| 致谢 | 第7-8页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 1 引言 | 第15-29页 |
| 1.1 应激反应 | 第15-19页 |
| 1.1.1 应激反应的定义 | 第15页 |
| 1.1.2 RelA/SpoT的同源蛋白Rsh | 第15-17页 |
| 1.1.3 Rsh的结构域功能 | 第17页 |
| 1.1.4 应激反应的调控机理 | 第17-19页 |
| 1.2 群体感应 | 第19-24页 |
| 1.2.1 群体感应现象 | 第20页 |
| 1.2.2 群体感应的机制 | 第20-23页 |
| 1.2.3 群体感应在环境治理方面的应用 | 第23-24页 |
| 1.3 应激反应调控信号分子的研究进展 | 第24-27页 |
| 1.3.1 对信号分子合成的影响 | 第24-26页 |
| 1.3.2 对信号分子降解的影响 | 第26页 |
| 1.3.3 对sphingomonads的群体感应的影响研究 | 第26-27页 |
| 1.4 选题依据及研究方案 | 第27-29页 |
| 1.4.1 选题依据 | 第27-28页 |
| 1.4.2 研究方案 | 第28-29页 |
| 2 Novosphingobium pentaromativorans US6-1中rsh缺失对信号分子积累的影响 | 第29-43页 |
| 2.1 实验材料 | 第29-31页 |
| 2.1.1 菌株与质粒 | 第29页 |
| 2.1.2 培养条件 | 第29-30页 |
| 2.1.3 主要试剂和仪器 | 第30-31页 |
| 2.2 实验方法 | 第31-34页 |
| 2.2.1 Rsh_(US6-1)序列分析 | 第31页 |
| 2.2.2 构建rsh_(US6-1)缺失突变株 | 第31-32页 |
| 2.2.3 生长曲线的测量 | 第32页 |
| 2.2.4 AHL信号分子检测 | 第32-33页 |
| 2.2.5 ppGpp检测 | 第33页 |
| 2.2.6 qRT-PCR分析 | 第33-34页 |
| 2.2.7 AHL信号分子降解实验 | 第34页 |
| 2.3 实验结果与分析 | 第34-41页 |
| 2.3.1 Rsh_(US6-1)序列分析 | 第34-37页 |
| 2.3.2 Cross-feeding和萃取法分析△rsh_(US6-1)中AHL信号分子积累 | 第37-38页 |
| 2.3.3 不同生长时期的ppGpp检测 | 第38-39页 |
| 2.3.4 novI_(US6-1)和novR_(US6-1)的表达量变化 | 第39-40页 |
| 2.3.5 △rsh_(US6-1)的AHL信号分子降解能力检测 | 第40-41页 |
| 2.4 小结 | 第41-43页 |
| 3 基于转录组数据分析rsh基因突变株中luxI/R同源基因表达变化的机制 | 第43-57页 |
| 3.1 实验材料 | 第43-44页 |
| 3.1.1 菌株与质粒 | 第43页 |
| 3.1.2 主要试剂和仪器 | 第43-44页 |
| 3.2 实验方法 | 第44-48页 |
| 3.2.1 RNA样品准备 | 第44页 |
| 3.2.2 RNA-Seq分析 | 第44-45页 |
| 3.2.3 qRT-PCR验证 | 第45-47页 |
| 3.2.4 HPLC测定菲降解曲线及活菌计数 | 第47-48页 |
| 3.3 实验结果与分析 | 第48-55页 |
| 3.3.1 RNA-Seq数据基础分析 | 第48页 |
| 3.3.2 差异表达基因分析 | 第48-52页 |
| 3.3.3 luxI/R同源基因表达下降的机制探究 | 第52-54页 |
| 3.3.4 Rsh_(US6-1)对菌株降解菲的影响 | 第54-55页 |
| 3.4 小结 | 第55-57页 |
| 4 Sphingobium sp. SYK6中rsh基因缺失对AHL信号分子积累的影响 | 第57-69页 |
| 4.1 实验材料 | 第57-58页 |
| 4.1.1 菌株与质粒 | 第57-58页 |
| 4.1.2 培养条件 | 第58页 |
| 4.1.3 主要试剂和仪器 | 第58页 |
| 4.2 实验方法 | 第58-60页 |
| 4.2.1 Rsh_(SYK6)序列分析 | 第58页 |
| 4.2.2 构建rsh_(SYK6)缺失突变株 | 第58-59页 |
| 4.2.3 生长曲线的测量 | 第59页 |
| 4.2.4 AHL信号分子检测 | 第59页 |
| 4.2.5 qRT-PCR分析 | 第59-60页 |
| 4.3 实验结果与分析 | 第60-67页 |
| 4.3.1 Rsh_(SYK6)序列分析 | 第60-61页 |
| 4.3.2 Cross-feeding检测结果 | 第61页 |
| 4.3.3 富营养条件下△rsh_(SYK6)的AHL表征及luxI/R同源基因的表达 | 第61-65页 |
| 4.3.4 寡营养条件下△rsh_(SYK6)的AHL表征及luxI/R同源基因的表达 | 第65-67页 |
| 4.4 小结 | 第67-69页 |
| 5 研究结论、创新点及展望 | 第69-71页 |
| 5.1 研究结论 | 第69-70页 |
| 5.2 创新点 | 第70页 |
| 5.3 展望 | 第70-71页 |
| 参考文献 | 第71-81页 |
| 作者简历及攻读硕士期间发表论文情况 | 第81页 |
