| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-26页 |
| 1.1 系统生物学发展及代谢网络研究现状 | 第9-13页 |
| 1.2 整合组学数据构建条件特异性代谢网络 | 第13-16页 |
| 1.3 整合组学数据方法探究植物生理机制 | 第16-25页 |
| 1.3.1 C3和C4类型植物的生理差异 | 第17-19页 |
| 1.3.2 整合转录组数据探究拟南芥应对不同CO_2的机制 | 第19-21页 |
| 1.3.3 整合蛋白质组数据的特异性代谢网络揭示玉米叶片发育机制 | 第21-25页 |
| 1.4 目的及意义 | 第25-26页 |
| 第二章 整合组学数据构建特异代谢网络方法及其比较 | 第26-38页 |
| 2.1 流平衡分析方法 | 第26-29页 |
| 2.2 基于阈值设定约束反应活性的整合方法 | 第29-30页 |
| 2.3 最大契合表达水平和代谢水平的整合方法 | 第30-32页 |
| 2.4 检验表达状态确定反应开关的整合方法 | 第32-34页 |
| 2.5 基于函数关系连续约束流值的整合方法 | 第34-36页 |
| 2.6 基于活性反应频率确定活性网络模型的整合方法 | 第36-38页 |
| 第三章 整合转录组数据探究拟南芥对不同CO_2浓度的响应 | 第38-51页 |
| 3.1 不同CO_2浓度特异代谢网络模型的构建 | 第38-42页 |
| 3.1.1 数据的收集 | 第38-41页 |
| 3.1.2 整合组学数据方法的选择 | 第41页 |
| 3.1.3 整合组学数据构建特异代谢网络模型 | 第41-42页 |
| 3.2 特异代谢网络模型的分析 | 第42-45页 |
| 3.2.1 不同CO_2浓度下特异代谢网络模型 | 第42-43页 |
| 3.2.2 不同CO_2浓度下特异代谢网络模型的流分布分析 | 第43-45页 |
| 3.3 基因表达到代谢流层面探究拟南芥对不同CO_2浓度的响应 | 第45-48页 |
| 3.3.1 特定CO_2浓度下差异基因的富集分析 | 第45-46页 |
| 3.3.2 从基因到代谢流在特定CO_2浓度下的KEGG富集分析 | 第46-48页 |
| 3.4 潜在的转录后调控基因的预测和验证 | 第48-50页 |
| 3.5 本章小结 | 第50-51页 |
| 第四章 构建特异区段网络模型揭示玉米光合途径建成机制 | 第51-58页 |
| 4.1 整合蛋白质组学数据构建特异代谢模型 | 第51-53页 |
| 4.1.1 蛋白质组学数据的搜集和整理 | 第51-52页 |
| 4.1.2 整合组学数据方法的选择 | 第52-53页 |
| 4.1.3 整合蛋白质组学数据构建特异代谢模型 | 第53页 |
| 4.2 玉米叶片不同发育阶段特异代谢网络模型差异 | 第53-57页 |
| 4.2.1 玉米叶片不同发育区段光合效率的差异 | 第54-55页 |
| 4.2.2 玉米叶片不同发育阶段主要光合途径反应代谢差异 | 第55-56页 |
| 4.2.3 不同叶片发育阶段光合途径的建成 | 第56-57页 |
| 4.3 本章小结 | 第57-58页 |
| 第五章 总结与展望 | 第58-61页 |
| 5.1 主要工作和创新点 | 第58-59页 |
| 5.2 后续工作展望 | 第59-61页 |
| 5.2.1 全基因组的代谢网络模型和高通量数据 | 第59-60页 |
| 5.2.2 整合组学数据方法 | 第60页 |
| 5.2.3 整合调控网络 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-65页 |
| 致谢 | 第65-66页 |
| 攻读硕士期间学术成果 | 第66-68页 |
