| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 前言 | 第13-28页 |
| 1.1 研究背景 | 第13-23页 |
| 1.1.1 表观遗传学与药物研发 | 第13-15页 |
| 1.1.2 组蛋白密码 | 第15-17页 |
| 1.1.3 转录因子TCF7L2 | 第17-18页 |
| 1.1.4 新一代测序技术（NGS） | 第18-20页 |
| 1.1.5 染色质免疫共沉淀（ChIP） | 第20-22页 |
| 1.1.6 机器学习 | 第22-23页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第23-26页 |
| 1.3 主要研究内容和意义 | 第26-28页 |
| 第二章 基于机器学习建立转录因子相关的功能性基因调控元件分析方法 | 第28-39页 |
| 2.1 引言 | 第28-29页 |
| 2.2 材料与方法 | 第29-33页 |
| 2.2.1 实验环境 | 第29-30页 |
| 2.2.2 实验方法 | 第30-33页 |
| 2.3 结果与分析 | 第33-36页 |
| 2.4 讨论 | 第36-38页 |
| 2.5 小结 | 第38-39页 |
| 第三章 利用染色质免疫共沉淀后测序创建数据集 | 第39-56页 |
| 3.1 引言 | 第39-40页 |
| 3.2 材料与方法 | 第40-46页 |
| 3.2.1 实验材料 | 第40-41页 |
| 3.2.2 实验方法 | 第41-46页 |
| 3.3 结果与分析 | 第46-52页 |
| 3.3.1 超声条件的确定 | 第46-49页 |
| 3.3.2 qPCR检测ChIP后得到的DNA质量 | 第49-52页 |
| 3.3.3 测序结果 | 第52页 |
| 3.4 讨论 | 第52-55页 |
| 3.5 小结 | 第55-56页 |
| 第四章 TCF7L2相关的人类基因组功能性调控单元分析 | 第56-90页 |
| 4.1 引言 | 第56页 |
| 4.2 材料与方法 | 第56-61页 |
| 4.2.1 实验环境 | 第56页 |
| 4.2.2 实验方法 | 第56-61页 |
| 4.3 结果与分析 | 第61-87页 |
| 4.3.1 测试数据集样本分析 | 第61-64页 |
| 4.3.2 HMM模型 | 第64-68页 |
| 4.3.3 转录因子相关功能性基因调控元件分析 | 第68-81页 |
| 4.3.4 TCF7L2相关染色质状态的基因富集和信号通路分析 | 第81-87页 |
| 4.4 讨论 | 第87-88页 |
| 4.5 小结 | 第88-90页 |
| 第五章 利用分子生物学实验验证基因内部增强子和远端增强子元件 | 第90-107页 |
| 5.1 引言 | 第90-92页 |
| 5.2 材料与方法 | 第92-100页 |
| 5.2.1 实验材料 | 第92-93页 |
| 5.2.2 实验方法 | 第93-100页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第100-105页 |
| 5.3.1 利用荧光实时定量PCR方法验证T-cep预测的染色质修饰状态与TCF7L2的相关性 | 第100-101页 |
| 5.3.2 荧光素酶报告基因验证转录因子相关增强子功能 | 第101-105页 |
| 5.4 讨论 | 第105-106页 |
| 5.5 小结 | 第106-107页 |
| 第六章 利用TCF7L2和MYC组学数据比较T-CEP和CHROMHMM分析方法 | 第107-115页 |
| 6.1 引言 | 第107页 |
| 6.2 实验方法 | 第107-108页 |
| 6.2.1 数据来源 | 第107页 |
| 6.2.2 实验方法 | 第107-108页 |
| 6.3 结果与分析 | 第108-113页 |
| 6.3.1 ChromHMM对TCF7L2组学数据分析结果 | 第108页 |
| 6.3.2 ChromHMM和T-cep软件对TCF7L2组学数据处理结果对比 | 第108-111页 |
| 6.3.3 MYC组学数据分析结果 | 第111-113页 |
| 6.4 讨论 | 第113-114页 |
| 6.5 小结 | 第114-115页 |
| 第七章 结论 | 第115-118页 |
| 7.1 本文结论 | 第115-117页 |
| 7.2 本文创新点 | 第117-118页 |
| 参考文献 | 第118-134页 |
| 附录1转录因子相关染色质状态的基因清单 | 第134-152页 |
| 博士期间发表的学术论文 | 第152-153页 |
| 致谢 | 第153页 |
