| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第14-15页 |
| 第一章 前言 | 第15-25页 |
| 1.1 作物种质资源研究现状 | 第15-17页 |
| 1.1.1 作物种质资源的收集与保存 | 第15页 |
| 1.1.2 核心种质概述及意义 | 第15-16页 |
| 1.1.3 核心种质的构建 | 第16页 |
| 1.1.4 核心种质的评价与利用 | 第16-17页 |
| 1.2 番茄种质资源研究进展 | 第17-19页 |
| 1.2.1 番茄的起源与进化 | 第17-18页 |
| 1.2.2 番茄种质资源的收集与保存 | 第18页 |
| 1.2.3 番茄种质研究及利用现状 | 第18-19页 |
| 1.3 SNP分子标记技术 | 第19-21页 |
| 1.3.1 SNP标记概述 | 第19页 |
| 1.3.2 SNP标记的开发 | 第19-20页 |
| 1.3.3 SNP分型检测方法 | 第20-21页 |
| 1.4 全基因组关联分析 | 第21-23页 |
| 1.4.1 GWAS的概念与优势 | 第21-22页 |
| 1.4.2 GWAS一般分析流程 | 第22页 |
| 1.4.3 连锁不平衡（LD）分析 | 第22页 |
| 1.4.4 全基因组关联分析方法 | 第22-23页 |
| 1.4.5 番茄全基因组关联分析现状 | 第23页 |
| 1.5 本研究的目的和技术路线 | 第23-25页 |
| 1.5.1 研究目的 | 第23-24页 |
| 1.5.2 技术路线 | 第24-25页 |
| 第二章 SNP标记的挖掘与遗传背景分析 | 第25-36页 |
| 2.1 材料与方法 | 第25-26页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第25页 |
| 2.1.2 SNP位点挖掘标准 | 第25页 |
| 2.1.3 MassARRAY基因分型 | 第25-26页 |
| 2.1.4 SNP分型结果分析 | 第26页 |
| 2.1.5 基于SNP基因分型的遗传结构分析 | 第26页 |
| 2.2 结果与分析 | 第26-35页 |
| 2.2.1 基因分型位点 | 第26-31页 |
| 2.2.2 SNP基因分型及多样性分析 | 第31-34页 |
| 2.2.3 基于SNP基因分型的遗传背景分析 | 第34-35页 |
| 2.3 结论与讨论 | 第35-36页 |
| 2.3.1 SNP标记具有较高多态性 | 第35页 |
| 2.3.2 加工番茄遗传背景初步分析 | 第35-36页 |
| 第三章 加工番茄核心种质的构建 | 第36-43页 |
| 3.1 材料与方法 | 第36-38页 |
| 3.1.1 试验材料 | 第36页 |
| 3.1.2 表型数据调查 | 第36-37页 |
| 3.1.3 基因组DNA提取 | 第37页 |
| 3.1.4 SNP基因分型 | 第37页 |
| 3.1.5 核心种质最佳样本量预测 | 第37-38页 |
| 3.1.6 基于不同方法核心种质的构建 | 第38页 |
| 3.1.7 核心种质的评价与最优方案确定 | 第38页 |
| 3.2 结果与分析 | 第38-41页 |
| 3.2.1 核心种质最佳样本量 | 第38-39页 |
| 3.2.2 初始核心种质的构建 | 第39页 |
| 3.2.3 初始核心种质的评价与核心种质确定 | 第39-41页 |
| 3.2.4 不同方法的比较分析 | 第41页 |
| 3.3 结论与讨论 | 第41-43页 |
| 3.3.1 核心种质的构建 | 第41-42页 |
| 3.3.2 不同方法的比较分析 | 第42-43页 |
| 第四章 加工番茄重要农艺性状的GWAS分析 | 第43-50页 |
| 4.1 材料与方法 | 第43-44页 |
| 4.1.1 试验材料 | 第43页 |
| 4.1.2 农艺性状调查 | 第43页 |
| 4.1.3 全基因组低倍重测序 | 第43-44页 |
| 4.1.4 群体结构分析 | 第44页 |
| 4.1.5 全基因组关联分析（GWAS） | 第44页 |
| 4.2 结果与分析 | 第44-48页 |
| 4.2.1 群体结构分析 | 第44-45页 |
| 4.2.2 重要农艺性状关联分析 | 第45-48页 |
| 4.3 结论与讨论 | 第48-50页 |
| 4.3.1 基于低倍重测序数据开发SNP标记的优势与不足 | 第48页 |
| 4.3.2 基于低倍重测序的全基因组关联分析 | 第48-50页 |
| 第五章 全文结论 | 第50-52页 |
| 参考文献 | 第52-59页 |
| 附录 | 第59-60页 |
| 致谢 | 第60-61页 |
| 作者简介 | 第61页 |