| 中文摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 缩略词表 | 第6-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-36页 |
| 1.1 玉米籽粒物质积累相关基因的研究进展 | 第14-19页 |
| 1.1.1 玉米籽粒的发育过程 | 第14-16页 |
| 1.1.2 玉米籽粒物质积累相关基因的研究进展 | 第16-19页 |
| 1.2 高通量测序技术及玉米基因组学研究进展 | 第19-24页 |
| 1.2.1 高通量测序技术的发展 | 第19-22页 |
| 1.2.2 玉米基因组学的研究进展 | 第22-24页 |
| 1.3 转录组测序技术概述及研究进展 | 第24-27页 |
| 1.3.1 转录组测序技术及转录分析平台介绍 | 第24-26页 |
| 1.3.2 转录组测序技术在玉米相关研究中的应用 | 第26-27页 |
| 1.4 选择信号及其研究进展 | 第27-32页 |
| 1.4.1 选择及选择信号的检测方法 | 第27-30页 |
| 1.4.2 选择信号在玉米相关研究中的应用 | 第30-32页 |
| 1.5 泛基因组的研究进展 | 第32-34页 |
| 1.5.1 泛基因组的概念 | 第32-33页 |
| 1.5.2 泛基因组的研究进展 | 第33-34页 |
| 1.6 研究的目的与意义 | 第34-36页 |
| 第二章 玉米转录组测序数据分析平台的构建 | 第36-49页 |
| 2.1 研究背景 | 第36页 |
| 2.2 玉米转录组测序数据的获取 | 第36-38页 |
| 2.2.1 玉米关联群体转录组测序数据来源 | 第36-37页 |
| 2.2.2 其他数据来源 | 第37-38页 |
| 2.3 基于参考基因组的转录组测序数据分析平台的构建 | 第38-43页 |
| 2.3.1 基于参考基因组的转录组测序数据比对平台的构建 | 第38-39页 |
| 2.3.2 SNP Calling平台的构建 | 第39-41页 |
| 2.3.3 基因表达分析平台的构建 | 第41-43页 |
| 2.4 无参考基因组的转录组测序数据De novo组装平台的构建 | 第43-44页 |
| 2.5 结果与讨论 | 第44-49页 |
| 第三章 利用转录组测序数据挖掘受选择的籽粒物质积累相关基因 | 第49-73页 |
| 3.1 研究背景 | 第49页 |
| 3.2 实验材料与方法 | 第49-55页 |
| 3.2.1 实验材料及数据 | 第50页 |
| 3.2.2 全基因组范围内选择信号的检测 | 第50-52页 |
| 3.2.3 基因组选择区域及选择区域候选基因的鉴定 | 第52-53页 |
| 3.2.4 利用系统进化树分析选择区域候选基因 | 第53-54页 |
| 3.2.5 群体遗传学分析 | 第54页 |
| 3.2.6 选择区域基因的注释 | 第54-55页 |
| 3.2.7 选择区域基因的富集分析 | 第55页 |
| 3.2.8 选择区域基因的差异表达分析 | 第55页 |
| 3.3 结果与分析 | 第55-69页 |
| 3.3.1 温带和热带玉米全基因组选择信号的鉴定结果 | 第55-56页 |
| 3.3.2 温带和热带玉米选择区域的鉴定结果 | 第56-58页 |
| 3.3.3 选择区域基因富集分析结果 | 第58-59页 |
| 3.3.4 选择区域候选基因差异表达分析结果 | 第59-61页 |
| 3.3.5 玉米籽粒物质积累途径及基因受选择的情况 | 第61-66页 |
| 3.3.6 玉米开花期光周期相关途径受选择的情况 | 第66-69页 |
| 3.4 讨论 | 第69-73页 |
| 3.4.1 选择区域的验证 | 第69-70页 |
| 3.4.2 与其他玉米相关研究中选择区域的比较 | 第70-71页 |
| 3.4.3 温带和热带玉米选择区域在玉米生产中的意义 | 第71-73页 |
| 第四章 玉米泛转录组构建及其在籽粒性状研究中的应用 | 第73-89页 |
| 4.1 研究背景 | 第73页 |
| 4.2 实验材料与方法 | 第73-79页 |
| 4.2.1 实验材料及数据 | 第73-74页 |
| 4.2.2 基因ePAV的检测方法 | 第74-75页 |
| 4.2.3 转录组测序数据的De novo组装 | 第75-76页 |
| 4.2.4 玉米泛转录组novel sequences的鉴定 | 第76-78页 |
| 4.2.5 玉米泛转录组novel sequences的注释 | 第78-79页 |
| 4.2.6 玉米基因ePAV及泛转录组novel sequences的验证 | 第79页 |
| 4.3 结果与分析 | 第79-86页 |
| 4.3.1 ePAV基因及其ePAV表达模式的检测结果 | 第79-81页 |
| 4.3.2 两种转录组测序数据De novo组装策略的比较 | 第81-83页 |
| 4.3.3 玉米泛转录组novel sequences鉴定结果 | 第83页 |
| 4.3.4 玉米泛转录组novel sequences的生物信息学验证 | 第83-86页 |
| 4.4 讨论 | 第86-89页 |
| 4.4.1 ePAV转化模式在玉米籽粒性状相关研究中的优势及应用 | 第86-87页 |
| 4.4.2 玉米泛转录组novel sequences的功能基因组学分析 | 第87-89页 |
| 第五章 结论与展望 | 第89-91页 |
| 5.1 结论 | 第89-90页 |
| 5.2 展望 | 第90-91页 |
| 参考文献 | 第91-101页 |
| 致谢 | 第101-102页 |
| 附录 | 第102-121页 |
| 个人简历 | 第121页 |
