| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 縮略词表 | 第6-9页 |
| 1 引言 | 第9-21页 |
| ·梅花研究基础 | 第9-10页 |
| ·转录组测序技术 | 第10-18页 |
| ·转录组定义 | 第11-12页 |
| ·高通量测序 | 第12-14页 |
| ·三种常见的测序平台 | 第14-16页 |
| ·测序技术的比较 | 第16-18页 |
| ·转录组测序研究前沿 | 第18-21页 |
| ·单细胞转录组分析 | 第18-19页 |
| ·转录组测序确定RNA结构 | 第19页 |
| ·转录组测序在疾病中的应用 | 第19页 |
| ·植物转录组测序平台 | 第19-21页 |
| 2 试验样品选择与文库制备 | 第21-27页 |
| ·试验样品选择 | 第21-24页 |
| ·样品准备 | 第21页 |
| ·RNA提取 | 第21-22页 |
| ·总RNA琼脂糖凝胶电泳 | 第22页 |
| ·RNA样品检测 | 第22-24页 |
| ·cDNA文库的构建和Illumina HiSeq~(TM)2000测序 | 第24-27页 |
| ·cDNA文库制备流程 | 第24-26页 |
| ·Illumina HiSeq~(TM) 2000上机测序 | 第26-27页 |
| 3 测序数据处理与质量控制 | 第27-37页 |
| ·测序数据处理 | 第27-28页 |
| ·数据分析流程 | 第27页 |
| ·原始fastq序列处理 | 第27-28页 |
| ·与参考基因组和参考基因进行比对分析 | 第28-32页 |
| ·样品根与参考基因组和参考基因的对比分析 | 第28-29页 |
| ·样品茎与参考基因组和参考基因的对比分析 | 第29-30页 |
| ·样品叶片与参考基因组和参考基因的对比分析 | 第30-31页 |
| ·样品花器官与参考基因组和参考基因的对比分析 | 第31页 |
| ·样品果实与参考基因组和参考基因的对比分析 | 第31-32页 |
| ·测序随机性评价 | 第32-33页 |
| ·Reads在基因组上的分布 | 第33-34页 |
| ·本章小结 | 第34-37页 |
| 4 基因表达注释与差异分析 | 第37-69页 |
| ·基因表达注释 | 第37-48页 |
| ·基因覆盖度(Coverage)统计 | 第37-40页 |
| ·基因表达量注释 | 第40页 |
| ·基因蛋白功能注释 | 第40-48页 |
| ·基因差异表达分析 | 第48-61页 |
| ·差异表达基因的筛选 | 第48-61页 |
| ·花与其他四个组织间的差异表达基因筛选 | 第61-64页 |
| ·差异表达基因列表 | 第61-62页 |
| ·差异表达基因富集分析 | 第62-63页 |
| ·花发育基因功能注释 | 第63-64页 |
| ·各组织优先表达基因分析 | 第64-67页 |
| ·各组织优先表达基因列表 | 第64-66页 |
| ·各组织优先表达基因富集分析 | 第66-67页 |
| ·本章小结 | 第67-69页 |
| 5 基因结构优化与新转录本分析 | 第69-71页 |
| ·基因结构优化 | 第69页 |
| ·预测新的转录本(Novlel Transcripts) | 第69-71页 |
| 6 可变剪接(Alternative splicing) | 第71-73页 |
| ·可变剪接的类型 | 第71-72页 |
| ·本章小结 | 第72-73页 |
| 7 SNP分析与插入或缺失(InDel)分析 | 第73-75页 |
| ·SNP分析 | 第73-74页 |
| ·SNP分析方法 | 第73-74页 |
| ·插入或缺失(InDel)分析 | 第74页 |
| ·本章小结 | 第74-75页 |
| 8 结论与讨论 | 第75-77页 |
| 参考文献 | 第77-83页 |
| 个人简介 | 第83-85页 |
| 导师简介 | 第85-87页 |
| 获得成果目录 | 第87-89页 |
| 致谢 | 第89页 |
