| 附件 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-18页 |
| ·长雄野生稻的相关研究进展 | 第11-12页 |
| ·长雄野生稻的研究背景 | 第11页 |
| ·地下茎遗传和功能基因组学研究进展 | 第11-12页 |
| ·MIRNA 的研究进展 | 第12-17页 |
| ·miRNA 的简介 | 第12-13页 |
| ·miRNA 的生物合成和作用机制 | 第13-14页 |
| ·miRNA 的研究方法 | 第14-15页 |
| ·miRNA 在植物中的调控作用 | 第15-17页 |
| ·本研究的意义 | 第17-18页 |
| 第二章 小分子 RNA 的深度测序及生物信息学分析 | 第18-28页 |
| ·材料和方法 | 第18-20页 |
| ·小分子 RNA 的高通量测序 | 第18-19页 |
| ·候选 miRNAs 的预测 | 第19-20页 |
| ·候选 miRNAs 靶基因的预测 | 第20页 |
| ·结果与分析 | 第20-26页 |
| ·总 RNA 的提取及 Solexa 高通量测序 | 第20页 |
| ·小分子 RNA 深度测序数据的生物信息学分析 | 第20-23页 |
| ·候选 miRNAs 的预测 | 第23-25页 |
| ·生物软件预测候选 miRNAs 的靶基因 | 第25-26页 |
| ·讨论 | 第26-28页 |
| 第三章 MIRNA 及其靶基因的表达差异分析 | 第28-40页 |
| ·材料与方法 | 第28-33页 |
| ·候选 miRNAs 的验证 | 第28-29页 |
| ·miRNA 靶基因的验证 | 第29-33页 |
| ·结果与分析 | 第33-37页 |
| ·候选 miRNAs 的验证 | 第33-35页 |
| ·对相应的靶基因进行 RLM-RACE 验证 | 第35-36页 |
| ·对已经验证的 miRNA 靶基因的表达差异分析 | 第36-37页 |
| ·讨论 | 第37-40页 |
| ·候选 miRNAs 的鉴定和表达分析 | 第37-38页 |
| ·miRNA 介导的靶基因裂解位点的多态性探讨 | 第38-39页 |
| ·靶基因的表达差异分析 | 第39-40页 |
| 第四章 全文结论 | 第40-41页 |
| 参考文献 | 第41-48页 |
| 附录 | 第48-54页 |
| 致谢 | 第54-55页 |
| 作者简历 | 第55页 |