的简介及测序技术的演变 | 第16-18页 |
| 1.2.2 转录组的国内外研究进展 | 第18-20页 |
| 1.3 转录组测序技术在核桃研究中的应用 | 第20-22页 |
| 1.4 课题的研究意义 | 第22-23页 |
| 第2章 试验材料与方法 | 第23-30页 |
| 2.1 试验材料 | 第23页 |
| 2.2 试验方法 | 第23-24页 |
| 2.3 Illumina测序和组装 | 第24-26页 |
| 2.3.1 测序的基本原理 | 第24页 |
| 2.3.2 转录组数据的获得 | 第24-25页 |
| 2.3.3 转录组数据的组装 | 第25-26页 |
| 2.4 RNA——De novo注释 | 第26-30页 |
| 2.4.1 注释原理 | 第26-27页 |
| 2.4.2 转录组注释数据库 | 第27-28页 |
| 2.4.3 差异表达分析 | 第28-29页 |
| 2.4.4 SSR位点的查找与分析 | 第29-30页 |
| 第3章 测序结果与分析 | 第30-38页 |
| 3.1 测序结果 | 第30页 |
| 3.2 组装结果评估 | 第30-32页 |
| 3.3 注释结果 | 第32-36页 |
| 3.3.1 NR注释结果分析 | 第33-34页 |
| 3.3.2 COG注释结果分析 | 第34-35页 |
| 3.3.3 GO注释结果分析 | 第35-36页 |
| 3.3.4 KEGG代谢通路分析 | 第36页 |
| 3.4 SSR信息分析 | 第36-38页 |
| 第4章 差异表达基因的筛选与分析 | 第38-54页 |
| 4.1 条件特异表达基因的筛选 | 第38-39页 |
| 4.2 差异表达基因分析 | 第39-54页 |
| 4.2.1 差异表达基因的数量分析 | 第39-41页 |
| 4.2.2 差异表达基因的GO功能注释 | 第41-45页 |
| 4.2.3 差异表达基因的KEGG功能注释 | 第45-50页 |
| 4.2.4 共表达基因的表达模式及聚类分析 | 第50-54页 |
| 第5章 木质素代谢相关基因的筛选与分析 | 第54-63页 |
| 5.1 木质素代谢相关基因的筛选 | 第55页 |
| 5.2 木质素代谢相关基因的功能注释 | 第55-56页 |
| 5.3 木质素代谢关键酶相关基因的差异表达分析 | 第56-60页 |
| 5.4 木质素代谢通路分析 | 第60-63页 |
| 第6章 讨论 | 第63-68页 |
| 6.1 核桃内果皮转录组测序 | 第63页 |
| 6.2 转录组序列信息功能注释 | 第63-64页 |
| 6.3 SSR位点分析 | 第64-65页 |
| 6.4 差异基因的表达分析 | 第65页 |
| 6.5 木质素代谢 | 第65-68页 |
| 第7章 结论 | 第68-70页 |
| 参考文献 | 第70-77页 |
| 附录 | 第77-93页 |
| 致谢 | 第93-94页 |
| 作者简历 | 第94页 |
| 在读期间发表论文情况 | 第94页 |
