浦东白猪种质特性及其保护与利用研究
| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 文章部分缩略语表 | 第14-15页 |
| 1 导论 | 第15-29页 |
| 1.1 浦东白猪概况 | 第15-17页 |
| 1.1.1 产地与分布 | 第15页 |
| 1.1.2 形成历史及群体数量 | 第15-16页 |
| 1.1.3 体型外貌 | 第16页 |
| 1.1.4 种质特性 | 第16页 |
| 1.1.5 研究现状 | 第16-17页 |
| 1.2 种质特性的研究方法 | 第17-24页 |
| 1.2.1 结构上 | 第17-19页 |
| 1.2.2 功能上 | 第19-20页 |
| 1.2.3 从基因组到表型 | 第20-24页 |
| 1.3 地方猪保种研究现状 | 第24-26页 |
| 1.3.1 遗传多样性 | 第24页 |
| 1.3.2 保种相关理论 | 第24-25页 |
| 1.3.3 保种方法 | 第25-26页 |
| 1.4 研究目的及意义 | 第26-29页 |
| 2 简化基因组测序 | 第29-43页 |
| 2.1 材料与方法 | 第29-35页 |
| 2.1.1 试验动物及样品处理 | 第29-30页 |
| 2.1.2 主要试验试剂及配制 | 第30-31页 |
| 2.1.3 主要实验仪器及设备 | 第31页 |
| 2.1.4 简化基因组测序文库的构建 | 第31-33页 |
| 2.1.5 简化基因组测序 | 第33页 |
| 2.1.6 数据处理 | 第33-35页 |
| 2.2 结果与讨论 | 第35-42页 |
| 2.2.1 测序文库的构建 | 第35-38页 |
| 2.2.2 测序数据初步分析 | 第38-42页 |
| 2.3 小结 | 第42-43页 |
| 3 浦东白猪的基因组结构特性 | 第43-69页 |
| 3.1 材料与方法 | 第43-45页 |
| 3.1.1 SNP检测 | 第43-44页 |
| 3.1.2 变异在基因功能区间的分布 | 第44页 |
| 3.1.3 基因型填补 | 第44页 |
| 3.1.4 群体结构 | 第44-45页 |
| 3.2 结果与分析 | 第45-65页 |
| 3.2.1 SNP检测 | 第45-47页 |
| 3.2.2 SNP在染色体上的分布 | 第47-50页 |
| 3.2.3 SNP在基因功能区间的分布 | 第50-55页 |
| 3.2.4 SNP的频率分布 | 第55-57页 |
| 3.2.5 群体结构 | 第57-65页 |
| 3.3 讨论 | 第65-67页 |
| 3.4 小结 | 第67-69页 |
| 4 浦东白猪的基因组功能特性 | 第69-93页 |
| 4.1 材料与方法 | 第69-70页 |
| 4.1.1 基因功能富集分析 | 第69-70页 |
| 4.1.2 与QTL映射 | 第70页 |
| 4.1.3 IPA分析 | 第70页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第70-92页 |
| 4.2.1 功能注释与富集分析 | 第70-85页 |
| 4.2.2 QTL映射 | 第85-92页 |
| 4.2.3 IPA分析 | 第92页 |
| 4.3 小结 | 第92-93页 |
| 5 选择信号分析 | 第93-127页 |
| 5.1 材料与方法 | 第93-94页 |
| 5.1.1 单倍体型推断 | 第93-94页 |
| 5.1.2 群体内选择信号检测 | 第94页 |
| 5.1.3 群体间选择信号检测 | 第94页 |
| 5.1.4 选择信号区域功能注释 | 第94页 |
| 5.2 结果与分析 | 第94-124页 |
| 5.2.1 浦东白猪群体内选择信号分析 | 第94-105页 |
| 5.2.2 群体间选择信号分析 | 第105-124页 |
| 5.3 讨论 | 第124-126页 |
| 5.4 小结 | 第126-127页 |
| 6 浦东白猪保种效果分析 | 第127-143页 |
| 6.1 材料与方法 | 第127-130页 |
| 6.1.1 遗传结构分析 | 第127-128页 |
| 6.1.2 群体内遗传多样性 | 第128-129页 |
| 6.1.3 连锁不平衡分析 | 第129-130页 |
| 6.1.4 群体有效含量 | 第130页 |
| 6.1.5 浦东白猪繁殖特性分析 | 第130页 |
| 6.2 结果与分析 | 第130-139页 |
| 6.2.1 遗传结构 | 第130-131页 |
| 6.2.2 遗传多样性 | 第131页 |
| 6.2.3 连锁不平衡及群体有效含量 | 第131-135页 |
| 6.2.4 繁殖特性保护效果分析 | 第135-139页 |
| 6.3 讨论 | 第139-141页 |
| 6.4 小结 | 第141-143页 |
| 7 浦东白猪杂交利用 | 第143-159页 |
| 7.1 材料与方法 | 第143-146页 |
| 7.1.1 杂种优势预测 | 第143-144页 |
| 7.1.2 配合力测定 | 第144-146页 |
| 7.2 结果与分析 | 第146-153页 |
| 7.2.1 杂种优势预测 | 第146-148页 |
| 7.2.2 配合力测定 | 第148-153页 |
| 7.3 讨论 | 第153-157页 |
| 7.4 小结 | 第157-159页 |
| 8 结语 | 第159-161页 |
| 参考文献 | 第161-171页 |
| 附录 | 第171-173页 |
| 附录1 论文中出现的生物学软件及数据库 | 第171页 |
| 附录2 论文中的附件 | 第171-173页 |
| 致谢 | 第173-175页 |
| 攻读博士学位期间取得的主要成果 | 第175-177页 |
| 学术论文 | 第175页 |
| 软件著作权 | 第175-177页 |
