基于框架库的蛋白质局部结构预测
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第1章 绪论 | 第9-16页 |
| ·课题背景 | 第9-13页 |
| ·计算生物学的产生及发展 | 第9-10页 |
| ·蛋白质结构预测 | 第10-13页 |
| ·国内外研究现状 | 第13-15页 |
| ·主要研究内容 | 第15-16页 |
| 第2章 蛋白质结构预测理论 | 第16-31页 |
| ·蛋白质结构预测方法比较 | 第16-22页 |
| ·同源模型化方法 | 第16-18页 |
| ·线索化方法（反向折叠方法） | 第18-20页 |
| ·从头预测方法 | 第20-22页 |
| ·常用聚类算法分析 | 第22-25页 |
| ·层次聚类算法 | 第23页 |
| ·分割聚类算法 | 第23-24页 |
| ·基于密度的聚类算法 | 第24页 |
| ·基于网格的聚类算法 | 第24-25页 |
| ·其他聚类算法 | 第25页 |
| ·序列比对 | 第25-30页 |
| ·序列比对问题 | 第25-26页 |
| ·双序列比对算法 | 第26-29页 |
| ·多序列比对算法 | 第29-30页 |
| ·本章小结 | 第30-31页 |
| 第3章 基于框架库的蛋白质结构预测方法设计 | 第31-42页 |
| ·算法框架 | 第31-32页 |
| ·蛋白质的切分 | 第32-36页 |
| ·算法简介 | 第33-34页 |
| ·联系概率矩阵的确定 | 第34页 |
| ·根据切分索引将蛋白质单元切分成子单元 | 第34-35页 |
| ·评估全局切分质量的标准 | 第35-36页 |
| ·衡量蛋白质单元紧密度的熵驱动的标准 | 第36页 |
| ·框架库的生成 | 第36-38页 |
| ·框架的聚类 | 第36-37页 |
| ·代表结构的选择 | 第37-38页 |
| ·确定全局最优结构序列的改进算法 | 第38-41页 |
| ·局部结构的选取 | 第39页 |
| ·寻找最优框架序列 | 第39-41页 |
| ·复杂度分析 | 第41页 |
| ·本章小结 | 第41-42页 |
| 第4章 基于框架库的蛋白质结构预测方法实现 | 第42-50页 |
| ·PDB 数据库及实验数据的来源 | 第42-43页 |
| ·已知蛋白质结构的切分 | 第43-45页 |
| ·一个切分的实例 | 第43-44页 |
| ·与其他切分方法的比较 | 第44-45页 |
| ·对训练集进行切分的结果 | 第45页 |
| ·聚类结果 | 第45页 |
| ·全局最优序列的获取 | 第45-48页 |
| ·其他预测方法的尝试及展望 | 第48-49页 |
| ·本章小结 | 第49-50页 |
| 结论 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-54页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第54-56页 |
| 致谢 | 第56页 |
