两种螽斯线粒体全基因组序列测定及谱系基因组学分析
| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 前言 | 第10-20页 |
| 1.1 螽亚目分类和系统学研究状况 | 第10页 |
| 1.2 线粒体基因组的主要特征 | 第10-14页 |
| 1.2.1 昆虫线粒体基因组的特征 | 第10-12页 |
| 1.2.2 线粒体基因组各部分特征 | 第12-14页 |
| 1.3 系统发育分析 | 第14-16页 |
| 1.3.1 数据集准备和序列比对 | 第14-15页 |
| 1.3.2 进化模型及选择 | 第15-16页 |
| 1.3.3 构建系统进化树 | 第16页 |
| 1.4 线粒体基因组系统发育的性能和功效 | 第16-17页 |
| 1.5 研究物种简介 | 第17-18页 |
| 1.6 本研究的目的意义 | 第18-20页 |
| 第2章 材料和方法 | 第20-32页 |
| 2.1 实验材料 | 第20-22页 |
| 2.1.1 研究物种 | 第20页 |
| 2.1.2 实验仪器和试剂 | 第20-22页 |
| 2.2 实验方法 | 第22-28页 |
| 2.2.1 总DNA提取及检测 | 第22-23页 |
| 2.2.2 PCR引物 | 第23-26页 |
| 2.2.3 PCR扩增体系和条件 | 第26-27页 |
| 2.2.4 产物测序 | 第27-28页 |
| 2.3 数据处理 | 第28页 |
| 2.3.1 序列拼接和注释 | 第28页 |
| 2.3.2 结构和特征分析 | 第28页 |
| 2.4 系统发育分析 | 第28-32页 |
| 2.4.1 数据来源 | 第28-30页 |
| 2.4.2 系统发育信号的检验 | 第30页 |
| 2.4.3 模型选择 | 第30页 |
| 2.4.4 系统树的构建 | 第30-32页 |
| 第3章 两种螽斯线粒体基因组特征 | 第32-52页 |
| 3.1 中华翡螽线粒体基因组 | 第32-41页 |
| 3.1.1 基因组结构总述 | 第32页 |
| 3.1.2 基因间隔区与重叠区 | 第32-34页 |
| 3.1.3 全基因组碱基组成特征 | 第34-35页 |
| 3.1.4 蛋白质编码基因 | 第35-38页 |
| 3.1.5 tRNA二级结构预测 | 第38-41页 |
| 3.1.6 rRNA二级结构预测 | 第41页 |
| 3.2 中华赢蛩螽线粒体基因组 | 第41-52页 |
| 3.2.1 基因组结构总述 | 第41-42页 |
| 3.2.2 基因间隔区与重叠区 | 第42-45页 |
| 3.2.3 全基因组碱基组成特征 | 第45-46页 |
| 3.2.4 蛋白质编码基因 | 第46-48页 |
| 3.2.5 tRNA二级结构预测 | 第48-50页 |
| 3.2.6 rRNA二级结构预测 | 第50-52页 |
| 第4章 螽亚目线粒体基因组比较分析及讨论 | 第52-60页 |
| 4.1 线粒体基因组的结构 | 第52页 |
| 4.2 线粒体基因组的碱基组成 | 第52-53页 |
| 4.3 线粒体基因组的蛋白质序列 | 第53-54页 |
| 4.4 螽亚目昆虫线粒体基因的遗传距离计算 | 第54-57页 |
| 4.5 螽亚目昆虫线粒体基因替换饱和分析 | 第57-60页 |
| 第5章 螽亚目昆虫线粒体谱系基因组学研究 | 第60-68页 |
| 5.1 螽亚目不同数据集构建的系统树 | 第60-66页 |
| 5.1.1 线粒体全基因组构建的系统树 | 第60-62页 |
| 5.1.2 蛋白质编码基因构建的系统树 | 第62-63页 |
| 5.1.3 22个tRNA构建的系统树 | 第63-65页 |
| 5.1.4 16S rRNA构建的系统树 | 第65-66页 |
| 5.2 螽亚目昆虫系统发育关系讨论 | 第66-68页 |
| 第6章 结论 | 第68-70页 |
| 参考文献 | 第70-80页 |
| 致谢 | 第80-82页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第82页 |
