| 中文摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 第一章 综述 | 第10-14页 |
| 1.1 溴结构域(BRD)体系 | 第10-14页 |
| 1.1.1 BET蛋白家族及其生理功能 | 第10-11页 |
| 1.1.2 BET小分子抑制剂 | 第11-12页 |
| 1.1.3 BRD晶体结构 | 第12-14页 |
| 第二章 抑制剂与受体的相互作用 | 第14-18页 |
| 2.1 抑制剂与受体的键合 | 第14-15页 |
| 2.1.1 静电相互作用 | 第14-15页 |
| 2.1.2 氢键相互作用 | 第15页 |
| 2.2 抑制剂与受体的立体相互作用 | 第15-18页 |
| 2.2.1 范德华相互作用 | 第15-16页 |
| 2.2.2 构象变化 | 第16页 |
| 2.2.3 熵因素 | 第16页 |
| 2.2.4 疏水相互作用 | 第16-18页 |
| 第三章 理论与方法 | 第18-28页 |
| 3.1 分子动力学模拟 | 第18-22页 |
| 3.1.1 分子动力学模拟的基本原理 | 第18-20页 |
| 3.1.2 分子动力学模拟的积分算法 | 第20-21页 |
| 3.1.3 分子动力学模拟的初始化 | 第21-22页 |
| 3.2 分子力场 | 第22-24页 |
| 3.3 主成分分析 | 第24-25页 |
| 3.4 结合自由能计算 | 第25-27页 |
| 3.4.1 MM-PBSA | 第26-27页 |
| 3.5 抑制剂与残基的相互作用 | 第27-28页 |
| 3.5.1 基于残基的能量分解 | 第27页 |
| 3.5.2 丙氨酸扫描 | 第27-28页 |
| 第四章 抑制剂与BRD4第一结构域蛋白结合的分子动力学研究 | 第28-40页 |
| 4.1 模拟系统的准备 | 第28-30页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第30-38页 |
| 4.3 小结 | 第38-40页 |
| 第五章 抑制剂对BRD4蛋白两个结构域选择性的分子动力学研究 | 第40-56页 |
| 5.1 系统的设置 | 第40-41页 |
| 5.2 结果与讨论 | 第41-53页 |
| 5.3 小结 | 第53-56页 |
| 第六章 I-BRD9类抑制剂对BRD9蛋白高效选择性的分子动力学研究 | 第56-68页 |
| 6.1 系统的初始化 | 第56-57页 |
| 6.2 结果与讨论 | 第57-67页 |
| 6.3 小结 | 第67-68页 |
| 第七章 总结与展望 | 第68-70页 |
| 参考文献 | 第70-78页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第78-80页 |
| 致谢 | 第80页 |
