氧气对代谢进化的影响：化学信息学与生物信息学的综合研究
| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-6页 |
| 缩略词索引 | 第6-9页 |
| 第一章 引言 | 第9-17页 |
| ·氧气与生命关系的研究进展 | 第10-12页 |
| ·早期氧气产生的时间 | 第10-11页 |
| ·氧气如何在早期地球大气中积累 | 第11页 |
| ·氧气浓度变化对生命进化的影响 | 第11-12页 |
| ·氧气作为生命史的生物化学记录 | 第12页 |
| ·氧对生物化学进化的影响研究 | 第12页 |
| ·化学信息学和生物信息学的研究现状及分析 | 第12-15页 |
| ·化学信息学的研究现状及分析 | 第13页 |
| ·生物信息学的研究现状及分析 | 第13-15页 |
| ·本论文的研究内容 | 第15-17页 |
| ·论文的目的和意义 | 第15页 |
| ·论文的主要研究内容 | 第15-17页 |
| 第二章 氧气对代谢物进化的影响研究 | 第17-31页 |
| ·引言 | 第17页 |
| ·方法原理 | 第17-20页 |
| ·数据获取及处理 | 第17-18页 |
| ·分子相似性计算 | 第18-19页 |
| ·分子描述符计算 | 第19页 |
| ·化学空间分析 | 第19页 |
| ·主成分分析 | 第19-20页 |
| ·所需设备和材料 | 第20-21页 |
| ·主要硬件 | 第20页 |
| ·主要软件 | 第20-21页 |
| ·结果与讨论 | 第21-29页 |
| ·无氧、有氧代谢物结构特征比较 | 第21-25页 |
| ·无氧、有氧代谢物化学性质比较 | 第25-29页 |
| ·小结 | 第29-31页 |
| 第三章 氧气对代谢途径进化的影响研究 | 第31-40页 |
| ·引言 | 第31页 |
| ·无氧、有氧代谢反应比较 | 第31-34页 |
| ·基本原理 | 第31页 |
| ·数据选取及计算 | 第31-32页 |
| ·结果分析 | 第32-34页 |
| ·无氧、有氧代谢网络比较 | 第34-37页 |
| ·基本原理及方法 | 第34-35页 |
| ·结果分析 | 第35-37页 |
| ·讨论 | 第37-38页 |
| ·小结 | 第38-40页 |
| 第四章 氧气对酶结构和功能进化的影响研究 | 第40-47页 |
| ·引言 | 第40页 |
| ·相关数据库简介 | 第40-41页 |
| ·无氧、有氧酶辅因子比较 | 第41-42页 |
| ·方法 | 第41页 |
| ·结果分析 | 第41-42页 |
| ·无氧、有氧酶催化位点比较 | 第42-43页 |
| ·无氧、有氧酶拓扑复杂性比较 | 第43-44页 |
| ·方法 | 第43页 |
| ·结果分析 | 第43-44页 |
| ·无氧、有氧酶fold比较 | 第44-46页 |
| ·方法 | 第44页 |
| ·结果分析 | 第44-46页 |
| ·小结 | 第46-47页 |
| 第五章 有氧代谢早期历史的追踪 | 第47-54页 |
| ·引言 | 第47页 |
| ·有氧代谢的出现 | 第47-50页 |
| ·蛋白域结构的系统发生基因组分析 | 第47-48页 |
| ·有氧代谢最古老fold的确定 | 第48-50页 |
| ·有氧代谢及地球大氧化的时间推测 | 第50-53页 |
| ·标定蛋白fold年表 | 第50-52页 |
| ·结果分析 | 第52-53页 |
| ·小结 | 第53-54页 |
| 第六章 总结与展望 | 第54-56页 |
| ·工作总结 | 第54-55页 |
| ·工作展望 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-60页 |
| 附录 | 第60-68页 |
| 攻读硕士期间发表及完成的论文 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |
