| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一章 引言 | 第11-15页 |
| 1.1 课题背景 | 第11-12页 |
| 1.2 研究内容 | 第12-13页 |
| 1.3 研究意义 | 第13-14页 |
| 1.4 本文组织结构 | 第14-15页 |
| 第二章 蛋白质结构预测及其约束挖掘的介绍 | 第15-26页 |
| 2.1 蛋白质结构预测概述 | 第15-19页 |
| 2.1.1 蛋白质结构介绍 | 第15-17页 |
| 2.1.2 蛋白质结构预测的常用方法 | 第17-19页 |
| 2.2 蛋白质结构约束挖掘概述 | 第19-22页 |
| 2.2.1 纯序列法 | 第19-20页 |
| 2.2.2 监督学习法 | 第20-22页 |
| 2.3 蛋白质结构采样方法概述 | 第22-25页 |
| 2.3.1 I-TASSER采样方法 | 第22-23页 |
| 2.3.2 Rosetta采样方法 | 第23-24页 |
| 2.3.3 混合蒙特卡洛采样 | 第24-25页 |
| 2.4 本章小结 | 第25-26页 |
| 第三章 基于蛋白质进化配对的残基间距离约束挖掘方法 | 第26-36页 |
| 3.1 引言 | 第26-28页 |
| 3.2 材料与方法 | 第28-32页 |
| 3.2.1 数据准备 | 第28-29页 |
| 3.2.2 特征提取 | 第29-32页 |
| 3.2.3 训练过程 | 第32页 |
| 3.3 结果与分析 | 第32-35页 |
| 3.4 本章小结 | 第35-36页 |
| 第四章 基于距离约束的蛋白质结构采样方法 | 第36-52页 |
| 4.1 引言 | 第36页 |
| 4.2 混合蒙特卡洛采样 | 第36-40页 |
| 4.2.1 理论基础 | 第36-37页 |
| 4.2.2 混合蒙特卡洛(Hybrid Monte Carlo HMC)算法 | 第37-40页 |
| 4.3 实验设计与数据准备 | 第40-43页 |
| 4.3.1 实验设计 | 第40-42页 |
| 4.3.2 数据准备 | 第42-43页 |
| 4.4 结果与分析 | 第43-50页 |
| 4.4.1 加约束前后结果对比 | 第43-45页 |
| 4.4.2 HMC采样中距离约束的作用 | 第45-50页 |
| 4.5 本章小结 | 第50-52页 |
| 第五章 总结与展望 | 第52-54页 |
| 5.1 工作总结 | 第52页 |
| 5.2 研究展望 | 第52-54页 |
| 参考文献 | 第54-60页 |
| 发表文章目录及科研项目 | 第60-61页 |
| 致谢 | 第61-62页 |