| 摘要 | 第1-13页 |
| Abstract | 第13-18页 |
| 第一章 引言 | 第18-36页 |
| 1 研究的实用价值与理论意义 | 第18页 |
| 2 文献综述 | 第18-34页 |
| ·筛选和克隆植物功能基因的方法 | 第18-24页 |
| ·定位克隆 | 第18页 |
| ·转座子标签法 | 第18-19页 |
| ·同源克隆、RACE与电子克隆 | 第19-20页 |
| ·酵母杂交系统 | 第20-21页 |
| ·基于mRNA表达差异的筛选方法 | 第21页 |
| ·基因芯片技术 | 第21-22页 |
| ·二代测序 | 第22-24页 |
| ·二代测序技术及测序平台 | 第22-23页 |
| ·RNA-Seq | 第23页 |
| ·数字基因表达谱 | 第23-24页 |
| ·植物抗旱的机理与甘蔗抗旱相关基因的研究进展 | 第24-34页 |
| ·渗透调节与相关甘蔗基因 | 第25-28页 |
| ·脯氨酸 | 第25页 |
| ·甜菜碱 | 第25-26页 |
| ·海藻糖和果聚糖 | 第26-27页 |
| ·糖醇 | 第27页 |
| ·胚胎发育晚期丰富蛋白和水通道蛋白 | 第27-28页 |
| ·活性氧清除系统与相关甘蔗基因 | 第28-29页 |
| ·植物内源激素、蛋白激酶与相关甘蔗基因 | 第29-30页 |
| ·转录因子与相关甘蔗基因 | 第30-34页 |
| ·bZIP类转录因子 | 第30-31页 |
| ·MYB类转录因子 | 第31-33页 |
| ·AP2/EREBP类转录因子 | 第33页 |
| ·WRKY类转录因子 | 第33-34页 |
| ·NAC类转录因子 | 第34页 |
| 3 本研究的目的和所要解决的问题 | 第34-36页 |
| 第二章 甘蔗响应PEG胁迫的RNA-Seq定量分析 | 第36-54页 |
| 1 材料与方法 | 第36-40页 |
| ·实验材料 | 第36页 |
| ·实验方法 | 第36-40页 |
| ·实验材料的处理 | 第36页 |
| ·总RNA的提取 | 第36-37页 |
| ·RNA-Seq | 第37页 |
| ·数据处理与分析 | 第37-40页 |
| ·标准信息分析流程图 | 第37页 |
| ·去除杂质数据 | 第37-38页 |
| ·与参考序列比对 | 第38页 |
| ·测序评估 | 第38页 |
| ·基因表达量统计 | 第38-39页 |
| ·Gene Ontology功能显著性富集分析 | 第39-40页 |
| ·Pathway显著性富集分析 | 第40页 |
| 2 结果与分析 | 第40-52页 |
| ·样品总RNA电泳检测 | 第40-41页 |
| ·RNA-Seq样品RNA的质量评估 | 第41-42页 |
| ·表达谱测序结果与分析 | 第42-52页 |
| ·测序原始数据的质量评估 | 第42-43页 |
| ·数据比对统计 | 第43-45页 |
| ·测序饱和度分析 | 第45页 |
| ·测序随机性的统计分析 | 第45-48页 |
| ·Reads在参考基因上的分布统计 | 第45-48页 |
| ·Reads在参考基因组上的分布 | 第48页 |
| ·基因表达量统计 | 第48-50页 |
| ·基因覆盖度统计 | 第48-49页 |
| ·基因表达量统计 | 第49-50页 |
| ·差异表达基因筛选 | 第50-51页 |
| ·Gene Ontology功能显著性富集分析 | 第51页 |
| ·Pathway显著性富集分析 | 第51-52页 |
| 3 本章小结 | 第52-54页 |
| 第三章 甘蔗细胞壁木质素合成相关Dirigent基因的功能研究 | 第54-68页 |
| 1 引言 | 第54页 |
| 2 材料与方法 | 第54-57页 |
| ·植物材料与处理 | 第54-55页 |
| ·ScDir基因的克隆与序列分析 | 第55页 |
| ·ScDir基因的原核表达载体构建 | 第55-56页 |
| ·ScDir基因在原核系统中的诱导表达 | 第56页 |
| ·ScDir基因的原核胁迫生长实验 | 第56-57页 |
| ·ScDir基因的RT-qPCR检测 | 第57页 |
| 3 结果 | 第57-65页 |
| ·ScDir基因的克隆与序列分析 | 第57-62页 |
| ·ScDir基因的原核表达载体构建与诱导表达 | 第62页 |
| ·ScDir基因的原核胁迫生长实验 | 第62-63页 |
| ·ScDir基因的组织表达特异性分析 | 第63-64页 |
| ·ScDir基因对各种外源胁迫的应答反应 | 第64-65页 |
| 4 讨论 | 第65-68页 |
| 第4章 甘蔗金属硫蛋白基因ScMT2-1-3的克隆与功能分析 | 第68-84页 |
| 1 引言 | 第68-69页 |
| 2 材料与方法 | 第69-72页 |
| ·植物材料与处理 | 第69页 |
| ·ScMT2-1-3基因的克隆与序列分析 | 第69-70页 |
| ·ScMT2-1-3基因的原核表达载体构建 | 第70页 |
| ·ScMT2-1-3基因的原核表达及产物的质谱验证 | 第70-71页 |
| ·ScMT2-1-3基因的原核胁迫生长实验 | 第71页 |
| ·ScMT2-1-3基因的RT-qPCR检测 | 第71-72页 |
| 3 结果 | 第72-80页 |
| ·ScMT2-1-3基因的克隆与序列分析 | 第72-73页 |
| ·ScMT2-1-3基因的原核表达及产物的质谱验证 | 第73-76页 |
| ·ScMT2-1-3基因的原核胁迫生长实验 | 第76-78页 |
| ·ScMT2-1-3基因的组织表达特异性分析 | 第78页 |
| ·ScMT2-1-3基因对各种外源胁迫的应答反应 | 第78-80页 |
| 4 讨论 | 第80-84页 |
| 第五章 甘蔗R2R3-Myb转录因子家族基因的克隆及功能验证 | 第84-104页 |
| 1 引言 | 第84-85页 |
| 2 材料和方法 | 第85-90页 |
| ·材料及处理 | 第85页 |
| ·甘蔗Sc2Rmyb家族基因的获得和序列分析 | 第85-86页 |
| ·Sc2RMyb1转录因子基因的克隆与序列分析 | 第85-86页 |
| ·Sc2RMyb2转录因子基因的克隆与序列分析 | 第86页 |
| ·Sc2RMyb3转录因子基因(亚家族)的克隆与序列分析 | 第86页 |
| ·Sc2RMyb1基因的原核胁迫验证 | 第86-87页 |
| ·Sc2RMyb1基因原核表达载体的构建 | 第86-87页 |
| ·Sc2RMyb1基因的原核诱导表达 | 第87页 |
| ·Sc2RMyb1基因的原核胁迫生长实验 | 第87页 |
| ·Sc2RMyb2S1和Sc2RMyb3亚家族基因的功能验证 | 第87-89页 |
| ·Sc2RMyb2S1和Sc2RMyb3基因双元表达载体的构建 | 第87-89页 |
| ·Sc2RMyb2S1和Sc2RMyb3亚家族基因转烟草的瞬时表达 | 第89页 |
| ·Sc2RMyb1和Sc2RMyb2基因的实时荧光定量PCR检测 | 第89-90页 |
| ·Sc2RMyb1基因的RT-qPCR检测 | 第89页 |
| ·Sc2RMyb2基因的实时定量RT-qPCR检测 | 第89-90页 |
| 3 结果和分析 | 第90-101页 |
| ·甘蔗Sc2Rmyb家族基因的获得和序列分析 | 第90-97页 |
| ·甘蔗Sc2RMyb1转录因子基因的克隆与序列分析 | 第90-92页 |
| ·甘蔗Sc2RMyb2基因的克隆与序列分析 | 第92-94页 |
| ·甘蔗Sc2RMyb3亚家族基因的克隆与序列分析 | 第94-97页 |
| ·Sc2RMyb1基因的原核表达载体构建及诱导表达 | 第97页 |
| ·Sc2RMyb1基因的原核胁迫生长实验 | 第97-98页 |
| ·Sc2RMyb2S1和Sc2RMyb3亚家族基因的真核表达载体构建 | 第98-99页 |
| ·Sc2RMyb2S1和Sc2RMyb3亚家族基因在烟草中的瞬时表达 | 第99页 |
| ·Sc2RMyb1基因对各种外源胁迫的应答反应 | 第99-100页 |
| ·Sc2RMyb2基因对PEG胁迫的应答反应 | 第100-101页 |
| 4. 讨论 | 第101-104页 |
| 参考文献 | 第104-116页 |
| 附录 | 第116-156页 |
| 附录Ⅰ 缩写词(Abbreviation) | 第116-117页 |
| 附录Ⅱ PEG胁迫下甘蔗根中的显著差异表达基因 | 第117-130页 |
| 附录Ⅲ PEG胁迫下甘蔗根中的差异表达基因的Gene Ontology功能显著性富集分析 | 第130-155页 |
| 附录Ⅳ Sc2RMyb3s家族成员推导氨基酸序列的多序列比对分析 | 第155-156页 |
| 致谢 | 第156页 |
