| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-12页 |
| 第1章 绪论 | 第12-31页 |
| ·分子动力学模拟 | 第13-18页 |
| ·分子动力学模拟简介 | 第13-14页 |
| ·常用分子动力学软件 | 第14-15页 |
| ·分子动力学模拟面对的挑战 | 第15-17页 |
| ·副本交换分子动力学模拟 | 第17-18页 |
| ·高性能计算与超级计算机 | 第18-23页 |
| ·高性能计算 | 第18页 |
| ·集群与MOSIX2 | 第18-21页 |
| ·超级计算机 | 第21-23页 |
| ·分子可视化三维显示 | 第23-26页 |
| ·分子可视化 | 第23-24页 |
| ·3D显示 | 第24-26页 |
| ·肿瘤坏死因子与颗粒蛋白前体概述 | 第26-29页 |
| ·肿瘤坏死因子 | 第26-28页 |
| ·颗粒蛋白前体概述 | 第28-29页 |
| ·立题依据 | 第29-31页 |
| 第2章 基于MOSIX2 PC集群生物计算平台的构建 | 第31-40页 |
| ·PC集群设计与构建 | 第31-35页 |
| ·生物计算平台PC集群架构分析 | 第31-33页 |
| ·MOSIX PC集群的安装 | 第33-35页 |
| ·分子动力学模拟测试及结果分析 | 第35-38页 |
| ·单任务并行计算分析 | 第35-36页 |
| ·并行加速比与效率分析 | 第36-37页 |
| ·集群计算性能的比较分析 | 第37-38页 |
| ·小结与讨论 | 第38-40页 |
| 第3章 十万亿次到百万亿次集群分子动力学模拟部署测试 | 第40-50页 |
| ·十万亿次集群环境 | 第40-41页 |
| ·集群硬件架构 | 第40-41页 |
| ·软件环境 | 第41页 |
| ·测试体系 | 第41页 |
| ·十万亿次集群动力学模拟部署及结果分析 | 第41-44页 |
| ·Ethernet与Infiniband网络性能对比结果分析 | 第41-43页 |
| ·NAMD运行模拟体系大小与计算效率初步测试结果分析 | 第43-44页 |
| ·百万亿次集群环境 | 第44-46页 |
| ·百万亿次集群硬件架构 | 第44页 |
| ·百万亿次集群软件环境 | 第44页 |
| ·测试体系 | 第44-46页 |
| ·百万亿次集群动力学模拟部署及结果分析 | 第46-49页 |
| ·模拟体系大小对计算效率影响 | 第46-47页 |
| ·外切纤维素酶催化结构域温度副本交换分子动力学模拟的部署优化 | 第47-49页 |
| ·小结 | 第49-50页 |
| 第4章 “神威蓝光”千万亿次超级计算机动力学模拟部署测试 | 第50-56页 |
| ·“神威蓝光”软硬件环境与使用方式 | 第50-52页 |
| ·“神威蓝光”硬件构成 | 第50页 |
| ·“神威蓝光”软件构成 | 第50页 |
| ·“神威蓝光”作业管理系统使用方式 | 第50-51页 |
| ·应用软件的安装 | 第51-52页 |
| ·分子动力学模拟任务部署测试 | 第52-55页 |
| ·测试体系 | 第52-53页 |
| ·DHFR通用基准测试体系计算结果及分析 | 第53页 |
| ·NAMD软件并行计算性能测试结果及分析 | 第53-54页 |
| ·CBHI-CD体系GROMACS温度副本交换模拟结果及分析 | 第54-55页 |
| ·小结 | 第55-56页 |
| 第5章 分子可视化3D显示系统的搭建 | 第56-67页 |
| ·硬件与系统需求 | 第56-57页 |
| ·硬件与驱动的安装 | 第57-62页 |
| ·应用软件的安装和测试 | 第62-65页 |
| ·PyMOL软件 | 第62-63页 |
| ·VMD软件 | 第63-64页 |
| ·Discovery Studio软件 | 第64页 |
| ·Chimera软件 | 第64-65页 |
| ·小结 | 第65-67页 |
| 第6章 PGRN与TNFR分子识别过程的动态模拟与机理分析 | 第67-77页 |
| ·材料与方法 | 第67-69页 |
| ·Atsttrin P5-C三维结构的同源模建及优化 | 第67-68页 |
| ·模建Atsttrin P5-C/TNFR2结合复合物结构与分子动力学模拟 | 第68页 |
| ·Atsttrin P5-C丙氨酸虚拟突变及结构优化 | 第68页 |
| ·模建Atsttrin P5-Cm/TNFR2结合复合物结构与分子动力学模拟 | 第68-69页 |
| ·结果分析 | 第69-75页 |
| ·Atsttrin P5-C结构模建结果分析 | 第69-71页 |
| ·Atsttrin P5-C丙氨酸虚拟突变的结果分析 | 第71-72页 |
| ·Atsttrin P5-C/TNFR2结合复合物与Atsttrin P5-Cm/TNFR2结合复合物的分子动力学模拟结果分析 | 第72-75页 |
| ·小结 | 第75-77页 |
| 全文总结与展望 | 第77-79页 |
| 全文总结 | 第77-78页 |
| 展望 | 第78-79页 |
| 参考文献 | 第79-86页 |
| 致谢 | 第86-87页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文 | 第87-88页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第88页 |
