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水稻全长cDNA文库的构建和两个microRNA的功能研究

缩略名词表第1-8页
摘要第8-11页
ABSTRACT第11-14页
1 前言第14-33页
   ·MICRORNA—具有调节功能的NO-CODING RNA第14-23页
     ·Modern small RNA world第14-15页
     ·MicroRNA基因的发现和特点第15-18页
     ·MicroRNA在拟南芥中的形成过程第18-19页
     ·MicroRNA的对靶位点的识别第19-20页
     ·microRNA调节靶基因的机制第20-21页
     ·MicroRNA的进化第21-22页
     ·与MicroRNA相关的一些研究方法第22-23页
   ·MICRORNA在拟南芥生长发育中的调节作用第23-29页
     ·MicroRNA与植物的生长发育第23-26页
     ·MicroRNA与植物的激素第26-27页
     ·MicroRNA与植物的逆境应答第27-28页
     ·MicroRNA与small RNA的代谢第28-29页
   ·其他几类具有调节功能的SMALL RNA的研究进展第29-30页
     ·26—30nt长的small RNA第29页
     ·Natural siRNA第29-30页
   ·水稻功能基因组学与全长cDNA文库第30-32页
     ·水稻基因功能研究的平台技术第30-31页
     ·全长cDNA文库的意义和技术第31-32页
   ·本研究的目的和意义第32-33页
2 材料与方法第33-42页
   ·实验材料第33页
     ·水稻材料第33页
     ·菌株第33页
   ·RNA抽提第33-34页
   ·cDNA文库构建第34-35页
   ·水稻基因的克隆与转化第35-36页
     ·OsSPL基因转化载体的构建第35-36页
     ·基因的定点诱变第36页
   ·基因表达分析第36-38页
     ·Northern Blot第36页
     ·Semi-quantitative RT-PCR第36-37页
     ·Real-time qRT-PCR第37页
     ·Small RNA表达量检测第37-38页
     ·Microarray分析水稻转录组第38页
     ·RLM-RACE分析miRNA-RISC切断靶RNA的位点第38页
   ·酵母双杂交第38-39页
     ·Bait的构建第38-39页
     ·文库的筛选第39页
     ·互作的验证第39页
   ·序列分析第39-40页
   ·组织细胞学第40-41页
     ·石蜡切片第40页
     ·表皮细胞观察第40-41页
     ·SEM第41页
     ·水稻器官的整体装片观察(whole mount)第41页
     ·In situ hybridization第41页
   ·植物生长与表型统计第41-42页
   ·水稻的激素处理第42页
     ·用于基因表达材料的激素处理第42页
     ·MI7的激素处理第42页
3 结果与分析第42-102页
   ·水稻全长cDNA的分离第42-48页
     ·明恢63 Normalized cDNA文库中全长cDNA的分离第42-45页
     ·cDNA文库的构建第45-48页
   ·MIR156与OsSPL基因的功能分析第48-87页
     ·水稻miR156和SPL基因的分离与分析第48-58页
     ·miR156与植物生长发育的调节第58-69页
     ·miR156-OsSPL的互作与发育时间有关第69-70页
     ·miR156的调节机制第70-74页
     ·miR156与OsSPL基因互作的时间特异性第74-76页
     ·Affymetrix rice microarray分析Md/Mh中转录组第76-80页
     ·miR156-OsSPL互作的调节因素第80-82页
     ·miR156的原位杂交第82-84页
     ·Pri-miR156d和Pri-miR156h的表达与miR156表达模式相似第84-85页
     ·OsSPL14基因的功能研究第85-87页
   ·MIR164与水稻的发育第87-102页
     ·水稻中miR164的序列分析与靶基因预测第87-89页
     ·水稻中miR164的超表达第89-91页
     ·miR164超表达对水稻生长发育的影响第91-98页
     ·miR164的表达第98-99页
     ·MI7的芯片分析第99-100页
     ·miR164与光周期第100-101页
     ·miR156-miR164的关系第101-102页
4 讨论第102-113页
   ·基于GATEWAY~(TM)技术的CDNA文库的应用第102-104页
     ·基于Gateway~(TM)技术的文库的优点第102-103页
     ·cDNA文库构建的下一步设想第103-104页
   ·MIR156在水稻生长发育中的作用第104-107页
     ·miR156调节植物发育的时间第104-105页
     ·miR156是水稻叶片发育时间的Marker基因第105页
     ·miR156的启动子控制miR156的表达第105页
     ·miR156-OsSPL互作调节因子第105-106页
     ·Md和Mh表型的部分解释第106-107页
   ·MIR164在水稻生长发育中的调节作用第107-109页
     ·miR164调节叶原基的发育第107-108页
     ·miR164的功能与激素有关第108页
     ·miR164在水稻中的新功能第108-109页
   ·MIR156—MIR164PARADIGM模型第109-111页
     ·miR156-miR164的调节模型第109-110页
     ·水稻叶片的发育受众多基因的协同调节第110页
     ·miR156-miR164与植物进化第110-111页
   ·下一步工作设想第111-113页
     ·利用miR156来控制水稻的发育和形态第111页
     ·miR164第111页
     ·Stem-loop qRT-PCR高通量筛选stress responsive small RNA第111-113页
参考文献第113-124页
附录A 引物列表第124-127页
附录B PROTOCOLS第127-139页
 PROTOCOL 1 CDNA LIBRARY AND SEQUENCING第127-134页
  Highthroughputplasmidpreparationforsequencing第127-128页
  Modified Template-switch Method Full-length cDNA Library Construction第128-130页
  Modified Oligo-capping cDNA Library Construction第130-134页
 PROTOCOL 2 SMALL RNA ANALYSIS第134-139页
  Small RNA Gel Blot第134-136页
  Cleavage Site Mapping of MicroRNA-Targeted mRNAs第136-139页
简历第139-141页
致谢第141页

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