| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 图表清单 | 第9-10页 |
| 注释表 | 第10-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-26页 |
| ·NaK 通道结构和功能特性 | 第11-15页 |
| ·NaK 通道结构分析 | 第11-12页 |
| ·NaK 通道实现的功能 | 第12-15页 |
| ·离子选择性 | 第13-14页 |
| ·门控特性 | 第14-15页 |
| ·门控的三种基本形式 | 第14页 |
| ·NaK 通道门控 | 第14-15页 |
| ·跨膜螺旋变形假说 | 第15-21页 |
| ·三级结构变形假说 | 第16-17页 |
| ·脯氨酸铰链点变形假说 | 第17-19页 |
| ·GxxP 型铰链 | 第18页 |
| ·PVP 型动态铰 | 第18-19页 |
| ·APXXY 型铰链 | 第19页 |
| ·Hyp 型铰链 | 第19页 |
| ·甘氨酸铰链点变形假说 | 第19-21页 |
| ·KcsA 铰链 | 第19-20页 |
| ·KirBac 铰链 | 第20-21页 |
| ·内螺旋变形规律 | 第21页 |
| ·支道模型 | 第21-23页 |
| ·KcsA 支道模型 | 第22-23页 |
| ·NaK 支道模型 | 第23页 |
| ·苯环顺反式构型与苯环间相对位置关系 | 第23-25页 |
| ·苯环顺反式构型 | 第23-24页 |
| ·苯环间相对位置关系 | 第24-25页 |
| ·本次论文实现的突破 | 第25-26页 |
| 第二章 分子动力学方法 | 第26-39页 |
| ·分子动力学 | 第26-34页 |
| ·系综 | 第27-28页 |
| ·微正则系综（NVE） | 第27-28页 |
| ·正则系综（NVT） | 第28页 |
| ·恒温恒压系综（NPT） | 第28页 |
| ·势场 | 第28-30页 |
| ·经验势 | 第28-29页 |
| ·对势和多体势 | 第29页 |
| ·半经验势 | 第29页 |
| ·极化势 | 第29页 |
| ·从头算法 | 第29页 |
| ·量子力学和分子力学的混合性算法 | 第29-30页 |
| ·粗粒化和归约算法 | 第30页 |
| ·本文所用的分子动力学计算程序 | 第30-31页 |
| ·NAMD（Not just Another Molecular Dynamics program） | 第30-31页 |
| ·VMD（Visual Molecular Dynamics） | 第31页 |
| ·TMD 方法 | 第31-34页 |
| ·线形运动TMD 方法 | 第32页 |
| ·同心圆TMD 方法 | 第32-33页 |
| ·谐振运动TMD 方法 | 第33-34页 |
| ·铰链点、弯角和旋转角计算方法与程序 | 第34-37页 |
| ·SWINK 程序计算旋转弯曲角和铰链点位置 | 第34-35页 |
| ·HELANAL 算法计算旋转弯曲角 | 第35-36页 |
| ·Hingefind 计算铰链点位置 | 第36页 |
| ·VMD 提供的Orient 算法计算旋转弯曲 | 第36-37页 |
| ·蒙特卡罗退火算法与Hole 程序 | 第37-39页 |
| 第三章 通道开启过程中的铰链性质 | 第39-53页 |
| ·引言 | 第40-41页 |
| ·建模和模拟过程 | 第41-45页 |
| ·蛋白-磷脂-水系统的建立 | 第41页 |
| ·分子动力学模拟 | 第41-45页 |
| ·基本参数设定 | 第42页 |
| ·构型最小化 | 第42页 |
| ·系统在NPT 系综下的平衡过程 | 第42-43页 |
| ·TMD 开闭模拟 | 第43-45页 |
| ·Sim1 | 第43-44页 |
| ·Sim2 | 第44页 |
| ·Sim3 | 第44页 |
| ·Sim4 | 第44页 |
| ·Sim5 | 第44-45页 |
| ·内螺旋变形特性 | 第45-51页 |
| ·内螺旋弯曲特性 | 第46-47页 |
| ·内螺旋旋转特性 | 第47-48页 |
| ·GIG 型铰链 | 第48-50页 |
| ·弯曲和旋转运动的分离机制 | 第50-51页 |
| ·小结 | 第51-53页 |
| 第四章 通道开启过程中的支道性质 | 第53-64页 |
| ·引言 | 第53-54页 |
| ·支道与“门”的关系 | 第54-57页 |
| ·计算过程 | 第54-55页 |
| ·支道与“门”的关系 | 第55-57页 |
| ·支道构成与亚基内相互作用力 | 第57-64页 |
| ·计算过程 | 第57页 |
| ·支道窄口变化性质 | 第57-59页 |
| ·支道内侧变化性质 | 第59-60页 |
| ·支道外侧堵塞与F94-F28 相互作用 | 第60-62页 |
| ·对于引言中三个问题的回答 | 第62-64页 |
| 参考文献 | 第64-70页 |
| 致谢 | 第70-71页 |
| 在学期间的研究成果及发表的学术论文 | 第71页 |