| ABBREVIATIONS | 第10-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 摘要 | 第14-15页 |
| CHAPTER-Ⅰ 1 Introduction and background | 第15-39页 |
| 1.1 Introduction to cotton | 第15-17页 |
| 1.2 Economic importance of cotton | 第17-18页 |
| 1.3 Cultivation and productionn of cotton worldwide | 第18-21页 |
| 1.4 Molecular mapping in plants | 第21页 |
| 1.5 Molecular mapping in cotton | 第21-26页 |
| 1.5.1 DNA markers | 第22页 |
| 1.5.2 Restriction fragment length polymorphism(RFLP) | 第22页 |
| 1.5.3 Random amplified polymorphic DNA(RAPD) | 第22-23页 |
| 1.5.4 Amplified fragment length polymorphism(AFLP) | 第23页 |
| 1.5.5 Microsatellites or Simple Sequence Repeats(SSRs) | 第23-24页 |
| 1.5.6 Single Nucleotide Polymorphisms(SNPs) | 第24-26页 |
| 1.6 Specific-locus amplified fragment sequencing(SLAF-seq),a powerful methodfor large-scale SNP marker discovery | 第26-27页 |
| 1.7 Development of mapping poulation | 第27-33页 |
| 1.7.1 F_2 and its derived F_3 population | 第28页 |
| 1.7.2 Backcross(BC)poulation | 第28-29页 |
| 1.7.3 Recombinant inbreed line(RIL) population | 第29页 |
| 1.7.4 Introgression lines(ILs) | 第29-30页 |
| 1.7.5 Statistical methods for QTL mapping | 第30-31页 |
| 1.7.6 Single marker analysis | 第31页 |
| 1.7.7 Interval mapping | 第31页 |
| 1.7.8 Composite interval mapping | 第31-32页 |
| 1.7.9 Bayesian models for QTL mapping | 第32页 |
| 1.7.10 Inclusive composite interval mapping (ICIM) | 第32-33页 |
| 1.8 QTL mapping in cotton | 第33-34页 |
| 1.9 Alleles from wild cotton species improved yield and fiber quality of Uplandcotton | 第34-36页 |
| 1.10 Significance, objectives and an overview of this study | 第36-39页 |
| 1.10.1 Significance | 第36-37页 |
| 1.10.2 Objectives | 第37-38页 |
| 1.10.3 An overview of the study | 第38-39页 |
| CHAPTER-Ⅱ 2 SLAF-sequencing characteristics,Genomic component and diversity of the ILs | 第39-52页 |
| 2.1 Plant materials | 第39-40页 |
| 2.2 Growth conditions and experimental design | 第40页 |
| 2.3 DNA extraction | 第40页 |
| 2.4 SLAF-library construction and highthroughput sequencing | 第40-41页 |
| 2.5 SLAF-seq data grouping and genotyping | 第41-42页 |
| 2.6 Genomic component and diversity of the ILs | 第42-43页 |
| 2.7 Results | 第43-52页 |
| 2.7.1 SLAF-seq characteristics and SNP marker develoment | 第43-48页 |
| 2.7.2 Genomic component and diversity of the ILs | 第48-52页 |
| CHAPTER-Ⅲ 3 Phenotypic variation and QTL analysis for yield traits in ILs | 第52-81页 |
| 3.1 Methods | 第52-53页 |
| 3.2 Statistical analysis | 第53-54页 |
| 3.3 Box plot and histogram | 第54页 |
| 3.4 QTL analysis for yield traits | 第54-55页 |
| 3.5 Results | 第55-74页 |
| 3.5.1 Boll weight(BW) | 第55页 |
| 3.5.2 Lint weight(LW) | 第55-56页 |
| 3.5.3 Lint percentage(LP) | 第56页 |
| 3.5.4 100-Seed weight(HSW) | 第56-57页 |
| 3.5.5 Plant height(PH) | 第57页 |
| 3.5.6 No.ofbolls plant~(-1)(BN) | 第57-58页 |
| 3.5.7 No.fruiting branches plant~(-1)(FBN) | 第58页 |
| 3.5.8 Seed index(SI) | 第58-74页 |
| 3.6 Correlation coefficients among yield traits | 第74-76页 |
| 3.7 Detection of QTLs for yield traits in the ILs | 第76-81页 |
| CHAPTER-Ⅳ 4 Phenotypic variation and QTL analysis for fiber quality traits in ILs | 第81-104页 |
| 4.1 Methods | 第81页 |
| 4.2 Results | 第81-96页 |
| 4.2.1 Micronaire(MIC) | 第81-82页 |
| 4.2.2 Fiber length(FL) | 第82页 |
| 4.2.3 Fiber uniformity(FU) | 第82-83页 |
| 4.2.4 Fiber strength(FS) | 第83页 |
| 4.2.5 Fiber elongation(FE) | 第83-96页 |
| 4.3 Correlation coefficients among various fiber traits | 第96-98页 |
| 4.4 QTL mapping for fiber quality traits in ILs | 第98-101页 |
| 4.5 QTL clusters for fiber quality and yield traits | 第101-103页 |
| 4.6 GO analysis for candidate genes and their functions | 第103-104页 |
| CHAPTER-Ⅴ 5 Discussion | 第104-112页 |
| 5.1 Advantage of the use of permanent population derived from wild species | 第104-105页 |
| 5.2 Identification of introgressed segments in the ILs | 第105-106页 |
| 5.3 The advantages of SLAF sequencing for developing markers | 第106-107页 |
| 5.4 Characteristics of SLAF-sequencing strategy in genotyping ILs | 第107-108页 |
| 5.5 QTL mapping using SNP markers in introgression lines | 第108-111页 |
| 5.6 Markers associated with yield and fiber quality traits | 第111-112页 |
| CHAPTER-Ⅵ 6 Conclusions and future perspectives | 第112-114页 |
| 6.1 Conclusions | 第112-113页 |
| 6.2 Way forward | 第113-114页 |
| References | 第114-130页 |
| APPENDICES | 第130-156页 |
| ACKNOWLEDGEMENTS | 第156-159页 |
| PUBLICATIONS | 第159页 |
