| 摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 英文缩写词汇表 | 第12-13页 |
| 前言 | 第13-21页 |
| 1 数据库搜索策略分析串联质谱数据 | 第13-15页 |
| 1.1 搜索数据库对蛋白质鉴定的影响 | 第14页 |
| 1.2 复杂生物样本质谱数据分析的质量控制 | 第14-15页 |
| 1.3 蛋白质组质谱数据自动分析平台 | 第15页 |
| 1.4 基于串联质谱数据注释基因组 | 第15页 |
| 2 论文主要工作 | 第15-17页 |
| 参考文献 | 第17-21页 |
| 第一章 蛋白质组质谱数据鉴定流程的优化及自动化分析平台的建立 | 第21-37页 |
| 1 概述 | 第21-22页 |
| 2 材料和方法 | 第22-25页 |
| 2.1 实验数据集 | 第22-23页 |
| 2.2 数据库和数据库搜索 | 第23-24页 |
| 2.3 质谱数据不同层次质量控制方法 | 第24页 |
| 2.4 构建质谱数据分析平台 | 第24-25页 |
| 2.4.1 平台开发及运行环境 | 第24-25页 |
| 2.4.2 功能模块 | 第25页 |
| 3 结果 | 第25-33页 |
| 3.1 人类蛋白质组数据库比较 | 第25-28页 |
| 3.1.1 数据库的理论差异 | 第25-27页 |
| 3.1.2 不同蛋白质组数据库搜库结果的比较 | 第27-28页 |
| 3.2 数据库搜索策略的质量控制 | 第28-30页 |
| 3.2.1 PSM、肽段、蛋白水平质量控制比较 | 第28-29页 |
| 3.2.2 ProDistiller质控及蛋白装配方法 | 第29-30页 |
| 3.3 建立质谱数据分析平台MS Data Processing Pipeline | 第30-33页 |
| 3.3.1 MS Data Processing Pipeline的架构 | 第30-31页 |
| 3.3.2 MS Data Processing Pipeline主要页面展示 | 第31-33页 |
| 4 讨论 | 第33-34页 |
| 参考文献 | 第34-37页 |
| 第二章 染色体蛋白质组项目的质谱数据分析 | 第37-47页 |
| 1 概述 | 第37-38页 |
| 2 材料和方法 | 第38-39页 |
| 2.1 实验数据集 | 第38页 |
| 2.2 数据库搜索和处理 | 第38-39页 |
| 2.3 蛋白质信息学分析 | 第39页 |
| 2.4 SAP（单氨基酸多态性）鉴定 | 第39页 |
| 3 结果 | 第39-44页 |
| 3.1 蛋白质鉴定结果 | 第39-41页 |
| 3.1.1 CCPD2013数据集 | 第39-41页 |
| 3.1.2 TF富集策略对质谱鉴定的贡献 | 第41页 |
| 3.2 多组学数据比较 | 第41-42页 |
| 3.3 使用样本特异性蛋白质数据库鉴定SAP | 第42-44页 |
| 4 讨论 | 第44-45页 |
| 参考文献 | 第45-47页 |
| 第三章 大规模人类肝脏蛋白质组数据的整合分析及鉴定中假阴性问题的探讨 | 第47-59页 |
| 1 概述 | 第47-48页 |
| 2 材料和方法 | 第48-53页 |
| 2.1 实验数据集 | 第48-51页 |
| 2.1.1 人类肝脏蛋白质组实验数据集 | 第48-49页 |
| 2.1.2 人类肝脏蛋白质表达谱数据集 | 第49-51页 |
| 2.2 人类肝脏蛋白质组数据整合分析 | 第51-52页 |
| 2.2.1 数据库搜索 | 第51-52页 |
| 2.2.2 蛋白质-基因转换 | 第52页 |
| 2.3 假阴性结果分析 | 第52-53页 |
| 3 结果 | 第53-56页 |
| 3.1 鉴定肝脏基因数据集 | 第53-54页 |
| 3.2 人类肝脏蛋白质数据集与表达谱数据比较 | 第54-55页 |
| 3.3 基因在Pandey成人肝数据的F-value分布 | 第55-56页 |
| 4 讨论 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-59页 |
| 第四章 基于人类蛋白质组质谱数据鉴定新可变剪接体和新蛋白质 | 第59-73页 |
| 1 概述 | 第59-61页 |
| 2 材料和方法 | 第61-64页 |
| 2.1 实验数据集 | 第61-62页 |
| 2.2 数据库和数据库搜索 | 第62-63页 |
| 2.2.1 整合已知蛋白数据库 | 第62页 |
| 2.2.2 构建EEJ数据库 | 第62页 |
| 2.2.3 预测蛋白序列库AceView | 第62-63页 |
| 2.2.3 数据库搜索 | 第63页 |
| 2.3 基于基因库搜索实现新蛋白和新可变剪接体的鉴定 | 第63-64页 |
| 3 结果 | 第64-70页 |
| 3.1 基于质谱数据鉴定EEJ | 第64-69页 |
| 3.2 基于质谱数据鉴定新蛋白 | 第69-70页 |
| 4 讨论 | 第70页 |
| 参考文献 | 第70-73页 |
| 全文总结 | 第73-75页 |
| 附录 | 第75-81页 |
| 附录：ProDistiller主程序源码及使用说明 | 第75-81页 |
| 主程序源码 | 第75-78页 |
| 使用说明 | 第78-81页 |
| 在读期间发表论文 | 第81-83页 |
| 致谢 | 第83-85页 |
| 个人简历 | 第85页 |
