| 本研究工作的主要创新点 | 第5-8页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 第一部分 综述 | 第12-24页 |
| 第一章 高通量测序技术 | 第12-14页 |
| 1.1. 高通量测序技术(Illumina) | 第12-14页 |
| 第二章 二代测序技术用于癌症研究进展 | 第14-24页 |
| 2.1. 癌症样本的特点 | 第14-15页 |
| 2.2. 癌症基因组学测序新技术 | 第15-18页 |
| 2.2.1. 全基因组测序(whole genome sequencing) | 第15-16页 |
| 2.2.2. 目标区域测序(targetedsequencing) | 第16-18页 |
| 2.2.3. 转录组测序(transcriptome sequencing) | 第18页 |
| 2.3. 不同类型基因组变异 | 第18-21页 |
| 2.4. 常用分析工具 | 第21-24页 |
| 第二部分 | 第24-68页 |
| 第一章 肾盂尿路上皮癌外显子组研究 | 第24-35页 |
| 1.1. 背景 | 第24页 |
| 1.2. 材料和方法 | 第24-27页 |
| 1.2.1. 样本收集和DNA提取 | 第24-25页 |
| 1.2.2. 外显子组建库测序及数据分析 | 第25-27页 |
| 1.2.3. Sanger测序验证体细胞突变结果 | 第27页 |
| 1.3. 结果和讨论 | 第27-35页 |
| 1.3.1. 外显子组测序基础数据和突变频谱 | 第27-30页 |
| 1.3.2. 染色质修饰相关基因发生高频突变 | 第30-33页 |
| 1.3.3. 肾盂尿路上皮癌相关信号通路 | 第33-34页 |
| 1.3.4. 总结 | 第34-35页 |
| 第二章 膀胱癌全基因组甲基化谱及表达谱整合分析研究 | 第35-57页 |
| 2.1. 背景 | 第35-36页 |
| 2.2. 材料和方法 | 第36-46页 |
| 2.2.1. 样本收集和核酸提取 | 第36-37页 |
| 2.2.2. MMSDK甲基化测序及数据分析 | 第37-39页 |
| 2.2.3. DGE数字化基因表达谱测序及数据分析 | 第39-41页 |
| 2.2.4. miRNA文库构建测序及数据分析 | 第41-43页 |
| 2.2.5. KEGG和GO通路富集分析 | 第43页 |
| 2.2.6. 差异甲基化和差异表达基因验证 | 第43-46页 |
| 2.3. 结果 | 第46-53页 |
| 2.3.1. DNA甲基化谱和表达谱 | 第46-48页 |
| 2.3.2. 差异甲基化和差异表达分析 | 第48-50页 |
| 2.3.3. Gene ontology和KEGG通路富集分析 | 第50-51页 |
| 2.3.4. 膀胱癌中显著异常调节的癌症相关基因 | 第51-53页 |
| 2.4. 讨论 | 第53-57页 |
| 第三章 肾癌线粒体突变图谱研究 | 第57-68页 |
| 3.1. 背景 | 第57页 |
| 3.2. 材料和方法 | 第57-61页 |
| 3.2.1. 样本收集和DNA提取 | 第57-59页 |
| 3.2.2. 小片段文库构建测序及数据分析 | 第59-61页 |
| 3.2.3. Sanger测序验证体细胞突变结果 | 第61页 |
| 3.3. 结果和讨论 | 第61-68页 |
| 3.3.1. 线粒体测序基础数据和突变频谱 | 第61-63页 |
| 3.3.2. 肾癌线粒体高频突变基因及区域 | 第63-65页 |
| 3.3.3. 肾癌线粒体突变的临床意义 | 第65-66页 |
| 3.3.4. 讨论与总结 | 第66-68页 |
| 附表 | 第68-90页 |
| 参考文献 | 第90-99页 |
| 科研成果 | 第99-101页 |
| 致谢 | 第101页 |
