| 前言 | 第1-5页 |
| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 目录 | 第9-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-30页 |
| 1 密码子偏性 | 第12-22页 |
| ·密码子偏性概述 | 第12-13页 |
| ·密码子偏性的形成原因 | 第13-19页 |
| ·选择-突变-漂变学说 | 第13-14页 |
| ·突变压力 | 第14-15页 |
| ·选择作用 | 第15-16页 |
| ·碱基关联突变 | 第16-17页 |
| ·其他因素 | 第17-19页 |
| 氨基酸组成偏性 | 第17-18页 |
| 基因长度 | 第18页 |
| RNA结构 | 第18页 |
| 随机因素 | 第18-19页 |
| ·密码子偏性的研究方法 | 第19-22页 |
| ·相对同义密码子使用频率(Relative Synonymous Codon Usage,RSCU) | 第19页 |
| ·密码子适应指数(Codon Adaptation Index,CAI) | 第19-20页 |
| ·最优密码子(Optimal Codon) | 第20-21页 |
| ·有效密码子数(Effective Number of Codons,Nc) | 第21页 |
| ·其他方法 | 第21-22页 |
| 2 植物线粒体的特征和进化 | 第22-28页 |
| ·植物线粒体基因组的基本特征 | 第22-27页 |
| ·A+T含量 | 第22-23页 |
| ·基因组大小 | 第23页 |
| ·基因组结构 | 第23页 |
| ·基因组成及功能 | 第23-25页 |
| ·内含子 | 第25-27页 |
| ·基因间区 | 第27页 |
| ·遗传密码 | 第27页 |
| ·植物中线粒体的进化特征 | 第27-28页 |
| 3 植物中的密码子偏性研究 | 第28-30页 |
| 第二章 植物线粒体密码子偏性的特征与原因 | 第30-48页 |
| 1 本章引言 | 第30-31页 |
| 2 植物线粒体基因组的基本特征 | 第31-39页 |
| ·材料与方法 | 第31-32页 |
| ·数据获得 | 第31页 |
| ·RNA编辑位点的处理 | 第31页 |
| ·不同区域的GC含量的计算 | 第31-32页 |
| ·结果与讨论 | 第32-39页 |
| ·植物线粒体基因的进化 | 第32-34页 |
| ·基因组的大小、GC含量和基因数目 | 第34-36页 |
| ·线粒体基因组中的RNA编辑位点和数目 | 第36-39页 |
| 3 植物线粒体密码子偏性的基本特征 | 第39-42页 |
| ·材料与方法 | 第39-40页 |
| ·密码子使用频率的计算:CodonW | 第39页 |
| ·密码子偏性的计算:Nc | 第39-40页 |
| ·结果与讨论 | 第40-42页 |
| ·植物几大进化类群的线粒体密码子偏性 | 第40-42页 |
| 藻类植物线粒体 | 第40-41页 |
| 早期陆地植物线粒体 | 第41页 |
| 高等植物线粒体 | 第41-42页 |
| 4 造成植物线粒体密码子偏性的主要原因 | 第42-46页 |
| ·材料与方法 | 第42-43页 |
| ·利用与期望Nc值的比较分离突变作用 | 第42页 |
| ·碱基关联突变的影响 | 第42-43页 |
| ·结果与讨论 | 第43-46页 |
| ·突变压力对密码子偏性的贡献 | 第43-44页 |
| ·碱基关联突变影响密码子偏性 | 第44-46页 |
| 5 本章小结 | 第46-48页 |
| 第三章 植物线粒体基因组密码子偏性的分配 | 第48-74页 |
| 1 本章引言 | 第48-49页 |
| 2 植物线粒体密码子偏性在不同基因上的分配 | 第49-53页 |
| ·材料与方法 | 第49-50页 |
| ·单个基因的密码子偏性的衡量 | 第49-50页 |
| ·不同因素在单个基因上的分离和比较 | 第50页 |
| ·结果与讨论 | 第50-53页 |
| ·Nc-GC3s作图显示每个基因的密码子偏性和期望的比较 | 第50-52页 |
| ·不同基因在不同进化类群中选择压力的比较 | 第52-53页 |
| 3 不同氨基酸对密码子偏性的贡献 | 第53-56页 |
| ·材料和方法 | 第53-54页 |
| ·每个基因中偏性氨基酸的鉴定 | 第53-54页 |
| ·结果与讨论 | 第54-56页 |
| ·不同氨基酸对密码子偏性的影响 | 第54-56页 |
| 4 植物线粒体最优密码子的鉴定和比较 | 第56-63页 |
| ·材料与方法 | 第57-59页 |
| ·利用相关方法鉴定最优密码子 | 第57页 |
| ·背景校正方法的改进 | 第57-58页 |
| ·利用单个氨基酸的偏性的相关性方法鉴定最优密码子 | 第58-59页 |
| ·结果与讨论 | 第59-63页 |
| ·三种基因相关性方法鉴定的最优密码子 | 第59-60页 |
| ·利用单个氨基酸偏性的相关性方法鉴定的最优密码子 | 第60-62页 |
| ·植物线粒体中最优密码子的基本特征 | 第62-63页 |
| 5 tRNA基因与最优密码子的关联 | 第63-71页 |
| ·材料与方法 | 第63-66页 |
| ·线粒体基因组中tRNA基因的获得 | 第63-64页 |
| ·最优密码子与tRNA基因的选择作用 | 第64-65页 |
| ·SPTA密码子使用规律体现tRNA选择作用 | 第65-66页 |
| ·结果与讨论 | 第66-71页 |
| ·线粒体基因组中tRNA基因的分布 | 第66-68页 |
| ·最优密码子与tRNA基因的选择作用 | 第68-69页 |
| ·SPTA密码子使用规律体现tRNA选择作用 | 第69-71页 |
| 6 本章小结 | 第71-74页 |
| 全文总结 | 第74-76页 |
| 致谢 | 第76-78页 |
| 参考文献 | 第78-88页 |
| 附录1 | 第88-89页 |
| 附录2 | 第89-99页 |
