| 目录 | 第1-7页 |
| 图表索引 | 第7-10页 |
| 中英语缩略词 | 第10-12页 |
| 摘要 | 第12-14页 |
| ABSTRACT | 第14-17页 |
| 第一章 导论(含文献综述) | 第17-26页 |
| 一、结直肠癌的概述 | 第18-20页 |
| 二、胚胎发育与肿瘤发生的相关性研究 | 第20-21页 |
| 三、结直肠癌相关分子网络的系统生物学研究 | 第21-22页 |
| 四、肿瘤发生发展的早期决定假说 | 第22-23页 |
| 五、肠道的免疫调节及稳态维持 | 第23-25页 |
| 六、本课题的研究目的和研究策略 | 第25-26页 |
| 第二章 人肠发育与结直肠癌变相关基因表达谱的整合研究 | 第26-50页 |
| 一、结果 | 第26-45页 |
| 1、人肠发育过程中mRNA表达模式 | 第26-31页 |
| ·人肠发育过程中3个不同时间点组织mRNA表达谱 | 第26页 |
| ·人肠发育过程中不同时间点组织mRNA表达特征 | 第26-31页 |
| 2、结直肠癌变过程中mRNA表达模式 | 第31-37页 |
| ·结直肠癌变过程中4个不同时间点组织mRNA表达谱 | 第31页 |
| ·结直肠癌变过程中4个不同时间点组织mRNA表达的动态特征. | 第31-37页 |
| 3、肠发育与结直肠癌变相关mRNA表达谱的整合分析 | 第37-45页 |
| ·肠发育过程与结直肠癌变过程相关mRNA表达谱的整体分布概况 | 第37-38页 |
| ·不同肠发育时间点组织间差异表达基因在结直肠腺瘤、腺癌中的表达情况 | 第38-40页 |
| ·肠发育过程中差异表达基因在结直肠腺瘤、腺癌中的表达趋势 | 第40-41页 |
| ·筛选在肠发育过程与结直肠癌变过程中表达趋势相反的基因群 | 第41-45页 |
| 二、讨论 | 第45-49页 |
| 1、人肠发育过程相关基因在结直肠癌变过程中的表达情况 | 第45页 |
| 2、肠发育和结直肠癌变过程相关基因的生物学意义 | 第45-46页 |
| 3、肠发育与结直肠癌变的关系 | 第46页 |
| 4、肠道免疫系统的发育及其在癌变中的作用 | 第46-49页 |
| 三、本章小结 | 第49-50页 |
| 第三章 结直肠上皮内瘤变相关基因与结直肠癌患者预后的关系 | 第50-72页 |
| 一、结果 | 第50-68页 |
| 1、结直肠癌变相关mRNA表达谱分析 | 第50-55页 |
| ·结直肠癌变过程中差异表达的mRNA及其表达模式 | 第50-51页 |
| ·结直肠癌变过程中差异表达mRNA的功能富集 | 第51页 |
| ·结直肠癌发生发展过程的mRNA表达谱分布 | 第51-55页 |
| 2、结直肠癌变相关miRNA表达谱分析 | 第55页 |
| 3、miRNA-mRNA表达谱整合分析 | 第55-63页 |
| 4、miRNA-mRNA调控网络中靶基因与结直肠癌患者预后的关系 | 第63-67页 |
| 5、hsa-miR-135b靶基因的初步鉴定 | 第67-68页 |
| 二、讨论 | 第68-71页 |
| 1、结直肠癌变过程中mRNA表达谱变化特征 | 第68页 |
| 2、结直肠癌相关miRNA-mRNA调控网络 | 第68-70页 |
| 3、结直肠癌变早期相关分子事件与结直肠癌患者预后的关系 | 第70-71页 |
| 三、本章小结 | 第71-72页 |
| 第四章 结直肠正常黏膜和结直肠癌相关保守基因簇的初步研究 | 第72-90页 |
| 一、结果 | 第72-86页 |
| 1、结直肠癌变过程的时间序列 | 第72-73页 |
| 2、结直肠癌变六个不同阶段的基因共表达相关性整体展示 | 第73-74页 |
| 3、正常肠黏膜与结直肠腺癌保守基因簇的构建 | 第74-75页 |
| 4、正常肠黏膜和结直肠癌特异保守基因簇的功能分析 | 第75-76页 |
| 5、结直肠癌相关保守基因簇的调控基因预测 | 第76-77页 |
| 6、初步验证保守基因簇中的基因及其调控基因 | 第77-86页 |
| ·挑选基因进行Real time PCR验证 | 第77页 |
| ·针对用于mRNA表达谱分析结直肠样本的Real time PCR验证 | 第77页 |
| ·针对结直肠正常黏膜和腺癌独立样本的Real time PCR验证 | 第77-79页 |
| ·保守基因簇基因及预测调控基因在起始样本和独立样本中表达的相关性分析 | 第79-85页 |
| ·MAFB对Cluster 16中基因调控的细胞水平验证 | 第85-86页 |
| 二、讨论 | 第86-89页 |
| 1、结直肠癌变的时间序列 | 第86页 |
| 2、基因共表达网络在肿瘤研究中的价值 | 第86-87页 |
| 3、结直肠正常黏膜和结直肠癌特异保守基因簇的构建与验证 | 第87-89页 |
| 三、本章小结 | 第89-90页 |
| 第五章 材料与方法 | 第90-122页 |
| 一、实验材料 | 第90-100页 |
| 1、结直肠腺瘤、腺癌组织标本 | 第90页 |
| 2、结直肠正常黏膜组织标本 | 第90页 |
| 3、人胚胎结肠组织标本 | 第90-91页 |
| 4、实时定量PCR引物序列 | 第91-93页 |
| 5、细胞系 | 第93页 |
| 6、菌株及质粒载体 | 第93页 |
| 7、克隆引物序列 | 第93-94页 |
| 8、抗体 | 第94页 |
| ·第一抗体 | 第94页 |
| ·第二抗体 | 第94页 |
| 9、主要试剂或试剂盒 | 第94-98页 |
| ·生物样品收集、制备和鉴定 | 第94页 |
| ·mRNA表达谱分析 | 第94-95页 |
| ·miRNA表达谱分析 | 第95页 |
| ·实时定量PCR分析 | 第95页 |
| ·其他主要试剂 | 第95-98页 |
| 10、主要仪器 | 第98-99页 |
| 11、RNA质量控制、生物信息学分析及绘图软件 | 第99-100页 |
| 二、实验方法 | 第100-122页 |
| 1、新鲜组织标本的收集 | 第100页 |
| 2、总RNA样品的制备与鉴定 | 第100-101页 |
| ·提取新鲜冻存结直肠组织标本总RNA | 第100-101页 |
| ·RNA样品的质量鉴定 | 第101页 |
| ·总RNA样品的纯化 | 第101页 |
| 3、基因芯片检测mRNA表达谱 | 第101-106页 |
| ·配制单色Spike-in溶液 | 第101-102页 |
| ·荧光标记样品mRNA | 第102-103页 |
| ·纯化标记后的产物cRNA | 第103-104页 |
| ·纯化后cRNA的定量和质控 | 第104页 |
| ·mRNA表达谱芯片杂交 | 第104-105页 |
| ·清洗芯片 | 第105页 |
| ·芯片扫描和图像数据提取 | 第105-106页 |
| 4、基因芯片检测microRNA表达谱 | 第106-108页 |
| ·荧光标记总RNA | 第106-107页 |
| ·干燥标记后的样品 | 第107页 |
| ·miRNA表达谱芯片杂交 | 第107页 |
| ·杂交后的芯片清洗 | 第107-108页 |
| ·芯片扫描和图像数据提取 | 第108页 |
| 5、芯片数据分析 | 第108-110页 |
| ·人肠发育与结直肠癌变基因表达谱分析 | 第108页 |
| ·结直肠样本mRNA表达谱数据和miRNA表达谱数据联合分析 | 第108-110页 |
| ·利用结直肠样本mRNA表达谱构建保守基因簇的数据分析 | 第110页 |
| 6、实时荧光定量PCR分析 | 第110-114页 |
| ·RNA逆转录为cDNA | 第110-111页 |
| ·实时荧光定量PCR的反应体系和反应条件 | 第111-112页 |
| ·绘制标准曲线 | 第112页 |
| ·样本检测 | 第112页 |
| ·统计学分析 | 第112页 |
| ·miRNA的实时定量PCR | 第112-114页 |
| 7、分子生物学实验方法 | 第114-119页 |
| ·构建MafB真核表达质粒 | 第114-117页 |
| ·提取细胞总RNA和总蛋白 | 第117-118页 |
| ·蛋白定量 | 第118-119页 |
| ·Western blot | 第119页 |
| 8、细胞生物学实验方法 | 第119-122页 |
| ·细胞复苏 | 第119-120页 |
| ·细胞冻存 | 第120页 |
| ·细胞传代 | 第120页 |
| ·脂质体介导的细胞转染 | 第120-122页 |
| 参考文献 | 第122-129页 |
| 课题基金资助 | 第129-130页 |
| 致谢 | 第130-131页 |
