地黄属植物叶绿体基因组研究
| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 前言 | 第10-22页 |
| 1.1 地黄属植物的研究 | 第10-14页 |
| 1.1.1 地黄属植物的生物学特性及分布 | 第10-12页 |
| 1.1.2 地黄属的植物化学研究 | 第12-13页 |
| 1.1.3 地黄属植物的分类学研究 | 第13-14页 |
| 1.2 植物遗传体系的分子特征 | 第14-15页 |
| 1.3 叶绿体基因组的结构与进化 | 第15-18页 |
| 1.4 叶绿体基因组测序的主要策略 | 第18页 |
| 1.5 叶绿体基因组在系统发育分析中的应用 | 第18-19页 |
| 1.6 本研究的目的与意义 | 第19-22页 |
| 第二章 材料与方法 | 第22-38页 |
| 2.1 地黄属植物叶绿体基因组的构建 | 第22-33页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第22页 |
| 2.1.2 地黄叶绿体DNA的提取 | 第22-24页 |
| 2.1.3 地黄叶绿体基因组测序、组装及注释 | 第24-25页 |
| 2.1.4 地黄属5个种全基因组DNA的提取 | 第25-27页 |
| 2.1.5 地黄属5个种简化基因组的测序 | 第27-29页 |
| 2.1.6 叶绿体基因组的组装及注释 | 第29-33页 |
| 2.2 6个叶绿体基因组的比较分析 | 第33-35页 |
| 2.2.1 地黄属叶绿体基因组的结构与组成比较 | 第33页 |
| 2.2.2 叶绿体基因组的序列变异分析 | 第33页 |
| 2.2.3 重复序列统计 | 第33-34页 |
| 2.2.4 基因组共线性分析 | 第34-35页 |
| 2.2.5 蛋白编码基因的选择压力分析 | 第35页 |
| 2.3 基于叶绿体基因组的系统发育分析 | 第35-38页 |
| 第三章 结果与分析 | 第38-61页 |
| 3.1 地黄属叶绿体基因组的测序及组装结果 | 第38-39页 |
| 3.1.1 DNA的提取结果 | 第38页 |
| 3.1.2 测序及组装结果 | 第38-39页 |
| 3.2 地黄属叶绿体基因组基本特征 | 第39-44页 |
| 3.3 氨基酸与密码子使用情况 | 第44-45页 |
| 3.4 共线性分析 | 第45-46页 |
| 3.5 IR边界分析 | 第46-47页 |
| 3.6 重复序列及SSR分析 | 第47-50页 |
| 3.7 地黄属叶绿体基因组的序列差异和变异热点 | 第50-51页 |
| 3.8 选择压力分析 | 第51-53页 |
| 3.9 系统发育分析 | 第53-61页 |
| 第四章 讨论 | 第61-68页 |
| 4.1 NGS技术在叶绿体基因组测序中的高效性 | 第61页 |
| 4.2 地黄属叶绿体基因组特征及序列差异 | 第61-63页 |
| 4.3 重复序列 | 第63-64页 |
| 4.4 选择压力 | 第64-65页 |
| 4.5 系统发育分析 | 第65-68页 |
| 结论 | 第68-70页 |
| 参考文献 | 第70-80页 |
| 致谢 | 第80-82页 |
| 攻读硕士学位期间取得的科研成果 | 第82页 |
