| 摘要 | 第5-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第11-33页 |
| 1.引言 | 第11-12页 |
| 2.统计力学基础 | 第12-17页 |
| 2.1 热力学函数 | 第12-14页 |
| 2.2 系综理论 | 第14-17页 |
| 3.分子动力学 | 第17-23页 |
| 3.1 分子力场 | 第18-20页 |
| 3.2 动力学差分方程 | 第20-21页 |
| 3.3 周期性边界条件 | 第21-22页 |
| 3.4 Particle Mesh Ewald | 第22-23页 |
| 3.5 系综 | 第23页 |
| 4.基于分子模拟的自由能计算方法 | 第23-32页 |
| 4.1 各态历经假说 | 第24-25页 |
| 4.2 自由能微扰(FEP) | 第25-27页 |
| 4.3 热力学积分(TI) | 第27-29页 |
| 4.4 MMGBSA | 第29-31页 |
| 4.5 相互作用熵 | 第31-32页 |
| 5.动力学模拟软件 | 第32-33页 |
| 第二章 相互作用熵与残基特异的介电常数对蛋白蛋白结合能计算的影响 | 第33-45页 |
| 1.残基特异的介电常数 | 第33页 |
| 2.分子动力学模拟 | 第33-34页 |
| 3.不同残基介电常数对结合能计算的影响 | 第34-41页 |
| 4.本方法与normal mode方法的比较 | 第41-43页 |
| 5.拟合误差分析 | 第43-45页 |
| 第三章 总结与展望 | 第45-47页 |
| 1.本论文的意义与创新之处 | 第45页 |
| 2.展望 | 第45-47页 |
| 参考文献 | 第47-51页 |
| 科研成果 | 第51-52页 |
| 致谢 | 第52页 |