| 论文摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 第1章 水、蛋白质和氨基酸 | 第12-20页 |
| 1.1 生命的起源-水 | 第12-13页 |
| 1.2 氢键 | 第13-14页 |
| 1.3 生物体中的水和蛋白质 | 第14-16页 |
| 1.4 氨基酸 | 第16-20页 |
| 第2章 密度泛函理论 | 第20-28页 |
| 2.1 绝热近似(玻恩-奥本海默近似) | 第20-21页 |
| 2.2 哈特利-福克近似 | 第21-23页 |
| 2.3 密度泛函理论 | 第23-25页 |
| 2.3.1 霍亨伯格-孔恩定理 | 第23-24页 |
| 2.3.2 孔恩-沈吕九方程 | 第24-25页 |
| 2.4 交换关联泛函 | 第25-28页 |
| 2.4.1 局域密度近似(Local Density Approximation,LDA) | 第25页 |
| 2.4.2 广义梯度近似(Generalized Gradient Approximation,GGA) | 第25-28页 |
| 第3章 分子动力学模拟 | 第28-34页 |
| 3.1 分子动力学计算的基本原理 | 第28-29页 |
| 3.2 求解运动方程 | 第29-30页 |
| 3.2.1 Verlet算法 | 第29-30页 |
| 3.2.2 蛙跳(Leap-frog)算法 | 第30页 |
| 3.2.3 Gear预测-校正算法 | 第30页 |
| 3.3 势函数 | 第30-31页 |
| 3.3.1 对势 | 第31页 |
| 3.3.2 多体势 | 第31页 |
| 3.4 平衡系综的控制方法 | 第31-34页 |
| 3.4.1 控温方法 | 第31-32页 |
| 3.4.2 控压方法 | 第32-34页 |
| 第4章 氨基酸与水的相互作用 | 第34-66页 |
| 4.1 研究方法 | 第34-38页 |
| 4.1.1 中子散射实验 | 第34-35页 |
| 4.1.2 计算机模拟代码--Castep和Dmol~3 | 第35-36页 |
| 4.1.3 计算方法 | 第36-38页 |
| 4.2 分析与讨论 | 第38-64页 |
| 4.2.1 丝氨酸(Serine) | 第38-48页 |
| 4.2.2 脯氨酸(Proline) | 第48-54页 |
| 4.2.3 丙氨酸(Alanine) | 第54-59页 |
| 4.2.4 甘氨酸(Glycine) | 第59-64页 |
| 4.3 结论 | 第64-66页 |
| 第5章 水通道蛋白及其抑制剂的分子动力学模拟 | 第66-74页 |
| 5.1 简介 | 第66-67页 |
| 5.2 建立模型 | 第67-70页 |
| 5.2.1 hAQP1和抑制剂对接 | 第67-68页 |
| 5.2.2 蛋白质-抑制剂-生物膜体系的建模 | 第68-70页 |
| 5.3 分子动力学模拟 | 第70-71页 |
| 5.3.1 初始构型 | 第70页 |
| 5.3.2 系统平衡 | 第70-71页 |
| 5.3.3 分子动力学计算 | 第71页 |
| 5.4 结果与讨论 | 第71-73页 |
| 5.5 结论 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-78页 |
| 致谢 | 第78-80页 |
| 攻读硕士期间发表的文章 | 第80-81页 |
| 学位论文评阋及答辩情况表 | 第81页 |
