Abstract | 第4页 |
摘要 | 第5-8页 |
1 Introduction | 第8-22页 |
1.1 Viroids | 第8-13页 |
1.1.1 Classification and structure | 第8-11页 |
1.1.2 Replication and movement | 第11-13页 |
1.2 Viroids and hosts | 第13-15页 |
1.2.1 Differences in host range of viroids | 第13-14页 |
1.2.2 Host specific variants | 第14-15页 |
1.3 Detection methods for viroids | 第15-20页 |
1.3.1 Biological assays | 第15页 |
1.3.2 Polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) | 第15-16页 |
1.3.3 Nucleic acid hybridization | 第16-18页 |
1.3.4 Reverse Transcription PCR (RT-PCR) | 第18-20页 |
1.3.5 PFOR approach | 第20页 |
1.4 Purpose and significance of the present study | 第20-22页 |
2 Genetic variation of CbVds and a possible new viroid | 第22-45页 |
2.1 Introduction | 第22-24页 |
2.2 Methods | 第24-35页 |
2.2.1 Construction of infectious clones and inoculation | 第24页 |
2.2.2 RNA extraction | 第24-25页 |
2.2.3 2D-PAGE and hybridization | 第25-32页 |
2.2.4 Cloning and sequencing | 第32-35页 |
2.3 Results and discussion | 第35-43页 |
2.3.1 Biological assay of CbVds | 第35-36页 |
2.3.2 Sequencing analysis of CbVds progenies | 第36-40页 |
2.3.3 High-throughput sequencing revealed infection of viroids | 第40-41页 |
2.3.4 Proposed secondary structure of CbVd-X | 第41页 |
2.3.5 CbVd-X is common in coleus samples | 第41-43页 |
2.4 Conclusion | 第43-45页 |
3 Functional analysis of a viroid RNA motif mediating cell to cell movement | 第45-63页 |
3.1 Introduction | 第45-47页 |
3.2 Methods | 第47-56页 |
3.2.1 cDNA construction of PSTVd mutants and infection | 第47页 |
3.2.2 RNA extraction | 第47页 |
3.2.3 Cloning and sequencing | 第47-50页 |
3.2.4 Hybridization | 第50-56页 |
3.2.5 Quantitative analysis of PSTVd-accumulating cells | 第56页 |
3.3 Results and discussion | 第56-63页 |
3.3.1 Influence of RNA probes of different lengths | 第56-57页 |
3.3.2 Replication efficiency of loop 19 mutants | 第57-59页 |
3.3.3 Progenies of loop 19 mutants | 第59-61页 |
3.3.4 Loop 19 is required for PSTVd trafficking | 第61-62页 |
3.3.5 Conclusion | 第62-63页 |
4 Discussion for the full paper | 第63-64页 |
4.1 Genetic variation of CbVds and a possible new viroid in Coleus blumei | 第63页 |
4.2 Functional analysis of a viroid RNA motif mediating cell to cell movement | 第63-64页 |
5 Acknowledgements | 第64-65页 |
6 Reference | 第65-73页 |
7 Curriculum vitae | 第73页 |