| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-11页 |
| 第一章 前言 | 第11-24页 |
| ·生物柴油发展现状 | 第11-12页 |
| ·生物柴油 | 第11页 |
| ·微生物油脂 | 第11-12页 |
| ·产油脂微生物简介 | 第12-13页 |
| ·产油脂酵母 | 第12-13页 |
| ·解脂耶氏酵母 | 第13页 |
| ·生物信息学与系统生物学 | 第13-16页 |
| ·生物信息学 | 第13-15页 |
| ·系统生物学 | 第15-16页 |
| ·代谢网络模型及其研究现状 | 第16-18页 |
| ·基因组规模代谢网络模型的构建过程 | 第18-19页 |
| ·构建代谢网络草图 | 第18-19页 |
| ·精炼代谢网络草图 | 第19页 |
| ·网络模型转化成数学模型 | 第19页 |
| ·模型的评估 | 第19页 |
| ·代谢网络模型的应用 | 第19-21页 |
| ·代谢工程 | 第20页 |
| ·生物学发现 | 第20页 |
| ·表型评估 | 第20-21页 |
| ·生物网络分析 | 第21页 |
| ·课题的立题依据及主要研究内容 | 第21-24页 |
| ·课题立题依据 | 第21-22页 |
| ·课题主要研究内容 | 第22-24页 |
| 第二章 解脂耶氏酵母基因组规模代谢网络模型的构建 | 第24-40页 |
| ·信息数据库的选择 | 第24-25页 |
| ·数据库信息的提取 | 第25-27页 |
| ·KEGG数据获得与整理 | 第25-26页 |
| ·IMG数据获得与整理 | 第26页 |
| ·UniprotKB信息获得 | 第26页 |
| ·Expasy-ENZYM信息提取 | 第26-27页 |
| ·代谢网络草图的构建 | 第27-30页 |
| ·不同数据库信息自动对比 | 第27-30页 |
| ·对比结果信息筛选及合并 | 第30页 |
| ·代谢网络草图的精炼 | 第30-35页 |
| ·反应方向的确定 | 第30-31页 |
| ·总反应与分步反应的选择 | 第31页 |
| ·辅因子的确定 | 第31页 |
| ·代谢物归一 | 第31-32页 |
| ·分室信息的加入 | 第32页 |
| ·冗余反应的删除 | 第32页 |
| ·自发反应的加入 | 第32页 |
| ·大分子反应的处理 | 第32-33页 |
| ·运输反应(Transport Reactions)的加入 | 第33页 |
| ·交换反应(Exchange Reactions)的加入 | 第33-35页 |
| ·平衡代谢网络反应 | 第35页 |
| ·代谢网络转化成数学模型 | 第35-36页 |
| ·模型的校正 | 第36-39页 |
| ·计算模拟流程 | 第36-37页 |
| ·最小培养基确定 | 第37页 |
| ·最小培养基实验验证及比生长速率测定 | 第37-38页 |
| ·模型计算与修正 | 第38-39页 |
| ·本章小结 | 第39-40页 |
| 第三章 解脂耶氏酵母代谢网络模型生物量反应及维持能确定 | 第40-49页 |
| ·生物量反应构建原理 | 第40-41页 |
| ·解脂耶氏酵母生物量组成及维持能计算 | 第41-48页 |
| ·解脂耶氏酵母大分子组成 | 第41-42页 |
| ·解脂耶氏酵母氨基酸组成 | 第42-43页 |
| ·解脂耶氏酵母RNA组成 | 第43页 |
| ·解脂耶氏酵母DNA组成 | 第43页 |
| ·解脂耶氏酵母碳水化合物组成 | 第43-44页 |
| ·解脂耶氏酵母油脂组成 | 第44-47页 |
| ·维持能计算与生物量反应式的确定 | 第47-48页 |
| ·本章小结 | 第48-49页 |
| 第四章 解脂耶氏酵母代谢网络模型特征及应用分析 | 第49-63页 |
| ·模型分析方法 | 第49-51页 |
| ·基于约束条件的改造和分析(COBRA) | 第49页 |
| ·流平衡分析 | 第49页 |
| ·底物利用能力预测 | 第49页 |
| ·流扰动分析 | 第49-51页 |
| ·解脂耶氏酵母基因组规模代谢网络模型特征 | 第51-52页 |
| ·模型iYL619_PCP的底物利用验证 | 第52-54页 |
| ·模型鲁棒性分析 | 第54-57页 |
| ·控制溶氧葡萄糖鲁棒性分析 | 第54-55页 |
| ·控制葡萄糖溶氧鲁棒性分析 | 第55页 |
| ·相平面分析 | 第55-57页 |
| ·基因敲除分析 | 第57-59页 |
| ·单基因敲除 | 第57-58页 |
| ·双基因敲除 | 第58-59页 |
| ·解脂耶氏酵母分批培养模拟 | 第59-60页 |
| ·利用流扰动分析设计菌种 | 第60-61页 |
| ·本章小结 | 第61-63页 |
| 第五章 结论与展望 | 第63-66页 |
| ·结论 | 第63-64页 |
| ·展望 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-72页 |
| 致谢 | 第72-73页 |
| 附录 | 第73-84页 |
| 研究生阶段发表论文 | 第84页 |
| 研究生阶段获奖情况 | 第84页 |
