| 摘要 | 第11-15页 |
| Abstract | 第15-19页 |
| 引言 | 第20-34页 |
| 1 研究背景 | 第20-31页 |
| 1.1 川芎的历史源流考释 | 第20-25页 |
| 1.1.1 川芎(芎藭)、蘼芜、藁本名实源流考 | 第20-23页 |
| 1.1.2 川芎引种及技术的历史沿革 | 第23-25页 |
| 1.2 川芎目前的栽培品种和生产模式 | 第25-29页 |
| 1.3 无性繁殖技术中存在的问题 | 第29页 |
| 1.4 立题依据 | 第29-31页 |
| 2 研究目的和意义 | 第31页 |
| 3 研究目标 | 第31-32页 |
| 4 主要研究内容 | 第32-33页 |
| 5 技术路线图 | 第33-34页 |
| 第二章 基于PCR-DGGE的川芎内生菌群落结构分析 | 第34-77页 |
| 1 研究材料 | 第34-36页 |
| 1.1 栽培方案 | 第34-35页 |
| 1.1.1 山地育苓期 | 第34-35页 |
| 1.1.2 平坝栽培期 | 第35页 |
| 1.1.3 第2轮的栽培 | 第35页 |
| 1.2 取样方案 | 第35-36页 |
| 1.2.1 山地育苓前 | 第36页 |
| 1.2.2 山地育芩后 | 第36页 |
| 1.2.3 药材收获期 | 第36页 |
| 2 仪器和试剂 | 第36-37页 |
| 2.1 主要仪器 | 第36-37页 |
| 2.2 主要试剂 | 第37页 |
| 3 试验方法 | 第37-47页 |
| 3.1 川芎组织总DNA的提取 | 第37-38页 |
| 3.2 真菌PCR序列考察与扩增 | 第38-39页 |
| 3.2.1 引物 | 第38页 |
| 3.2.2 扩增体系与扩增程序 | 第38-39页 |
| 3.3 川芎内生细菌PCR序列考察与扩增 | 第39-41页 |
| 3.3.1 引物 | 第39-40页 |
| 3.3.2 扩增体系与扩增程序 | 第40-41页 |
| 3.4 变性梯度凝胶电泳(DGGE) | 第41-47页 |
| 3.4.1 DGGE试验基本方法 | 第41-45页 |
| 3.4.2 DGGE变性梯度优化方法 | 第45-46页 |
| 3.4.3 电泳时间的优化 | 第46-47页 |
| 4 试验结果 | 第47-74页 |
| 4.1 川芎总DNA提取结果 | 第47页 |
| 4.2 不同引物PCR结果 | 第47-51页 |
| 4.2.1 内生真菌ITS区扩增效果 | 第47-48页 |
| 4.2.2 内生真菌18S rDNA区扩增效果 | 第48-49页 |
| 4.2.3 内生细菌16S rDNA V3区扩增效果 | 第49-50页 |
| 4.2.4 内生细菌16S rDNA V6～V8区扩增效果 | 第50-51页 |
| 4.3 DGGE条件优化 | 第51-55页 |
| 4.3.1 川芎内生真菌DGGE变性梯度优化结果 | 第51-52页 |
| 4.3.2 川芎内生真菌DGGE电泳时间优化结果 | 第52-53页 |
| 4.3.3 川芎内生真菌DGGE条件优化结果 | 第53页 |
| 4.3.4 川芎内生细菌DGGE变性梯度优化结果 | 第53页 |
| 4.3.5 川芎内生细菌DGGE最佳电压及电泳时间组合优化结果 | 第53-55页 |
| 4.3.6 川芎内生细菌DGGE条件优化结果 | 第55页 |
| 4.4 川芎内生菌群落结构分析 | 第55-74页 |
| 4.4.1 "彭州小鱼洞—都江堰石羊"生产循环中内生菌群变化 | 第55-62页 |
| 4.4.2 "汶川水磨—都江堰石羊"生产循环中内生菌群变化 | 第62-67页 |
| 4.4.3 "都江堰泰安—都江堰石羊"生产循环中内生菌群变化 | 第67-72页 |
| 4.4.4 川芎不同育芩地苓种中内生菌的比较 | 第72-74页 |
| 5 小结与讨论 | 第74-77页 |
| 第三章 基于高通量测序的川芎内生菌群落结构分析 | 第77-100页 |
| 1 试验材料 | 第77-78页 |
| 2 仪器和试剂 | 第78页 |
| 2.1 主要仪器 | 第78页 |
| 2.2 主要试剂 | 第78页 |
| 3 试验方法 | 第78-84页 |
| 3.1 基因组DNA的提取 | 第78-79页 |
| 3.2 真菌ITS区特异性扩增 | 第79页 |
| 3.3 高通量测序分析 | 第79-84页 |
| 3.3.1 测序平台 | 第79-80页 |
| 3.3.2 基础生物信息学分析内容 | 第80-81页 |
| 3.3.3 标准生物信息学分析内容 | 第81-84页 |
| 3.3.4 不同产地川芎在栽培过程中内生真菌群落结构变化规律的验证 | 第84页 |
| 4 试验结果 | 第84-97页 |
| 4.1 川芎组织总DNA提取结果 | 第84-85页 |
| 4.2 PCR结果 | 第85页 |
| 4.3 川芎内生真菌高通量测序基本信息 | 第85-86页 |
| 4.4 川芎内生真菌OTU分布及分类学信息 | 第86-89页 |
| 4.5 川芎内生真菌OTU分布VENN图分析 | 第89-90页 |
| 4.6 各育苓基地川芎内生真菌群结构Heatmap比较 | 第90-92页 |
| 4.7 不同来源的川芎苓种期内生真菌菌群结构比较 | 第92-93页 |
| 4.8 不同苓种来源的川芎内生真菌群落结构聚类分析 | 第93-95页 |
| 4.9 不同产地川芎在栽培过程中内生真菌群落结构变化规律的验证 | 第95-97页 |
| 5 小结与讨论 | 第97-100页 |
| 第四章 川芎苓种中内生菌的抗病能力分析 | 第100-131页 |
| 1 试验材料 | 第100页 |
| 2 仪器和试剂 | 第100-101页 |
| 2.1 主要仪器 | 第100-101页 |
| 2.2 主要试剂 | 第101页 |
| 3 试验方法 | 第101-108页 |
| 3.1 培养基配置 | 第101-103页 |
| 3.1.1 TWYE培养基 | 第101-102页 |
| 3.1.2 HV培养基 | 第102页 |
| 3.1.3 S培养基 | 第102页 |
| 3.1.4 察氏培养基 | 第102页 |
| 3.1.5 淀粉琼脂培养基 | 第102页 |
| 3.1.6 天门冬素葡萄糖培养基 | 第102页 |
| 3.1.7 高氏一号培养基 | 第102-103页 |
| 3.1.8 PDA马铃著葡萄糖培养基 | 第103页 |
| 3.2 川芎内生真菌的分离与纯化 | 第103-104页 |
| 3.3 川芎内生放线菌的分离与纯化 | 第104-105页 |
| 3.4 表面消毒效果监测 | 第105页 |
| 3.5 形态观察与鉴定 | 第105页 |
| 3.6 菌种保藏 | 第105页 |
| 3.6.1 斜面低温保藏法 | 第105页 |
| 3.6.2 液体石蜡保藏法 | 第105页 |
| 3.7 菌种活化 | 第105-106页 |
| 3.8 川芎根腐病原菌拮抗菌的筛选 | 第106-107页 |
| 3.8.1 初筛 | 第106页 |
| 3.8.2 复筛 | 第106-107页 |
| 3.9 内生菌的分子鉴定 | 第107-108页 |
| 3.9.1 DNA提取 | 第107页 |
| 3.9.2 川芎内生菌PCR | 第107-108页 |
| 3.9.3 分子鉴定 | 第108页 |
| 4 试验结果 | 第108-127页 |
| 4.1 川芎组织表面消毒实验结果 | 第108页 |
| 4.2 川芎内生真菌的分离与初步鉴定 | 第108-115页 |
| 4.2.1 川芎内生真菌分离纯化效果 | 第108-111页 |
| 4.2.2 川芎内生真菌的序列分析 | 第111-115页 |
| 4.3 川芎内生放线菌的分离与初步鉴定 | 第115-120页 |
| 4.3.1 川芎内生放线菌分离纯化效果 | 第115-118页 |
| 4.3.2 川芎内生放线菌的序列分析 | 第118-119页 |
| 4.3.3 川芎内生放线菌的形态学鉴别 | 第119-120页 |
| 4.4 川芎根腐病原菌拮抗性内生菌的筛选 | 第120-127页 |
| 4.4.1 拮抗性内生真菌的筛选 | 第121-125页 |
| 4.4.2 拮抗性内生放线菌的筛选 | 第125-127页 |
| 5 小结与讨论 | 第127-131页 |
| 第五章 结论与讨论 | 第131-140页 |
| 1 结论与讨论 | 第131-138页 |
| 2 创新点 | 第138-139页 |
| 3 研究展望 | 第139-140页 |
| 文献综述 | 第140-151页 |
| 1 植物内生菌的来源 | 第141页 |
| 2 植物内生菌的多样性 | 第141-143页 |
| 2.1 植物内生菌的物种多样性 | 第141-142页 |
| 2.2 内生菌的宿主植物多样性 | 第142-143页 |
| 2.3 内生菌的分布多样性 | 第143页 |
| 3 植物内生菌与植物的密切关系 | 第143-146页 |
| 3.1 内生菌的促进生长作用 | 第144页 |
| 3.2 内生菌调节植物代谢 | 第144-145页 |
| 3.3 内生菌增加植物的抗逆效应 | 第145-146页 |
| 3.4 内生菌提高植物的抗病能力 | 第146页 |
| 4 内生菌与中药生产 | 第146-148页 |
| 4.1 内生菌产生药用活性物质增强药材效用 | 第147-148页 |
| 4.2 特殊的内生菌群造就药材的道地品质 | 第148页 |
| 5 药用植物微生态研究展望 | 第148-151页 |
| 5.1 基础研究方面 | 第148-149页 |
| 5.2 药材栽培中的生物防治 | 第149页 |
| 5.3 内生菌调控研究 | 第149-150页 |
| 5.4 存在的问题 | 第150-151页 |
| 参考文献 | 第151-159页 |
| 附录 | 第159-165页 |
| 1 附图 | 第159-161页 |
| 2 序列 | 第161-163页 |
| 3 基金支持 | 第163-165页 |
| 致谢 | 第165-166页 |
| 在读期间公开发表的学术论文、专著及科研成果 | 第166-167页 |
