| 致谢 | 第4-6页 |
| 摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-36页 |
| 1.1 前言 | 第15-16页 |
| 1.2 凡纳滨对虾的早期发育研究 | 第16-23页 |
| 1.2.1 凡纳滨对虾的发育模式 | 第16-18页 |
| 1.2.2 凡纳滨对虾早期发育若干重要生物学过程 | 第18-20页 |
| 1.2.3 对虾早期发育和幼体变态的研究进展 | 第20-23页 |
| 1.3 组学技术及其在对虾早期发育研究中的应用前景 | 第23-35页 |
| 1.3.1 组学技术和生物信息学的快速发展 | 第23-27页 |
| 1.3.2 对虾的组学研究进展 | 第27-33页 |
| 1.3.3 组学解析在甲壳动物发育研究中的应用 | 第33-35页 |
| 1.4 本研究的目的、意义及主要研究内容 | 第35-36页 |
| 第二章 凡纳滨对虾早期发育的转录组和表达谱研究 | 第36-59页 |
| 2.1 引言 | 第36页 |
| 2.2 材料与方法 | 第36-40页 |
| 2.2.1 胚胎和幼体的取样 | 第36-37页 |
| 2.2.2 总RNA提取和样品混合 | 第37-38页 |
| 2.2.3 文库构建和测序 | 第38页 |
| 2.2.4 转录组数据的生物信息学分析 | 第38-39页 |
| 2.2.5 表达谱数据的生物信息学分析 | 第39页 |
| 2.2.6 定量PCR验证 | 第39-40页 |
| 2.3 转录组结果与分析 | 第40-51页 |
| 2.3.1 测序拼接与注释 | 第40-44页 |
| 2.3.2 聚类和差异基因分析 | 第44-48页 |
| 2.3.3 从组学分析结果看早期发育过程中的生物学变化 | 第48-50页 |
| 2.3.4 q-PCR验证 | 第50-51页 |
| 2.4 表达谱结果与分析 | 第51-59页 |
| 2.4.1 数据质控与比对 | 第51-53页 |
| 2.4.2 表达水平分析 | 第53页 |
| 2.4.3 聚类分析和相关性分析 | 第53-55页 |
| 2.4.4 差异基因分析 | 第55-59页 |
| 第三章 凡纳滨对虾早期发育的蛋白质组学研究 | 第59-71页 |
| 3.1 引言 | 第59页 |
| 3.2 材料与方法 | 第59-60页 |
| 3.2.1 取样与总蛋白提取 | 第59页 |
| 3.2.2 2D-DIGE实验方法 | 第59-60页 |
| 3.2.3 iTRAQ实验方法 | 第60页 |
| 3.3 2D-DIGE结果与分析 | 第60-64页 |
| 3.3.1 2D-DIGE蛋白质组图谱 | 第60页 |
| 3.3.2 差异蛋白分析 | 第60-64页 |
| 3.3.3 差异蛋白的功能分类 | 第64页 |
| 3.4 iTRAQ结果与分析 | 第64-71页 |
| 3.4.1 蛋白鉴定 | 第64-65页 |
| 3.4.2 差异蛋白的筛选 | 第65-68页 |
| 3.4.3 差异蛋白的富集分析 | 第68页 |
| 3.4.4 蛋白质组与转录组关联分析 | 第68-71页 |
| 第四章 凡纳滨对虾早期发育功能基因特征分析 | 第71-77页 |
| 4.1 引言 | 第71页 |
| 4.2 数据与方法 | 第71-72页 |
| 4.2.1 数据获取 | 第71-72页 |
| 4.2.2 序列比对 | 第72页 |
| 4.2.3 转录组数据与基因组的比对 | 第72页 |
| 4.3 结果与分析 | 第72-77页 |
| 4.3.1 早期发育功能基因数据集的比较 | 第72-73页 |
| 4.3.2 早期发育转录组与基因组的比对 | 第73-77页 |
| 第五章 凡纳滨对虾幼体变态的分子机制研究 | 第77-87页 |
| 5.1 引言 | 第77页 |
| 5.2 材料与方法 | 第77-78页 |
| 5.2.1 数据来源 | 第77-78页 |
| 5.2.2 荧光定量PCR | 第78页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第78-87页 |
| 5.3.1 肌肉附肢生长的关键时期和关键基因 | 第78-80页 |
| 5.3.2 蜕皮信号通路与几丁质酶的多样性 | 第80-83页 |
| 5.3.3 表皮的形成与钙化 | 第83-87页 |
| 第六章 凡纳滨对虾幼体食性转变的分子基础研究 | 第87-97页 |
| 6.1 引言 | 第87页 |
| 6.2 材料与方法 | 第87-88页 |
| 6.2.1 数据分析 | 第87页 |
| 6.2.2 实验验证 | 第87-88页 |
| 6.3 结果与讨论 | 第88-97页 |
| 6.3.1 消化酶基因的鉴定和分类 | 第88-90页 |
| 6.3.2 消化酶基因的表达 | 第90-91页 |
| 6.3.3 聚类分析 | 第91-94页 |
| 6.3.4 qPCR验证 | 第94-95页 |
| 6.3.5 讨论 | 第95-97页 |
| 第七章 凡纳滨对虾免疫体系发生的组学分析及关键基因解析 | 第97-115页 |
| 7.1 引言 | 第97-98页 |
| 7.2 材料与方法 | 第98页 |
| 7.2.1 组学数据来源 | 第98页 |
| 7.2.2 组学数据的处理与分析 | 第98页 |
| 7.2.3 成体对虾组织取样 | 第98页 |
| 7.2.4 对虾攻毒试验 | 第98页 |
| 7.3 结果与讨论：免疫体系的发生 | 第98-105页 |
| 7.3.1 免疫分子的表达模式 | 第99-102页 |
| 7.3.2 造血相关基因的表达模式分析 | 第102-105页 |
| 7.4 结果与讨论：凡纳滨对虾Toll基因家族 | 第105-115页 |
| 7.4.1 Toll基因的序列与长度统计 | 第106-107页 |
| 7.4.2 Toll基因的聚类分析 | 第107-108页 |
| 7.4.3 Toll基因的结构域分析 | 第108-110页 |
| 7.4.4 Toll基因的基因组结构 | 第110页 |
| 7.4.5 Toll基因在早期发育过程中的表达 | 第110-112页 |
| 7.4.6 Toll基因表达的成体组织分布 | 第112-113页 |
| 7.4.7 Toll基因在WSSV感染前后鳃部的表达变化 | 第113-115页 |
| 结论 | 第115-116页 |
| 参考文献 | 第116-129页 |
| 个人简历 | 第129-130页 |
| 博士期间发表和完成的文章 | 第130页 |
