| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略词表 | 第9-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-37页 |
| 1.1 中西方家猪驯化的研究现状和意义 | 第15-37页 |
| 1.1.1 猪种的起源 | 第15-16页 |
| 1.1.2 猪的驯化起源 | 第16-17页 |
| 1.1.3 中西方猪种品系及其遗传资源特性 | 第17-20页 |
| 1.1.4 基于高通量测序的猪种驯化的研究现状 | 第20-32页 |
| 1.1.5 非编码RNA在猪驯化过程中的作用 | 第32-35页 |
| 1.1.6 本研究的目的和意义 | 第35-37页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第37-62页 |
| 2.1 研究技术路线 | 第37-38页 |
| 2.2 实验材料 | 第38-40页 |
| 2.2.1 基因组测序样品采集与数据收集 | 第38页 |
| 2.2.2 转录组测序样品采集与测序 | 第38-39页 |
| 2.2.3 全基因组甲基化测序样品的采集与测序 | 第39页 |
| 2.2.4 LincRNA分析的样品的采集以及公用数据的收集 | 第39页 |
| 2.2.5 分子实验样品的采集 | 第39-40页 |
| 2.3 分子实验方法 | 第40-43页 |
| 2.3.1 提取DNA | 第40页 |
| 2.3.2 提取RNA | 第40-41页 |
| 2.3.3 反转录 | 第41页 |
| 2.3.4 荧光定量PCR | 第41-42页 |
| 2.3.5 NMU基因内含子序列增强子活性分析 | 第42页 |
| 2.3.6 NMU基因内含子序列启动子活性分析 | 第42-43页 |
| 2.4 测序数据质控 | 第43-44页 |
| 2.5 263头猪的全基因组SNP信息的获取 | 第44-48页 |
| 2.6 利用MSMC推测有效群体历史 | 第48-51页 |
| 2.6.1 制作猪的MSMC用途的基因组 | 第48-49页 |
| 2.6.2 制作包含多个个体信息的MSMC输入文件 | 第49-50页 |
| 2.6.3 计算有效群体历史 | 第50-51页 |
| 2.7 主成分分析 | 第51-52页 |
| 2.8 受选择区域鉴定 | 第52-54页 |
| 2.8.1 Fst计算分析 | 第52-53页 |
| 2.8.2 H12计算分析 | 第53-54页 |
| 2.8.3 同向选择区域的鉴定与双向选择区域的鉴定 | 第54页 |
| 2.9 群体结构分析 | 第54页 |
| 2.10 Tajima's D的计算 | 第54-55页 |
| 2.11 两两配对世代一致性的计算 | 第55-56页 |
| 2.12 猪古基因组的分析与同一性指数的计算 | 第56页 |
| 2.13 状态一致性分析与进化树的构建 | 第56-57页 |
| 2.14 AHR蛋白质结构的模拟构建 | 第57页 |
| 2.15 荣昌猪与杜洛克猪肌肉组织的差异基因分析 | 第57页 |
| 2.16 荣昌猪假基因组的构建 | 第57-58页 |
| 2.17 基因集的功能聚类分析 | 第58页 |
| 2.18 全基因组亚硫酸盐测序数据的分析流程 | 第58-60页 |
| 2.19 LincRNA的鉴定流程与特征分析 | 第60-62页 |
| 2.19.1 LincRNA的鉴定流程 | 第60-61页 |
| 2.19.2 21个组织中LincRNA和mRNA的定量分析 | 第61页 |
| 2.19.3 猪组织特异系数的计算 | 第61-62页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第62-105页 |
| 3.1 数据分组与SNP获取 | 第62-66页 |
| 3.1.1 SNP数据筛选结果 | 第62-64页 |
| 3.1.2 263个个体的主成分分析与状态一致性分析 | 第64-66页 |
| 3.2 利用多链马可夫链-溯祖模型推算各猪种的有效群体历史 | 第66-72页 |
| 3.2.1 基于分相与不分相的数据的有效群体历史推算 | 第66-69页 |
| 3.2.2 主要历史事件对于猪有效群体的影响 | 第69-72页 |
| 3.3 驯化对于猪基因组的影响 | 第72-75页 |
| 3.3.1 人工选择对于家猪野猪分化程度的影响 | 第72-73页 |
| 3.3.2 中国地区和欧洲地区家猪受选择区域的初步筛选与共同选择区域鉴定 | 第73-75页 |
| 3.4 同向选择区域的鉴定与分析 | 第75-86页 |
| 3.4.1 同向选择区域鉴定 | 第75页 |
| 3.4.2 同向选择区域的群体结构分析 | 第75-78页 |
| 3.4.3 同向选择的起源分析 | 第78-81页 |
| 3.4.4 同向选择区域的基因功能分析 | 第81-83页 |
| 3.4.5 ITPR3基因的功能突变分析 | 第83-84页 |
| 3.4.6 AHR基因的功能突变分析 | 第84-86页 |
| 3.5 双向选择区域鉴定与功能分析 | 第86-100页 |
| 3.5.1 双向选择区域鉴定 | 第86-89页 |
| 3.5.2 双向选择区域的基因功能分析 | 第89-90页 |
| 3.5.3 双向选择导致的转录水平变化分析 | 第90-91页 |
| 3.5.4 双向选择导致的甲基化程度变化分析 | 第91-95页 |
| 3.5.5 NMU基因的突变功能分析 | 第95-100页 |
| 3.6 猪的LincRNA鉴定以及其驯化过程中的意义 | 第100-105页 |
| 3.6.1 21个组织LincRNA鉴定与特征分析 | 第100-102页 |
| 3.6.2 LincRNA在驯化过程中的潜在影响 | 第102-105页 |
| 第四章 总结与讨论 | 第105-108页 |
| 4.1 猪的有效群体历史与人类活动的关系 | 第105页 |
| 4.2 同向选择推动趋同变化 | 第105-106页 |
| 4.3 双向选择推动趋异变化 | 第106-107页 |
| 4.4 突变位点的生物学功能探究与意义 | 第107-108页 |
| 第五章 结论 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-117页 |
| 致谢 | 第117-118页 |
| 附录 | 第118-156页 |
| 附录一 263头猪的重测序样品信息 | 第118-126页 |
| 附录二 113个公用猪转录组样品信息 | 第126-130页 |
| 附录三 分子实验中使用的引物 | 第130-131页 |
| 附录四 有效群体历史可视化R脚本 | 第131-132页 |
| 附录五 Fst分析结果可视化R脚本 | 第132-133页 |
| 附录六 H12计算使用的命令 | 第133-134页 |
| 附录七 各自受到选择区域的Fst分布图可视化命令 | 第134-136页 |
| 附录八 同向选择区域各遗传统计量信息 | 第136-138页 |
| 附录九 双向选择区域各遗传统计量信息 | 第138-140页 |
| 附录十 同向选择区域的同一性指数信息 | 第140-143页 |
| 附录十一 位于或邻近同向选择区域内的基因信息 | 第143-145页 |
| 附录十二 位于或邻近双向选择区域内的基因信息 | 第145-147页 |
| 附录十三 荣昌猪的NMU基因内含子序列信息 | 第147-149页 |
| 附录十四 杜洛克猪的NMU内含子序列信息 | 第149-151页 |
| 附录十五 增强子活性的荧光素酶实验中对照组使用的序列信息 | 第151-153页 |
| 附录十六 位于同向选择区域内的LincRNA信息 | 第153-154页 |
| 附录十七 位于双向选择区域内的LincRNA信息 | 第154-156页 |
| 个人简历 | 第156页 |
