| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-9页 |
| 第1章 绪论 | 第9-14页 |
| ·本课题的研究目的和意义 | 第9-10页 |
| ·国内外研究发展现状 | 第10-12页 |
| ·本论文的主要工作 | 第12-13页 |
| ·本论文的组织结构 | 第13-14页 |
| 第2章 背景知识介绍 | 第14-25页 |
| ·FPGA 简介 | 第14-17页 |
| ·FPGA 与高性能计算 | 第17-22页 |
| ·FPGA 的计算性能 | 第17-20页 |
| ·FPGA 应用于高性能计算的挑战 | 第20-22页 |
| ·加速系统的耦合方式 | 第22-24页 |
| ·本章小结 | 第24-25页 |
| 第3章 HMMer 算法的基本原理 | 第25-33页 |
| ·Motifs 和Profile 分析 | 第25-27页 |
| ·Hidden Markov Model | 第27-29页 |
| ·Profile Hidden Markov Model | 第29-31页 |
| ·Plan7 HMM | 第31-32页 |
| ·本章小结 | 第32-33页 |
| 第4章 系统的设计与实现 | 第33-57页 |
| ·算法分析 | 第33-40页 |
| ·程序性能分析 | 第33-35页 |
| ·P7Viterbi 函数 | 第35-39页 |
| ·节点数据相关分析 | 第39-40页 |
| ·系统结构与设计 | 第40-49页 |
| ·脉动结构设计 | 第40-42页 |
| ·并行数据提供单元设计 | 第42-44页 |
| ·计算的拆分 | 第44-45页 |
| ·自动重算 | 第45-48页 |
| ·系统整体结构 | 第48-49页 |
| ·FPGA 实现 | 第49-56页 |
| ·运算的并行化 | 第49-51页 |
| ·运算的流水化 | 第51-53页 |
| ·参数化 | 第53-56页 |
| ·本章小结 | 第56-57页 |
| 第5章 系统的仿真与测试 | 第57-67页 |
| ·性能分析 | 第57-65页 |
| ·资源占用情况 | 第57-59页 |
| ·软硬件运行时间 | 第59-61页 |
| ·核心加速效果 | 第61-65页 |
| ·整体加速效果 | 第65页 |
| ·存在的不足与改进 | 第65-66页 |
| ·本章小结 | 第66-67页 |
| 结论 | 第67-68页 |
| 参考文献 | 第68-71页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文及取得的科研成果 | 第71-72页 |
| 致谢 | 第72页 |