| 摘要 | 第7-10页 |
| Abstract | 第10-13页 |
| 目录 | 第14-17页 |
| 插图目录 | 第17-19页 |
| 表格目录 | 第19-20页 |
| 第1章 绪论 | 第20-29页 |
| 1.1 心血管力学生物学 | 第20-22页 |
| 1.2 基因组学与蛋白质组学 | 第22-23页 |
| 1.3 基因与蛋白质网络的构建与应用 | 第23-25页 |
| 1.4 组学方法在心血管力学生物学中的应用 | 第25-27页 |
| 1.5 本文的主要工作 | 第27-29页 |
| 第2章 切应力作用下血管差异蛋白质组学分析 | 第29-53页 |
| 2.1 引言 | 第29-30页 |
| 2.2 材料与方法 | 第30-38页 |
| 2.2.1 主要试剂及实验仪器 | 第30-31页 |
| 2.2.2 血管取材、应力培养和蛋白样品制备 | 第31页 |
| 2.2.3 双向凝胶电泳（2‐DE）、胶内酶解与质谱鉴定 | 第31-32页 |
| 2.2.4 蛋白质组学数据分析 | 第32-33页 |
| 2.2.5 ECs 和 VSMCs 的原代、传代与联合培养 | 第33-35页 |
| 2.2.6 切应力的加载 | 第35-36页 |
| 2.2.7 重组蛋白刺激实验 | 第36-37页 |
| 2.2.8 RNA 干扰（RNA interference , RNAi）实验 | 第37页 |
| 2.2.9 蛋白质免疫印迹检测（Western blotting） | 第37-38页 |
| 2.2.10 ELISA 方法检测培养液中 PDGF‐BB 和 TGFβ1 浓度 | 第38页 |
| 2.3 结果 | 第38-50页 |
| 2.3.1 低切应力及正常切应力培养血管组织中总蛋白质的 2‐DE | 第38-39页 |
| 2.3.2 切应力相关蛋白质的 GO 功能分析 | 第39-42页 |
| 2.3.3 应用 IPA 分析切应力相关蛋白质的功能 | 第42-44页 |
| 2.3.4 切应力相关蛋白质参与的经典信号通路 | 第44-45页 |
| 2.3.5 应用 IPA 构建切应力调控的可能信号转导网络 | 第45-47页 |
| 2.3.6 验证细胞信号网络中部分结点蛋白表达变化 | 第47-48页 |
| 2.3.7 验证细胞信号网络中部分结点蛋白相互关系 | 第48-50页 |
| 2.4 讨论 | 第50-52页 |
| 2.5 小结 | 第52-53页 |
| 第3章 平滑肌细胞响应张应变刺激的磷酸化蛋白质组学分析 | 第53-79页 |
| 3.1 引言 | 第53-54页 |
| 3.2 实验方法 | 第54-59页 |
| 3.2.1 主要试剂、溶液及实验仪器 | 第54-55页 |
| 3.2.2 同位素标记细胞培养 | 第55页 |
| 3.2.3 同位素标记效率检测 | 第55-56页 |
| 3.2.4 张应变加载 | 第56-58页 |
| 3.2.5 蛋白的提取、定量、酶解与磷酸化富集 | 第58页 |
| 3.2.6 液相色谱与质谱分析 | 第58页 |
| 3.2.7 数据分析 | 第58-59页 |
| 3.3 结果 | 第59-75页 |
| 3.3.1 稳定同位素标记效率 | 第59-60页 |
| 3.3.2 受力条件下 VSMCs 磷酸化蛋白质表达变化 | 第60-61页 |
| 3.3.3 磷酸化位点分析 | 第61-62页 |
| 3.3.4 蛋白质表达谱的聚类 | 第62-66页 |
| 3.3.5 差异表达磷酸化蛋白质的功能 | 第66-68页 |
| 3.3.6 各聚类的功能分析 | 第68-70页 |
| 3.3.7 差异表达蛋白参与的信号通路 | 第70-74页 |
| 3.3.8 建立 VSMCs 张应变条件下的磷酸化信号网络 | 第74-75页 |
| 3.4 讨论 | 第75-77页 |
| 3.5 小结 | 第77-79页 |
| 第4章 力学条件下血管细胞转录调控网络 | 第79-107页 |
| 4.1 引言 | 第79-80页 |
| 4.2 数据与方法 | 第80-89页 |
| 4.2.1 数据来源 | 第80-82页 |
| 4.2.2 三元互信息 | 第82-83页 |
| 4.2.3 平均三元互信息（AMI3）算法 | 第83-85页 |
| 4.2.4 基因转录调控的非线性微分方程模型 | 第85-87页 |
| 4.2.5 网络辅助回归分析 | 第87-89页 |
| 4.3 结果 | 第89-104页 |
| 4.3.1 用人工生成数据对模型和算法进行验证 | 第89-91页 |
| 4.3.2 大肠杆菌转录网络的推断 | 第91-97页 |
| 4.3.3 酿酒酵母细胞周期相关转录因子的推断 | 第97-99页 |
| 4.3.4 B 细胞 MYC 靶基因及辅助转录因子的推断 | 第99-101页 |
| 4.3.5 构建 ECs 转录调控网络 | 第101-102页 |
| 4.3.6 切应力条件下血管细胞的转录调控 | 第102-104页 |
| 4.4 讨论 | 第104-106页 |
| 4.5 小结 | 第106-107页 |
| 第5章 基于相互作用组网络预测心血管疾病相关基因 | 第107-123页 |
| 5.1 引言 | 第107-108页 |
| 5.2 数据与方法 | 第108-114页 |
| 5.2.1 疾病家族及疾病基因的界定 | 第108-109页 |
| 5.2.2 相互作用组网络的构建 | 第109-110页 |
| 5.2.3 图元相互作用的计算 | 第110-113页 |
| 5.2.4 弃一法交叉检验 | 第113-114页 |
| 5.3 结果 | 第114-121页 |
| 5.3.1 用图元分析疾病基因的网络特征 | 第114-116页 |
| 5.3.2 应用图元相互作用鉴定疾病基因的算法评估 | 第116-118页 |
| 5.3.3 新疾病基因的预测与验证 | 第118-120页 |
| 5.3.4 心血管疾病相关基因的预测 | 第120-121页 |
| 5.4 讨论 | 第121-122页 |
| 5.5 小结 | 第122-123页 |
| 第6章 结论 | 第123-124页 |
| 参考文献 | 第124-133页 |
| 附录 | 第133-136页 |
| 攻读博士学位期间已完成或发表的学术论文 | 第136-137页 |
