面向代谢网络分析的二代测序数据分析工具整合与应用研究
| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第9-15页 |
| 1.1 研究背景 | 第9-10页 |
| 1.2 二代测序数据的下游分析简介 | 第10-11页 |
| 1.2.1 基因表达分析 | 第10页 |
| 1.2.2 重构代谢网络 | 第10-11页 |
| 1.3 整合二代测序数据分析软件的简介 | 第11-12页 |
| 1.4 本文研究工作及章节安排 | 第12-15页 |
| 1.4.1 论文的研究工作 | 第12-13页 |
| 1.4.2 论文的组织结构 | 第13-15页 |
| 第二章 二代测序数据分析软件的整合 | 第15-25页 |
| 2.1 数据获取 | 第15-16页 |
| 2.2 数据处理流程 | 第16-17页 |
| 2.3 二代测序数据处理软件的整合 | 第17-24页 |
| 2.3.1 fastqc软件的整合 | 第17-19页 |
| 2.3.2 trimmomatic软件的整合 | 第19-20页 |
| 2.3.3 序列的比对软件的整合 | 第20-21页 |
| 2.3.4 blast比对文件处理的功能实现 | 第21-24页 |
| 2.4 本章小结 | 第24-25页 |
| 第三章 本地化酶序列数据库的构建 | 第25-33页 |
| 3.1 代谢网络酶序列数据库 | 第26-27页 |
| 3.2 数据的获取 | 第27-30页 |
| 3.2.1 静态网页数据的获取 | 第27-29页 |
| 3.2.2 网页中异步数据的获取 | 第29-30页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第30-32页 |
| 3.4 本章小结 | 第32-33页 |
| 第四章 代谢网络比对 | 第33-46页 |
| 4.1 比对模型的构建及算法设计 | 第34-38页 |
| 4.1.1 数学模型的构建 | 第34页 |
| 4.1.2 算法设计 | 第34-35页 |
| 4.1.3 代码实现 | 第35-38页 |
| 4.2 数据的采集 | 第38-39页 |
| 4.3 方法比对 | 第39-44页 |
| 4.3.1 比对结果详细细节的比较 | 第39-43页 |
| 4.3.2.构建系统发育树的比较 | 第43-44页 |
| 4.4 结果分析 | 第44页 |
| 4.5 本章小结 | 第44-46页 |
| 第五章 总结与展望 | 第46-48页 |
| 5.1 本文总结 | 第46页 |
| 5.2 研究展望 | 第46-48页 |
| 参考文献 | 第48-52页 |
| 附录 | 第52-53页 |
| 致谢 | 第53-54页 |
