| 目录 | 第1-5页 |
| 摘要 | 第5-8页 |
| ABSTRACT | 第8-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-29页 |
| §1.1 蛋白质的化学组成 | 第11-17页 |
| §1.1.1 氨基酸的性质 | 第11-14页 |
| §1.1.2 蛋白质分子作用力 | 第14-17页 |
| §1.2 蛋白质结构分类 | 第17-21页 |
| §1.3 蛋白质的错误折叠和聚集 | 第21-27页 |
| §1.3.1 蛋白质的错误折叠和聚集简介 | 第21-23页 |
| §1.3.2 实验研究进展 | 第23-25页 |
| §1.3.3 计算机模拟研究进展 | 第25-27页 |
| 参考文献 | 第27-29页 |
| 第二章 计算机模拟方法简介 | 第29-50页 |
| §2.1 分子动力学方法 | 第29-35页 |
| §2.1.1 分子动力学原理 | 第31-32页 |
| §2.1.2 分子动力学积分方法 | 第32-33页 |
| §2.1.3 耦合方法 | 第33-35页 |
| §2.1.3.1 温度耦合(Temperature Coupling) | 第33-35页 |
| §2.1.3.2 压强耦合(Pressure Coupling) | 第35页 |
| §2.2 副本交换分子动力学方法(Replica Exchange Molecular dynamicsMethod) | 第35-41页 |
| §2.2.1 副本交换分子动力学原理 | 第36-40页 |
| §2.2.2 副本温度的选择 | 第40-41页 |
| §2.3 系综 | 第41-44页 |
| §2.3.1 系综定义 | 第41-42页 |
| §2.3.2 各态历经性 | 第42页 |
| §2.3.3 系综分类 | 第42-43页 |
| §2.3.4 系综调节 | 第43页 |
| §2.3.5 系综选择 | 第43-44页 |
| §2.4 分子力场简介 | 第44-47页 |
| §2.4.1 经验力场 | 第44-46页 |
| §2.4.2 几种典型的经验力场 | 第46-47页 |
| §2.6 分子动力学软件GROMACS的介绍 | 第47-49页 |
| 参考文献 | 第49-50页 |
| 第三章 阻滞剂对人类血型糖蛋白70-86片断结构的的影响 | 第50-68页 |
| §3.1 引言 | 第50-51页 |
| §3.2 理论模型和方法 | 第51-53页 |
| §3.2.1 模拟体系 | 第51-52页 |
| §3.2.2 分析方法 | 第52-53页 |
| §3.3 结果和讨论 | 第53-63页 |
| §3.3.1 数据分析 | 第53-62页 |
| §3.3.1.1 模拟结果收敛的验证 | 第53-54页 |
| §3.3.1.2 对GpA70-86以及阻滞剂的结构分析 | 第54-56页 |
| §3.3.1.3 二级结构变化的分子动力学过程 | 第56-59页 |
| §3.3.1.4 体系的RMSD和氢键数目分析 | 第59-60页 |
| §3.3.1.5 氨基酸之间的接触几率分析 | 第60页 |
| §3.3.1.6 GpA70-86和阻滞剂之间结构的相互影响 | 第60-62页 |
| §3.3.1.7 GpA70-86和阻滞剂之间的角度分析 | 第62页 |
| §3.3.2 模拟结果讨论 | 第62-63页 |
| §3.3 结论 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-68页 |
| 第四章 碳管阻止Aβ16-22蛋白的聚集的动力学机制 | 第68-99页 |
| §4.1 引言 | 第68-69页 |
| §4.2 碳纳米管简介 | 第69-75页 |
| §4.2.1 碳纳米管分类 | 第69-71页 |
| §4.2.2 碳纳米管的主要特性 | 第71-75页 |
| §4.3 模拟体系和方法 | 第75-77页 |
| §4.3.1 体系模型 | 第75-77页 |
| §4.3.2 分析方法 | 第77页 |
| §4.4 计算机模拟数据分析 | 第77-93页 |
| §4.4.1 模拟结构分析 | 第77-93页 |
| §4.4.1.1 体系收敛性的验证 | 第77-79页 |
| §4.4.1.2 SWNT对Aβ16-22二级结构的影响 | 第79-80页 |
| §4.4.1.3 蛋白结构紧凑性分析 | 第80-81页 |
| §4.4.1.4 团簇结构分析 | 第81-84页 |
| §4.4.1.5 大小不同低聚物含量及其相对位置关系 | 第84-87页 |
| §4.4.1.6 蛋白与SWNT之间的角度关系 | 第87页 |
| §4.4.1.7 蛋白和SWNT之间的相互作用 | 第87-91页 |
| §4.4.1.8 温度对蛋白结构的影响 | 第91-93页 |
| §4.5 结果讨论 | 第93-95页 |
| 参考文献 | 第95-99页 |
| 第五章 总结与展望 | 第99-101页 |
| 已发表论文列表及其它 | 第101-102页 |
| 致谢 | 第102-104页 |
