| 中文摘要 | 第1-20页 |
| 英文摘要 | 第20-28页 |
| 第一章 绪论 | 第28-60页 |
| ·寻找新型抗菌药物的重要意义 | 第28-29页 |
| ·肽脱甲酰化酶研究概况 | 第29-39页 |
| ·计算机辅助药物设计概况 | 第39-40页 |
| ·肽脱甲酰化酶临床药物研究进展 | 第40-41页 |
| ·散射共振态研究概述 | 第41-43页 |
| ·反应性散射共振态的研究方法概述 | 第43-48页 |
| ·散射共振态研究的最新动态 | 第48-49页 |
| ·本论文的内容安排 | 第49-50页 |
| 参考文献 | 第50-60页 |
| 第二章 异羟肟酸类衍生物与大肠杆菌肽脱甲酰化酶的对接研究 | 第60-77页 |
| ·引言 | 第60-61页 |
| ·研究背景 | 第61-63页 |
| ·模型与方法 | 第63-64页 |
| ·结果与讨论 | 第64-73页 |
| ·对接方法的验证 | 第64-67页 |
| ·脯氨酸-3-烷基琥珀酰类异羟肟酸衍生物的对接 | 第67-68页 |
| ·N-烷基脲类异羟肟酸衍生物的对接 | 第68-70页 |
| ·异噁唑-3-异羟肟酸衍生物的对接 | 第70-71页 |
| ·α取代异羟肟酸类衍生物的对接 | 第71-72页 |
| ·结构-活性关系 | 第72-73页 |
| ·结论 | 第73页 |
| 参考文献 | 第73-77页 |
| 第三章 几类抑制剂与大肠杆菌肽脱甲酰化酶的对接研究 | 第77-90页 |
| ·研究背景 | 第77页 |
| ·模型与方法 | 第77-79页 |
| ·结果与讨论 | 第79-86页 |
| ·异羟肟酸类抑制剂的对接 | 第80-83页 |
| ·N-甲酰羟胺类抑制剂的对接 | 第83-84页 |
| ·其他类型抑制剂的对接 | 第84-85页 |
| ·新型抑制剂的设计 | 第85-86页 |
| ·结论 | 第86页 |
| 参考文献 | 第86-90页 |
| 第四章 大环抑制剂与大肠杆菌肽脱甲酰化酶的对接和分子动力学模拟研究 | 第90-107页 |
| ·引言 | 第90-91页 |
| ·研究背景 | 第91-92页 |
| ·模型与方法 | 第92-94页 |
| ·结果与讨论 | 第94-102页 |
| ·分子对接 | 第94-95页 |
| ·复合物的均方根偏差 | 第95-96页 |
| ·结合模式分析 | 第96-100页 |
| ·环的大小对抑制剂结合模式的影响 | 第100-101页 |
| ·结合自由能计算 | 第101-102页 |
| ·结论 | 第102-103页 |
| 参考文献 | 第103-107页 |
| 第五章 BB-83698与嗜热脂肪芽孢杆菌肽脱甲酰化酶的对接和分子动力学模拟研究 | 第107-122页 |
| ·研究背景 | 第107-108页 |
| ·模型与方法 | 第108-110页 |
| ·结果与讨论 | 第110-117页 |
| ·BB-83698的多构型对接 | 第110-112页 |
| ·复合物的均方根偏差 | 第112-113页 |
| ·结合模式分析 | 第113-115页 |
| ·结合自由能计算 | 第115-117页 |
| ·结论 | 第117-118页 |
| 参考文献 | 第118-122页 |
| 第六章 巯基肽类立体异构体与大肠杆菌肽脱甲酰化酶的对接和分子动力学模拟研究 | 第122-141页 |
| ·研究背景 | 第122页 |
| ·模型与方法 | 第122-125页 |
| ·结果与讨论 | 第125-136页 |
| ·分子对接 | 第125-126页 |
| ·复合物的均方根偏差 | 第126-128页 |
| ·P1′和P2′侧链对结合模式的影响 | 第128-131页 |
| ·P2′和P3′侧链对结合模式的影响 | 第131-133页 |
| ·结合自由能计算 | 第133-135页 |
| ·结构与活性关系 | 第135-136页 |
| ·结论 | 第136-137页 |
| 参考文献 | 第137-141页 |
| 第七章 游离的问号钩端螺旋体肽脱甲酰化酶及其复合物的分子动力学模拟研究 | 第141-153页 |
| ·研究背景 | 第141-142页 |
| ·模型与方法 | 第142-143页 |
| ·结果与讨论 | 第143-150页 |
| ·分子对接 | 第143-144页 |
| ·复合物的均方根偏差 | 第144页 |
| ·游离的问号构体肽脱甲酰化酶的构型变化 | 第144-146页 |
| ·放线酰胺素结合的问号构体肽脱甲酰化酶的构型变化 | 第146-147页 |
| ·疏水簇的作用 | 第147-148页 |
| ·CD-loop和抑制剂的作用 | 第148-150页 |
| ·结论 | 第150页 |
| 参考文献 | 第150-153页 |
| 第八章 游离的大肠杆菌肽脱甲酰化酶及其底物复合物、产物复合物的分子动力学模拟研究 | 第153-166页 |
| ·研究背景 | 第153-154页 |
| ·模型与方法 | 第154-155页 |
| ·结果与讨论 | 第155-163页 |
| ·分子对接 | 第155-156页 |
| ·复合物的均方根偏差 | 第156-158页 |
| ·复合物之间的构型变化比较 | 第158页 |
| ·游离酶向底物复合物的构型转化 | 第158-160页 |
| ·底物复合物向产物复合物的构型转化 | 第160-162页 |
| ·产物复合物向游离酶的构型转化 | 第162-163页 |
| ·结论 | 第163-164页 |
| 参考文献 | 第164-166页 |
| 第九章 散射共振态的理论方法概述 | 第166-178页 |
| ·引言 | 第166-167页 |
| ·散射共振态概述 | 第167-172页 |
| ·三原子反应体系偏分势能面的构建 | 第172-174页 |
| 参考文献 | 第174-178页 |
| 第十章 若干反应反应体系散射共振态的形成机理 | 第178-214页 |
| ·引言 | 第178页 |
| ·重-轻-重反应体系的研究背景 | 第178-181页 |
| ·多原子反应体系偏分势能面构建的理论基础 | 第181-183页 |
| ·H+NO反应体系的偏分势能面 | 第183-187页 |
| ·X+CH_4反应体系的偏分势能面 | 第187-198页 |
| ·OH+H_2O反应体系的偏分势能面 | 第198-201页 |
| ·小结 | 第201-203页 |
| 参考文献 | 第203-214页 |
| 结束语 | 第214-216页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第216-218页 |
| 致谢 | 第218-219页 |
| 外文论文 | 第219-242页 |
| 学位论文评阅以及答辩情况 | 第242页 |
