| 目录 | 第1-5页 |
| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 缩略词表 | 第7-8页 |
| 1 前言 | 第8-16页 |
| ·二代测序技术简述 | 第8-11页 |
| ·全基因组重测序研究综述 | 第11-15页 |
| ·甜橙基因组研究进展 | 第15-16页 |
| ·本研究的目的和内容 | 第16页 |
| 2 材料与方法 | 第16-21页 |
| ·实验数据和生物信息学工具 | 第16-18页 |
| ·实验方法 | 第18-21页 |
| ·短序列比对 | 第18页 |
| ·SNP,InDel,SV预测 | 第18-19页 |
| ·SNP,InDel,SV注释与表达分析 | 第19页 |
| ·等位表达差异分析 | 第19-20页 |
| ·非参考基因组序列组装和基因注释 | 第20页 |
| ·甜橙杂合二倍体亲本测序数据K-mer分析与基因组组装 | 第20页 |
| ·甜橙起源分析 | 第20-21页 |
| 3 结果和分析 | 第21-32页 |
| ·甜橙基因组杂合度分析 | 第21-30页 |
| ·SNP,InDel,SV预测和注释 | 第21-25页 |
| ·杂合位点对基因表达的影响 | 第25-29页 |
| ·非甜橙参考基因组序列组装和基因注释 | 第29-30页 |
| ·甜橙起源分析 | 第30-32页 |
| 4 讨论 | 第32-34页 |
| 参考文献 | 第34-43页 |
| 附录Ⅰ 亲本基因组染色体SNP密度分布图 | 第43-44页 |
| 附录Ⅱ 硕士期间发表的论文 | 第44-45页 |
| 致谢 | 第45页 |