一种有效的SDA模体发现算法
| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-11页 |
| ·研究背景 | 第7-8页 |
| ·DNA序列模体发现的研究历史与现状 | 第8-10页 |
| ·本文的研究内容和组织结构 | 第10-11页 |
| 第二章 DNA序列模体发现问题 | 第11-19页 |
| ·模体发现问题的定义 | 第11-12页 |
| ·模体发现问题的分类 | 第12-14页 |
| ·PMP问题 | 第12-13页 |
| ·EMP问题 | 第13页 |
| ·TCM问题 | 第13-14页 |
| ·DNA序列模体的表示 | 第14-17页 |
| ·矩阵表示 | 第14-15页 |
| ·串的表示 | 第15-16页 |
| ·规则语法表示 | 第16-17页 |
| ·不同模体的比较 | 第17-19页 |
| 第三章 DNA序列模体发现算法 | 第19-27页 |
| ·DNA序列模体发现算法的分类 | 第19页 |
| ·基于PDA的搜索算法 | 第19-21页 |
| ·Voting算法 | 第20-21页 |
| ·ExVote算法 | 第21页 |
| ·基于PDA的搜索算法的性能评价 | 第21页 |
| ·基于SDA的搜索算法 | 第21-27页 |
| ·Gibbs Sampling算法 | 第22-23页 |
| ·MEME-EM算法 | 第23-24页 |
| ·WINNOWER算法 | 第24-25页 |
| ·MITRA算法 | 第25页 |
| ·基于SDA的搜索算法的性能评价 | 第25-27页 |
| 第四章 一种有效的SDA模体发现算法 | 第27-43页 |
| ·问题描述 | 第27-28页 |
| ·算法的基本思想 | 第28-30页 |
| ·基本概念 | 第29页 |
| ·基本思想 | 第29-30页 |
| ·算法设计 | 第30-35页 |
| ·转化序列为图 | 第30-32页 |
| ·模体实例的发现 | 第32-34页 |
| ·模体的表达 | 第34-35页 |
| ·算法的复杂度分析 | 第35-36页 |
| ·时间复杂度分析 | 第35-36页 |
| ·空间复杂度分析 | 第36页 |
| ·实验结果及分析 | 第36-43页 |
| ·合成数据 | 第36-38页 |
| ·真实数据 | 第38-39页 |
| ·与其它算法的比较与分析 | 第39-43页 |
| 第五章 总结与展望 | 第43-45页 |
| 致谢 | 第45-47页 |
| 参考文献 | 第47-51页 |
| 研究成果 | 第51页 |