| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-11页 |
| CONTENTS | 第11-14页 |
| 图表目录 | 第14-18页 |
| 主要符号表 | 第18-19页 |
| 1 绪论 | 第19-45页 |
| ·化学小分子体系的计算模拟研究 | 第19-22页 |
| ·计算化学概述 | 第19-20页 |
| ·激发态氢键、二氢键动力学的量子化学研究 | 第20-22页 |
| ·生物大分子体系的计算模拟研究 | 第22-27页 |
| ·计算生物学概述 | 第22-23页 |
| ·蛋白质结构预测 | 第23页 |
| ·受体-配体相互作用的研究 | 第23-26页 |
| ·应用虚拟筛选的合理药物设计 | 第26-27页 |
| ·计算分子模拟方法简介 | 第27-43页 |
| ·量子化学计算方法 | 第27-35页 |
| ·计算生物学方法 | 第35-43页 |
| ·本论文的研究内容 | 第43-45页 |
| 2 含苯酚体系的分子间二氢键的激发态动力学性质 | 第45-65页 |
| ·引言 | 第45-46页 |
| ·计算方法 | 第46-47页 |
| ·结果与讨论 | 第47-64页 |
| ·分子间二氢键O-H…H-Si的激发态动力学性质 | 第47-51页 |
| ·分子间二氢键O-H…H-Ge的激发态动力学性质 | 第51-56页 |
| ·Phenol-H_2O-DEMS三聚体中分子间氢键和二氢键在不同电子态的性质以及相互关系 | 第56-64页 |
| ·小结 | 第64-65页 |
| 3 含2-吡啶酮体系的分子间二氢键的激发态动力学性质 | 第65-77页 |
| ·引言 | 第65页 |
| ·计算方法 | 第65-66页 |
| ·结果与讨论 | 第66-75页 |
| ·复合物2PY-DEMS和2PY-TEGH中分子间二氢键的激发态动力学性质 | 第66-69页 |
| ·2PY-BTMA复合物中分子间氢键和二氢键的激发态动力学性质 | 第69-75页 |
| ·小结 | 第75-77页 |
| 4 癌症疫苗佐剂LmeIF-4A的构象及其类似蛋白佐剂的识别 | 第77-91页 |
| ·引言 | 第77-79页 |
| ·计算方法 | 第79-81页 |
| ·分子动力学模拟 | 第79页 |
| ·表面静电势 | 第79页 |
| ·简正振动模分析 | 第79-80页 |
| ·同源模建构建Listeria ivanovii解旋蛋白结构 | 第80页 |
| ·模型的评估和优化 | 第80-81页 |
| ·结果与讨论 | 第81-89页 |
| ·完整LmeIF蛋白的三维静电势 | 第81-82页 |
| ·完整LmeIF蛋白的分子动力学模拟 | 第82-84页 |
| ·LmeIF蛋白的结构特征 | 第84-86页 |
| ·LmeIF蛋白的弹性和构象预测 | 第86-87页 |
| ·生物信息学分析 | 第87页 |
| ·LI-解旋酶结构的同源模建 | 第87-88页 |
| ·LI-解旋酶的三维静电势分析 | 第88-89页 |
| ·小结 | 第89-91页 |
| 5 基于HWZ打分函数和形状-密度模型的全新高效虚拟筛选方法研究 | 第91-112页 |
| ·引言 | 第91-92页 |
| ·理论与方法 | 第92-99页 |
| ·形状重叠步骤 | 第93页 |
| ·重叠结构打分 | 第93-96页 |
| ·分子形状-密度模型 | 第96-97页 |
| ·优化分子体积VA | 第97页 |
| ·验证 | 第97-98页 |
| ·虚拟筛选能力的评估 | 第98-99页 |
| ·结果与讨论 | 第99-110页 |
| ·AUC值分析 | 第99-105页 |
| ·富集因子分析 | 第105-108页 |
| ·命中率分析 | 第108-110页 |
| ·小结 | 第110-112页 |
| 结论与展望 | 第112-114页 |
| 创新点摘要 | 第114-115页 |
| 参考文献 | 第115-129页 |
| 作者简介 | 第129-130页 |
| 攻读博士学位期间科研项目及科研成果 | 第130-132页 |
| 致谢 | 第132-133页 |
