| 摘要 | 第3-4页 |
| ABSTRACT | 第4页 |
| 第一章 文献综述 | 第7-21页 |
| 1.1 课题研究背景 | 第7-9页 |
| 1.2 国内外研究进展 | 第9-19页 |
| 1.2.1 基因组尺度代谢网络模型重构方法简介 | 第10-16页 |
| 1.2.2 枯草芽孢杆菌基因组尺度代谢网络重构研究进展 | 第16-19页 |
| 1.3 本文研究内容和技术路线 | 第19-20页 |
| 1.4 本课题研究的意义 | 第20-21页 |
| 第二章 材料与方法 | 第21-30页 |
| 2.1 以约束为基础的模拟方法 | 第21-25页 |
| 2.2 生物质合成反应方程式 | 第25-27页 |
| 2.3 枯草芽孢杆菌模拟用培养基的确定 | 第27-28页 |
| 2.4 生长和维持用能量需求 | 第28-29页 |
| 2.5 模拟用软件和平台 | 第29-30页 |
| 第三章 枯草芽孢杆菌基因组尺度代谢网络模型的构建 | 第30-43页 |
| 3.1 基因组注释信息的提取 | 第30-31页 |
| 3.2 基因组注释信息的比对 | 第31-32页 |
| 3.3 基因组注释信息的确定 | 第32-33页 |
| 3.4 原始反应列表的修正 | 第33-34页 |
| 3.5 枯草芽孢杆菌基因及反应间关系的确定 | 第34页 |
| 3.6 添加通量交换反应 | 第34-35页 |
| 3.7 枯草芽孢杆菌基因组尺度代谢网络模型的转化 | 第35-37页 |
| 3.8 代谢网络模型的初步计算与修正 | 第37-43页 |
| 第四章 枯草芽孢杆菌基因组尺度代谢模型计算与分析 | 第43-72页 |
| 4.1 不同底物上的生长表型模拟 | 第43-44页 |
| 4.2 代谢通量分析 | 第44-46页 |
| 4.3 辅因子的生产 | 第46-47页 |
| 4.4 可选择的最优解 | 第47-48页 |
| 4.5 鲁棒性分析 | 第48-54页 |
| 4.5.1 碳源吸收速率对系统的影响 | 第48-52页 |
| 4.5.2 稀释率对系统的影响 | 第52-54页 |
| 4.6 表型相平面分析 | 第54-57页 |
| 4.7 基因敲除模拟实验 | 第57-64页 |
| 4.7.1 单基因敲除模拟实验 | 第57-63页 |
| 4.7.2 双基因敲除模拟实验 | 第63-64页 |
| 4.8 模拟各种底物的利用 | 第64-65页 |
| 4.9 生物质前体必需基因的模拟 | 第65-67页 |
| 4.10 “S”矩阵的拓扑结构：代谢物连接度 | 第67-72页 |
| 4.10.1 “S”矩阵的可视化 | 第67-68页 |
| 4.10.2 确定代谢物参与的反应数 | 第68-69页 |
| 4.10.3 反应参效应的确定 | 第69-70页 |
| 4.10.4 确定同时参与两个反应的代谢物数目 | 第70页 |
| 4.10.5 确定反应必需性与代谢物连接度之间的关系 | 第70-72页 |
| 第五章 枯草芽孢杆菌基因组尺度代谢网络研究结论与展望 | 第72-75页 |
| 5.1 结论 | 第72-74页 |
| 5.2 展望 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-81页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第81-82页 |
| 附录 | 第82-98页 |
| 致谢 | 第98页 |
