| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-17页 |
| 1.1 小反刍兽疫流行病学概况 | 第9-11页 |
| 1.1.1 小反刍兽疫临床症状 | 第9-10页 |
| 1.1.2 小反刍兽疫病毒宿主分布特征 | 第10页 |
| 1.1.3 小反刍兽疫流行范围 | 第10-11页 |
| 1.1.4 PPRV基因型分布 | 第11页 |
| 1.2 PPRV基因组特征 | 第11-12页 |
| 1.2.1 PPRV基因组结构 | 第11页 |
| 1.2.2 编码的蛋白及其功能结构域 | 第11-12页 |
| 1.3 我国小反刍兽疫概况 | 第12-13页 |
| 1.4 小反刍兽疫病毒分子进化研究 | 第13-14页 |
| 1.4.1 PPRV进化速率与共同祖先年代的研究 | 第13-14页 |
| 1.4.2 PPRV基因组遗传进化树 | 第14页 |
| 1.4.3 PPRV选择压分析 | 第14页 |
| 1.5 PPRV遗传进化分析的目的和意义 | 第14-15页 |
| 1.6 最近共同祖先(TMRCA)与贝叶斯分析概述 | 第15-17页 |
| 第二章 PPRV阳性组织样品浓缩前后测序比较 | 第17-22页 |
| 2.1 材料 | 第17-18页 |
| 2.1.1 生物材料 | 第17页 |
| 2.1.2 试验材料 | 第17-18页 |
| 2.1.3 主要试验仪器 | 第18页 |
| 2.2 方法 | 第18-19页 |
| 2.2.1 小反刍兽疫病毒阳性样品匀浆处理 | 第18-19页 |
| 2.2.2 PEG8000浓缩 | 第19页 |
| 2.2.3 病毒RNA的提取 | 第19页 |
| 2.2.4 PPRV 病毒 RNA 的测序 | 第19页 |
| 2.3 结果 | 第19-20页 |
| 2.3.1 病毒浓缩前后RNA浓度比较 | 第19-20页 |
| 2.3.2 病毒浓缩与未浓缩基因组测序结果比较 | 第20页 |
| 2.4 讨论 | 第20-22页 |
| 第三章 PRV阳性组织样品中病毒基因组的直接测序 | 第22-27页 |
| 3.1 材料 | 第22-23页 |
| 3.1.1 生物材料 | 第22页 |
| 3.1.2 主要试剂 | 第22-23页 |
| 3.1.3 主要试验仪器 | 第23页 |
| 3.2 方法 | 第23-24页 |
| 3.2.1 小反刍兽疫病毒样品匀浆处理 | 第23页 |
| 3.2.2 病毒RNA的提取 | 第23-24页 |
| 3.2.3 PPRV 病毒 RNA 的测序 | 第24页 |
| 3.3 结果 | 第24-25页 |
| 3.4 讨论 | 第25-27页 |
| 第四章 PPRV阳性组织样品中病毒基因组的扩增与测序 | 第27-35页 |
| 4.1 材料与方法 | 第27-28页 |
| 4.1.1 生物材料 | 第27-28页 |
| 4.2 主要试剂及仪器 | 第28-29页 |
| 4.2.1 主要试剂 | 第28页 |
| 4.2.2 主要试验仪器 | 第28-29页 |
| 4.3 方法 | 第29-32页 |
| 4.3.1 引物设计 | 第29-30页 |
| 4.3.2 小反刍兽疫病毒样品匀浆处理 | 第30页 |
| 4.3.3 病毒RNA的提取 | 第30-31页 |
| 4.3.4 基因组的扩增 | 第31页 |
| 4.3.5 PCR产物电泳鉴定 | 第31页 |
| 4.3.6 PCR产物纯化 | 第31-32页 |
| 4.3.7 PPRV全基因组的测序及序列拼接 | 第32页 |
| 4.4 结果 | 第32-34页 |
| 4.4.1 基因组片段扩增 | 第32页 |
| 4.4.2 扩增产物序列测定结果 | 第32-34页 |
| 4.5 讨论 | 第34-35页 |
| 第五章 我国2014~2017年间PPRV全基因组序列分析 | 第35-46页 |
| 5.1 材料 | 第35-36页 |
| 5.2 方法 | 第36-37页 |
| 5.2.1 中国PPRV毒株核苷酸与氨基酸序列分析 | 第36页 |
| 5.2.2 PPRV直接测序与扩增后测序序列对比分析 | 第36-37页 |
| 5.3 结果 | 第37-44页 |
| 5.3.1 N基因的序列差异 | 第37页 |
| 5.3.2 P基因的序列差异 | 第37-38页 |
| 5.3.3 M基因的序列差异 | 第38-39页 |
| 5.3.4 F基因的序列差异 | 第39-40页 |
| 5.3.5 H基因的序列差异 | 第40-41页 |
| 5.3.6 L基因的序列差异 | 第41-42页 |
| 5.3.7 基因组序列差异总结 | 第42-43页 |
| 5.3.8 PPRV毒株核苷酸同源性比较 | 第43-44页 |
| 5.4 讨论 | 第44-46页 |
| 第六章 我国2013~2017年间PPRV毒株的遗传进化分析 | 第46-52页 |
| 6.1 材料 | 第46页 |
| 6.2 方法 | 第46-47页 |
| 6.2.1 系统发育进化树的构建 | 第46-47页 |
| 6.2.2 基于时间的贝叶斯分子进化分析 | 第47页 |
| 6.3 结果 | 第47-50页 |
| 6.3.1 | 第47-49页 |
| 6.3.2 遗传进化率 | 第49页 |
| 6.3.4 基于时间轴的进化分析 | 第49-50页 |
| 6.3.5 小反刍兽疫病毒的种群动态 | 第50页 |
| 6.4 讨论 | 第50-52页 |
| 第七章 总结 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-60页 |
| 作者简介 | 第60-61页 |
| 致谢 | 第61页 |
