| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5页 |
| 英文缩略表 | 第9-10页 |
| 引言 | 第10-11页 |
| 第1章 文献综述 | 第11-18页 |
| 1.1 棉花研究进展 | 第11-13页 |
| 1.1.1 基因组研究现状 | 第11-12页 |
| 1.1.2 棉花纤维研究现状 | 第12-13页 |
| 1.2 植物基因组的倍增和多倍化 | 第13-15页 |
| 1.2.1 双子叶植物基因组基因倍增研究现状 | 第14-15页 |
| 1.3 同源基因 | 第15-16页 |
| 1.4 共线性基因 | 第16页 |
| 1.5 比较基因组学 | 第16-18页 |
| 1.5.1 比较基因组学基本概念 | 第16-17页 |
| 1.5.2 比较基因组学常用研究方法与工具 | 第17-18页 |
| 第2章 棉花基因组同源结构进化分析 | 第18-29页 |
| 2.1 数据材料 | 第18-19页 |
| 2.1.1 外类群物种的确定 | 第18-19页 |
| 2.2 研究方法 | 第19-21页 |
| 2.2.1 数据的获取与处理 | 第19-20页 |
| 2.2.2 基因组内与基因组间的同源序列比对 | 第20页 |
| 2.2.3 构建物种间的同源结构点阵图 | 第20-21页 |
| 2.3 结果与分析 | 第21-27页 |
| 2.3.1 基因组内同源结构点阵图 | 第21-24页 |
| 2.3.2 基因组间同源结构 | 第24-26页 |
| 2.3.3 同源区块的筛选 | 第26-27页 |
| 2.4 本章小结 | 第27-29页 |
| 第3章 重构棉花与多倍化关联的古代子基因组同源列表 | 第29-38页 |
| 3.1 数据材料 | 第29页 |
| 3.2 研究方法 | 第29-30页 |
| 3.2.1 基因组间的同源共线性分析 | 第29页 |
| 3.2.2 同源共线性基因集合列表的构建 | 第29页 |
| 3.2.3 多基因组的多重序列比对分析 | 第29-30页 |
| 3.3 结果与分析 | 第30-37页 |
| 3.3.1 同源共线性基因集合列表的构建 | 第30-31页 |
| 3.3.2 棉花基因组的二重比对分析 | 第31-33页 |
| 3.3.3 棉花基因组与参考基因组的二重比对分析 | 第33页 |
| 3.3.4 多物种多重序列比对的分析 | 第33-37页 |
| 3.4 本章小结 | 第37-38页 |
| 第4章 棉花基因组的基因丢失与进化时间的测定 | 第38-44页 |
| 4.1 数据材料 | 第38页 |
| 4.2 研究方法 | 第38-39页 |
| 4.2.1 基因丢失的统计 | 第38页 |
| 4.2.2 各进化节点的基因保留情况统计 | 第38-39页 |
| 4.2.3 物种进化时间分析推断 | 第39页 |
| 4.3 结果与分析 | 第39-43页 |
| 4.3.1 基因组进化与基因丢失 | 第39-40页 |
| 4.3.2 各物种进化节点祖先基因组含量推断 | 第40-41页 |
| 4.3.3 物种进化时间推断 | 第41-43页 |
| 4.4 本章小结 | 第43-44页 |
| 第5章 基因倍增和棉纤维发育相关基因家族的关联分析 | 第44-53页 |
| 5.1 数据材料 | 第44页 |
| 5.2 研究方法 | 第44-45页 |
| 5.2.1 棉花与外类群基因组中棉纤维发育基因家族的鉴定 | 第44页 |
| 5.2.2 棉纤维发育相关基因的系统发育分析 | 第44页 |
| 5.2.3 正选择分析 | 第44-45页 |
| 5.2.4 全基因组加倍与棉纤维发育相关基因的关联分析 | 第45页 |
| 5.2.5 基因家族进化与相似性分析 | 第45页 |
| 5.3 结果与分析 | 第45-52页 |
| 5.3.1 棉纤维生长发育相关基因家族的确定 | 第45-46页 |
| 5.3.2 棉纤维生长发育相关基因家族的系统发育分析 | 第46页 |
| 5.3.3 正选择分析 | 第46-49页 |
| 5.3.4 全基因组加倍与棉纤维发育相关基因的关联分析 | 第49-50页 |
| 5.3.5 棉纤维发育相关基因的相似性分析 | 第50-52页 |
| 5.4 本章小结 | 第52-53页 |
| 结论 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-60页 |
| 附录A 不同条件棉花物种的同源基因对数量和同源片段数量 | 第60-63页 |
| 附录B 棉花与外类群物种染色体的同源进化关系 | 第63-64页 |
| 致谢 | 第64-65页 |
| 导师简介 | 第65-66页 |
| 作者简介 | 第66-67页 |
| 学位论文数据集 | 第67页 |
