| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-6页 |
| 目录 | 第6-9页 |
| 缩略词索引表 | 第9-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-33页 |
| ·蛋白质结构预测 | 第10-13页 |
| ·蛋白质的结构层次 | 第10-11页 |
| ·蛋白质结构数据库PDB | 第11-12页 |
| ·蛋白质二级结构检测 | 第12页 |
| ·蛋白质二级结构预测 | 第12页 |
| ·蛋白质三级结构预测 | 第12-13页 |
| ·膜蛋白及其生物信息学研究 | 第13-20页 |
| ·膜蛋白的结构 | 第13-15页 |
| ·膜蛋白数据库 | 第15-16页 |
| ·膜蛋白拓扑结构预测 | 第16-18页 |
| ·膜蛋白残基的磷脂可及性预测 | 第18-19页 |
| ·跨膜螺旋接触预测 | 第19页 |
| ·膜蛋白结构预测 | 第19-20页 |
| ·卷曲螺旋及其生物信息学研究 | 第20-24页 |
| ·卷曲螺旋的序列、结构与功能 | 第20-22页 |
| ·卷曲螺旋标准模型 | 第22页 |
| ·卷曲螺旋结构设计及其应用 | 第22-23页 |
| ·卷曲螺旋的生物信息学分析 | 第23-24页 |
| ·机器学习方法随机森林 | 第24-29页 |
| ·机器学习方法 | 第24-25页 |
| ·决策树 | 第25-27页 |
| ·随机森林 | 第27-29页 |
| ·特征选择 | 第29-30页 |
| ·分类方法的评估与比较 | 第30-32页 |
| ·分类器性能的评价指标 | 第30-31页 |
| ·评估分类器性能的方法 | 第31页 |
| ·使用ROC曲线比较分类器 | 第31-32页 |
| ·本文章节安排 | 第32-33页 |
| 第二章 基于随机森林的跨膜螺旋接触预测 | 第33-59页 |
| ·引言 | 第33-34页 |
| ·球蛋白中的残基对接触预测研究 | 第33页 |
| ·跨膜螺旋接触预测 | 第33-34页 |
| ·材料与方法 | 第34-43页 |
| ·数据集 | 第35页 |
| ·跨膜螺旋接触的定义与计算 | 第35-36页 |
| ·使用共进化方法预测跨膜螺旋接触 | 第36-39页 |
| ·建立随机森林预测模型 | 第39-42页 |
| ·评价准则 | 第42-43页 |
| ·结果与讨论 | 第43-56页 |
| ·共进化方法的预测结果 | 第43页 |
| ·留一法交叉验证分析结果 | 第43-47页 |
| ·预测方法在测试集上的表现 | 第47-49页 |
| ·基于CFS特征选择方法的特征分析 | 第49-51页 |
| ·基于随机森林的特征分析 | 第51-52页 |
| ·跨膜螺旋互作的预测 | 第52页 |
| ·不同方法的互补性 | 第52-56页 |
| ·实例研究 | 第56页 |
| ·TMhhcp Web server | 第56-57页 |
| ·本章小结 | 第57-59页 |
| 第三章 基于随机森林的卷曲螺旋寡聚体状态预测 | 第59-76页 |
| ·引言 | 第59-60页 |
| ·SCORER与SCORER2.0 | 第59页 |
| ·PrOCoil | 第59-60页 |
| ·MultiCoil与MultiCoil2 | 第60页 |
| ·RFCoil | 第60页 |
| ·材料与方法 | 第60-67页 |
| ·数据集 | 第60-61页 |
| ·RFCoil | 第61-67页 |
| ·结果与讨论 | 第67-75页 |
| ·基于PrOCoil数据集的10折交叉验证 | 第67-68页 |
| ·基于独立测试集的预测表现 | 第68-69页 |
| ·SCORER2.0、PrOCoil、RFCoil与MultiCoil2的比较 | 第69-70页 |
| ·基于PrOCoil数据集所挑选出来的特征 | 第70-71页 |
| ·提取到的规则 | 第71-73页 |
| ·实例研究 | 第73-74页 |
| ·RFCoil web server | 第74-75页 |
| ·本章小结 | 第75-76页 |
| 第四章 结论与展望 | 第76-79页 |
| ·结论 | 第76-77页 |
| ·展望 | 第77-79页 |
| 参考文献 | 第79-85页 |
| 致谢 | 第85-86页 |
| 附录 | 第86-88页 |
| 作者简介 | 第88页 |