| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-9页 |
| 缩写表 | 第9-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-48页 |
| ·基因组研究 | 第15-20页 |
| ·人类基因组计划 | 第15-16页 |
| ·微生物基因组计划 | 第16-17页 |
| ·基因组的测序 | 第17页 |
| ·基因组的注释 | 第17-19页 |
| ·微生物比较基因组 | 第19-20页 |
| ·植物与病原菌相互作用的机理研究 | 第20-38页 |
| ·病原菌致病相关的生化因子 | 第20-22页 |
| ·病原菌的分泌系统 | 第22-27页 |
| ·植物病原菌hrp基因簇及其调控 | 第27-30页 |
| ·依赖于T3SS的效应物研究 | 第30-37页 |
| ·富含亮氨酸重复与寄主-病原菌相互作用 | 第37-38页 |
| ·寄主的抗性基因(R) | 第38-39页 |
| ·微阵列分析研究病原菌与寄主相互作用 | 第39-42页 |
| ·黄单胞菌属特征及其分类现状 | 第42页 |
| ·野油菜黄单胞菌野油菜致病变种 | 第42-47页 |
| ·野油菜黄单胞菌野油菜致病变种及其致病性 | 第42-44页 |
| ·野油菜黄单胞菌野油菜致病变种的小种分化 | 第44-45页 |
| ·野油菜黄单胞菌野油菜致病变种的基因组 | 第45-47页 |
| ·本研究的目的意义 | 第47-48页 |
| 第二章 材料与方法 | 第48-69页 |
| ·菌株和质粒 | 第48-50页 |
| ·培养基及培养条件 | 第50-51页 |
| ·大肠杆菌(E.coli) | 第50-51页 |
| ·黄单胞菌(Xcc) | 第51页 |
| ·菌种保藏 | 第51页 |
| ·常用抗生素 | 第51页 |
| ·常用溶液、缓冲液 | 第51-53页 |
| ·细菌核酸的制备 | 第53-54页 |
| ·细菌总DNA的提取 | 第53页 |
| ·质粒的提取(碱裂解法) | 第53页 |
| ·细菌总RNA的提取 | 第53-54页 |
| ·cDNA的合成 | 第54页 |
| ·细菌总蛋白的制备 | 第54-55页 |
| ·供试菌株的培养 | 第54页 |
| ·胞内及培养液中的蛋白制备 | 第54-55页 |
| ·凝胶电泳 | 第55-56页 |
| ·琼脂糖凝胶电泳 | 第55页 |
| ·聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS PAGE) | 第55-56页 |
| ·Western印迹 | 第56-57页 |
| ·转膜 | 第56页 |
| ·封闭 | 第56-57页 |
| ·抗原抗体反应 | 第57页 |
| ·杂交检测 | 第57页 |
| ·感受态细胞的制备和转化 | 第57-59页 |
| ·电击法转化大肠杆菌 | 第57-58页 |
| ·氯化钙法转化大肠杆菌 | 第58-59页 |
| ·DNA操作 | 第59页 |
| ·DNA片段的回收 | 第59页 |
| ·DNA的酶切和连接 | 第59页 |
| ·PCR扩增DNA片段 | 第59-61页 |
| ·PCR引物的设计 | 第59页 |
| ·PCR反应 | 第59-61页 |
| ·反转录PCR(RT-PCR) | 第61页 |
| ·融合PCR | 第61页 |
| ·DNA测序 | 第61-62页 |
| ·三亲本接合 | 第62页 |
| ·突变体营养缺陷型检测 | 第62页 |
| ·胞外酶的检测 | 第62-63页 |
| ·胞外蛋白酶的检测 | 第62页 |
| ·胞外淀粉酶的检测 | 第62-63页 |
| ·胞外纤维素酶的检测 | 第63页 |
| ·胞外多糖的检测 | 第63页 |
| ·植物试验 | 第63-65页 |
| ·致病性试验 | 第63-64页 |
| ·过敏反应(HR)试验 | 第64-65页 |
| ·细菌在培养基中的生长繁殖 | 第65页 |
| ·细菌在寄主中的生长繁殖 | 第65-66页 |
| ·整合突变体的构建 | 第66页 |
| ·整合突变体的构建 | 第66页 |
| ·整合突变体的验证 | 第66页 |
| ·突变体的反式功能互补 | 第66页 |
| ·候选效应物基因的表达构建 | 第66页 |
| ·目的基因启动子报道基因构建 | 第66-67页 |
| ·AvrBs3转运检测体系的建立 | 第67页 |
| ·候选基因的转运检测构建 | 第67页 |
| ·β-葡糖醛酸酶(GUS)活性测定 | 第67-69页 |
| ·平板检测 | 第67-68页 |
| ·定量测定 | 第68-69页 |
| 第三章 候选效应物基因的确立 | 第69-77页 |
| ·引言 | 第69页 |
| ·Xcc 8004中推测的无毒蛋白基因 | 第69-72页 |
| ·注释的avr基因基本信息 | 第69-70页 |
| ·Avr蛋白的结构域和理化特性分析 | 第70-72页 |
| ·Avr蛋白的序列比对(BLAST) | 第72页 |
| ·推测的富含亮氨酸重复(LRR)蛋白基因 | 第72-74页 |
| ·LRR基因的基本信息 | 第72-73页 |
| ·LRR基因蛋白序列的结构域及理化特征分析 | 第73-74页 |
| ·LRR蛋白的序列比对(BLAST) | 第74页 |
| ·Xcc 8004基因组PIP-box和hrp_Ⅱ box的搜寻 | 第74页 |
| ·讨论 | 第74-77页 |
| 第四章 突变体的构建与植株试验 | 第77-97页 |
| ·引言 | 第77页 |
| ·突变体的构建 | 第77-82页 |
| ·Tn5gusA5插入突变体的筛选和验证 | 第77-79页 |
| ·单交换整合突变体的构建 | 第79-82页 |
| ·avr-hrpG双突变体的构建 | 第82页 |
| ·突变体的表型检测 | 第82-84页 |
| ·基本培养基生长情况 | 第82-84页 |
| ·其它表型检测 | 第84页 |
| ·突变体的致病性检测 | 第84-91页 |
| ·avrBs2突变体的致病性显著降低 | 第84-85页 |
| ·avrXccC是一个寄主特异牲基因 | 第85-87页 |
| ·XC1553突变不影响Xcc在萝卜上的致病性 | 第87-88页 |
| ·XC4273突变影响了Xcc的正常致病 | 第88-91页 |
| ·XC1553是一个无毒基因 | 第91页 |
| ·XC1553和XC4273突变体在拟南芥上的致病性 | 第91页 |
| ·XC1553突变体在拟南芥叶片中的生长动态 | 第91页 |
| ·在非寄主植物辣椒上的过敏反应 | 第91-94页 |
| ·突变体在辣椒上的过敏反应测试 | 第91-93页 |
| ·AvrBs1可以在辣椒ECW-10R上诱导HR反应 | 第93-94页 |
| ·讨论 | 第94-97页 |
| 第五章 候选效应物基因的表达调控 | 第97-106页 |
| ·引言 | 第97页 |
| ·利用DNA芯片研究hrpG和hrpX调控元 | 第97-99页 |
| ·Xcc 8004全基因组DNA芯片概况 | 第97-98页 |
| ·芯片杂交结果中候选效应物基因的表达 | 第98-99页 |
| ·五个avr基因是受hrpG调控的 | 第99-100页 |
| ·四个avr基因是受hrpX调控的 | 第100-101页 |
| ·XC1553和XC4273都是独立表达的基因 | 第101-103页 |
| ·XC1553的表达受hrpG和hrpX调控 | 第103-104页 |
| ·启动子报道基因的构建 | 第103页 |
| ·启动子报道基因GUS活性检测 | 第103-104页 |
| ·讨论 | 第104-106页 |
| 第六章 效应物蛋白的分泌和转运 | 第106-115页 |
| ·引言 | 第106-107页 |
| ·候选效应物基因的分泌检测 | 第107-109页 |
| ·候选效应物基因的表达构建 | 第107-109页 |
| ·Western杂交检测 | 第109页 |
| ·候选效应物基因的转运研究 | 第109-114页 |
| ·用AvrBs1作为报道蛋白鉴定效应物 | 第109-112页 |
| ·用AvrBs3作为报道蛋白鉴定效应物 | 第112-114页 |
| ·讨论 | 第114-115页 |
| 第七章 总结与结论 | 第115-118页 |
| ·研究工作总结 | 第115-116页 |
| ·项目来源 | 第115页 |
| ·研究总结 | 第115-116页 |
| ·存在问题和后续工作 | 第116页 |
| ·结论 | 第116-118页 |
| 参考文献 | 第118-132页 |
| 附录1 | 第132-139页 |
| 附录2 | 第139-143页 |
| 附录3 | 第143-144页 |
| 致谢 | 第144-145页 |
| 攻读博士学位期间完成的研究论文 | 第145页 |
